令和５年２月１７日判決言渡同日原本領収裁判所書記官令和元年（行ウ）第５３９号法人税等更正処分等取消請求事件、更正をすべき理由がない旨の通知処分取消請求事件主文 １ Ａ税務署長が平成３０年５月３０日付けで原告に対してした、別 紙２の３処分一覧表３記載の各処分をいずれも取り消す。 ２ Ａ税務署長が平成３１年４月２４日付けで原告に対してした、別紙２の４処分一覧表４記載の各処分をいずれも取り消す。 ３ 訴訟費用は被告の負担とする。 事実 及び理由 第１ 請求 １ Ａ税務署長が平成３０年５月３０日付けで原告に対してした、別紙２の１処分一覧表１記載の各処分をいずれも取り消す。 ２ Ａ税務署長が平成３１年４月２４日付けで原告に対してした、別紙２の２処分一覧表２記載の各処分をいずれも取り消す。 ３ 主文第１項と同旨 ４ 主文第２項と同旨第２ 事案の概要等本件は、一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法 律（以下「整備法」という。）４２条２項に定める特例民法法人から、整備法４５条に基づく内閣府の認可及び移行の登記を経て一般財団法人へと移行した原告が、処分行政庁に対し、平成２３年４月１日から平成２４年３月３１日までの事業年度又は課税事業年度（以下「平成２４年３月期」といい、他の事業年度又は課税事業年度についてもその終期に応じて同様に表記する。）から平成 ３０年３月期まで（以下「本件各事業年度」という。）の法人税、復興特別法 人税及び地方法人税（以下「法人税等」という。）の確定申告をしたところ、①処分行政庁から、平成２５年３月期、平成２６年３月期、平成２７年３月期及び平成２９ いう。）の法人税、復興特別法 人税及び地方法人税（以下「法人税等」という。）の確定申告をしたところ、①処分行政庁から、平成２５年３月期、平成２６年３月期、平成２７年３月期及び平成２９年３月期の法人税等について、有価証券譲渡益の計上漏れを理由とする更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分を受けたことから、同各更正処分のうち同理由による増額更正部分及び同各賦課決定処分の取消しを求め、 ②処分行政庁に対し、本件各事業年度の法人税等について、減価償却額の計上の誤りを理由とする更正の請求をしたが、いずれについても更正をすべき理由がない旨の通知処分を受けたことから、同各通知処分の取消しを求めるとともに、③上記①の各更正処分のうち有価証券譲渡益の計上漏れを理由とする増額更正部分及び減価償却額の計上の誤りを理由とする減額更正処分がされるべき 部分並びに上記①の各賦課決定処分の取消しを求め、④上記②の各通知処分のうち、上記①の各更正処分の対象とされていない平成２４年３月期、平成２８年３月期及び平成３０年３月期の法人税等の更正の請求に係る更正をすべき理由がない旨の通知処分の取消しを求めている事案である。 なお、請求の趣旨第３項及び第４項の請求は、同第２項の請求のうち、上記 ①の各更正処分の対象とされている事業年度又は課税事業年度の法人税等の更正の請求に係る更正をすべき理由がない旨の通知処分の取消しを求める部分は、訴えの利益を欠く不適法なものであるとする被告の主張を踏まえた請求であり、請求の趣旨第１項及び第２項の請求と同第３項及び第４項の請求とは、選択的併合である。 １ 関係法令の定め等法令の定め本件に関係する法令の定めは、別紙３関係法令の定めのとおりである。なお、同別紙において定めた略称等は、以下において 項の請求とは、選択的併合である。 １ 関係法令の定め等法令の定め本件に関係する法令の定めは、別紙３関係法令の定めのとおりである。なお、同別紙において定めた略称等は、以下においても用いることとする。 公益法人制度の概要 整備法による改正前の民法（以下「旧民法」という。）３４条は、学術、 技芸、慈善、祭祀、宗教その他の公益に関する社団又は財団であって、営利を目的としないものは、主務官庁の許可を得て、法人とすることができる旨規定しており、平成２０年法律第２３号による改正前の法人税法２条６号及び別表第二は、旧民法３４条の規定により設立された公益法人（社団法人又は財団法人）は、法人税法上の公益法人等に該当するものとしていた。 整備法の制定及びこれに伴う上記民法等の改正により、旧民法３４条に基づき設立された公益法人は、平成２０年１２月１日から５年間の移行期間は、特例民法法人として、既存と同様の規律の下で存続できることとされ（整備法４０条１項、４２条１項）、その移行期間内に、公益社団法人若しくは公益財団法人への移行の認定の申請又は一般社団法人若しくは一般財団法人（以 下「一般社団法人等」という。）への移行の認可の申請が必要となり（整備法４４条、４５条）、移行が認められなかった法人や移行の申請を行わなかった法人については、移行期間満了の日に解散したものとみなされることとなった（整備法４６条）。上記のような特例民法法人は、法人税法２条６号に定める公益法人等とみなされていたが（所得税法等の一部を改正する法律 （平成２０年法律第２３号）附則１０条１項）、特例民法法人が認可を受けて一般社団法人等（非営利型法人に該当するものを除く。）に移行した場合、法人税法上も、公益法人等から、同法２条９号に定め （平成２０年法律第２３号）附則１０条１項）、特例民法法人が認可を受けて一般社団法人等（非営利型法人に該当するものを除く。）に移行した場合、法人税法上も、公益法人等から、同法２条９号に定める普通法人に移行することになる。 一般社団法人等への移行の認可を受けようとする特例民法法人は、当該認 可を受けたときに解散するものとした場合において旧民法７２条の規定によれば当該特例民法法人の目的に類似する目的のために処分し、又は国庫に帰属すべきものとされる残余財産の額に相当するものとして当該特例民法法人の貸借対照表上の純資産額を基礎として内閣府令で定めるところにより算定した額が内閣府令で定める額を超える場合には、内閣府令で定めるところに より、当該算定した額（公益目的財産額）に相当する金額を公益の目的のた めに支出することにより零とするための計画（公益目的支出計画）を作成しなければならないこととされている（整備法１１９条１項）。 公益法人等の普通法人への移行に係る税制の概要ア移行日の属する事業年度における清算的な課税法人税法上の公益法人等が普通法人に移行する場合、移行日前の収益事 業以外の事業（以下「非収益事業」という。）から生じた所得の金額又は欠損金額の累積額としてそれぞれ政令で定めるところにより計算した金額（累積所得金額又は累積欠損金額。以下、併せて「累積所得金額等」という。）に相当する金額は、移行日の属する事業年度の所得の金額の計算上、益金又は損金の額に算入される（同法６４条の４第１項）。これにより、移 行前の公益法人等としての非収益事業から生じた所得の累積額等につき、清算的な課税がされることとなる。 ただし、特例民法法人である公益法人等が普通法人に移行する場合には、移行日以後に公益の 行前の公益法人等としての非収益事業から生じた所得の累積額等につき、清算的な課税がされることとなる。 ただし、特例民法法人である公益法人等が普通法人に移行する場合には、移行日以後に公益の目的のために支出される金額として政令で定める金額は、累積所得金額から控除し、又は累積欠損金額に加算することとされて いる（法人税法６４条の４第３項、施行令１３１条の５第１項３号）。これにより、当該政令で定める金額については、清算的な課税の対象から除外されることとなる。 イ移行日の属する事業年度以後の各事業年度における課税特例民法法人である公益法人等から移行した普通法人は、公益目的支出 計画に従い、公益目的財産額に相当する金額から、各事業年度末日における公益目的収支差額（整備法施行規則２３条２項）を減算した額である公益目的財産残額が零になるまで、公益目的支出を続けることとなる（整備法１１９条１項、２項、１２３条、１２４条）。そして、移行日の属する事業年度以後の各事業年度においては、公益目的支出の額（整備法１１９ 条２項１号）が公益目的支出計画に係る公益事業から生ずる実施事業収入 の額（同項２号）を超えるときは、その超える部分の金額（支出超過額）は、調整公益目的財産残額（施行令１３１条の５第７項）を超えない限り、当該法人の各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入されない（同条５項）。他方、実施事業収入の額が公益目的支出の額を超えるとき（調整公益目的財産残額がある場合に限る。）は、その超える部分の金額（収 入超過額）は、当該法人の各事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入されない（同条６項）。このような課税関係は、当該法人が、公益目的財産残額が零となったとして認可行政庁から受ける、公益目的支出計画 超過額）は、当該法人の各事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入されない（同条６項）。このような課税関係は、当該法人が、公益目的財産残額が零となったとして認可行政庁から受ける、公益目的支出計画の実施が完了したことの確認（整備法１２４条）に係る事業年度まで継続される。 ２ 前提事実原告の法人格等原告は、Ｂ寺伝承の文化等を興隆する事業を行い、広く国民の教化善導を図ること等を目的とする一般財団法人である（甲１）。 原告は、整備法４２条２項に定める特例民法法人であったが、整備法４５ 条に基づく内閣府の認可を受け、平成２３年２月３日（以下「本件移行日」という。）に登記を経て、一般財団法人へと移行するとともに、その名称を現在のものへと変更した（以下、同移行前の原告を「移行前の原告」、同移行後の原告を「移行後の原告」ということがある。）。 移行前の原告の最終の事業年度は、平成２２年４月１日から本件移行日の 前日である平成２３年２月２日までであった（以下「移行前最終事業年度」という。）。また、移行後の原告の最初の事業年度は同月３日（本件移行日）から同年３月３１日まで（以下「平成２３年３月期」という。）であったが、その後の事業年度は毎年４月１日から翌年３月３１日までである。 原告における本件移行日前後の会計処理等 ア有価証券に関する会計処理等 原告の保有する有価証券原告は、本件移行日より前に、別紙４の１から３までの「本件各譲渡有価証券譲渡損益計算一覧」の「銘柄」欄記載の有価証券（以下「本件各譲渡有価証券」という。）を、「移行前取得価額②」欄記載の金額の対価を支払うなどして取得し、本件移行日の前日の時点で、これらを非 収益事業に属する資産として保有していた（以下、本件各譲渡有価証 各譲渡有価証券」という。）を、「移行前取得価額②」欄記載の金額の対価を支払うなどして取得し、本件移行日の前日の時点で、これらを非 収益事業に属する資産として保有していた（以下、本件各譲渡有価証券を含め、本件移行日の前日の時点で原告が非収益事業に属する資産として保有していた有価証券を「本件各移行有価証券」といい、移行前の原告がこれを取得した対価の額を「移行前取得価額」という。）。 原告は、本件移行日より前には、本件各移行有価証券につき、移行前 取得価額をもってその帳簿価額としていた。 有価証券の評価替え原告は、本件各移行有価証券につき、平成２３年３月１３日及び同年４月１３日、平成２２年４月１日付けの会計処理として、同日の時価に基づいて算出した評価損を計上し、さらに、平成２３年３月２１日及び 同年４月１３日、本件移行日の前日である同年２月２日付けの会計処理として、同日の時価に基づいて算出した評価損を計上した。これらの会計処理を行う前は、原告の貸借対照表上の本件各譲渡有価証券の帳簿価額は移行前取得価額であったが、これらの会計処理を行った結果、別紙４の１から３までの「本件各譲渡有価証券譲渡損益計算一覧」の「被告 主張譲渡原価の額⑤」欄記載の金額（以下「本件各譲渡有価証券処理後価額」という。）となった。 有価証券の譲渡等原告は、本件各譲渡有価証券のうち、別紙４の１「本件各譲渡有価証券譲渡損益計算一覧（平成２５年３月期）」の「銘柄」欄記載の有価証 券を平成２５年３月期に、別紙４の２「本件各譲渡有価証券譲渡損益計 算一覧（平成２６年３月期）」の「銘柄」欄記載の有価証券を平成２６年３月期に、別紙４の３「本件各譲渡有価証券譲渡損益計算一覧（平成２７年３月期）」の「銘柄」欄記載の有価証券を平成２７ 算一覧（平成２６年３月期）」の「銘柄」欄記載の有価証券を平成２６年３月期に、別紙４の３「本件各譲渡有価証券譲渡損益計算一覧（平成２７年３月期）」の「銘柄」欄記載の有価証券を平成２７年３月期に、各「譲渡対価の額①」欄記載の金額（以下「本件各譲渡有価証券譲渡対価額」という。）の対価をもって譲渡し、又はその償還を受けた。 前記の評価損が計上された後、上記の譲渡又は償還（以下、併せて「譲渡等」という。）までの間に、本件各譲渡有価証券の帳簿価額が変動したことはなく、また、原告が本件各譲渡有価証券と同一の銘柄の有価証券を取得したこともなかったため、上記の各譲渡等の時点における本件各譲渡有価証券の帳簿価額は、本件各譲渡有価証券処理後価額であ った。 イ減価償却資産に関する会計処理原告の保有する減価償却資産原告は、本件移行日の前日の時点で、減価償却資産（以下、本件移行日の前日の時点で原告が保有していた減価償却資産を「本件各減価償却 資産」という。）を保有しており、その帳簿価額（以下「本件各減価償却資産処理前価額」という。）の合計額は１８０億９７２９万１２８２円であった。本件各減価償却資産の中には、本件移行日の前日の時点で、収益事業に属していた減価償却資産（以下「本件各収益事業帰属減価償却資産」という。）と、非収益事業に属していた減価償却資産（以下「本 件各移行減価償却資産」という。）との双方が含まれていた。 移行前最終事業年度における減価償却費の計上原告は、平成２３年３月１２日、平成２２年４月１日付けの会計処理として、本件各減価償却資産の「過年度減価償却費」として５２億８６２３万３１０７円を計上し、さらに、平成２３年３月１５日及び同月２ １日、本件移行日の前日である同年２月２日付け 付けの会計処理として、本件各減価償却資産の「過年度減価償却費」として５２億８６２３万３１０７円を計上し、さらに、平成２３年３月１５日及び同月２ １日、本件移行日の前日である同年２月２日付けの会計処理として、減 価償却費として合計２億１６３４万０４１８円を計上した。 これらの会計処理の結果、本件移行日の前日における本件各減価償却資産の帳簿価額（以下「本件各減価償却資産処理後価額」という。）の合計額は、上記の「過年度減価償却費」及び減価償却費を合計した５５億０２５７万３５２５円減額され、１２５億９４７１万７７５７円とな った。 本件各事業年度における減価償却費の計上原告は、本件各事業年度において、本件各減価償却資産処理後価額を基に計算される償却限度額と同額の減価償却費の額を正味財産増減計算書に計上した。 確定申告及びその後の手続ア確定申告原告は、本件各事業年度の法人税、平成２５年３月期及び平成２６年３月期の復興特別法人税並びに平成２９年３月期及び平成３０年３月期の地方法人税につき、各法定申告期限内に、処分行政庁に対する確定申告（そ の内容は、別表１－１から７まで、別表２－１及び２並びに別表３－１及び２（以下、併せて「別表」という。）の各「確定申告」欄記載のとおりである。以下、併せて「本件各確定申告」という。）を行った（乙１３から２１まで）。 イ有価証券の譲渡損益に関する確定申告の内容及びその後の手続 本件各確定申告の内容原告は、本件各確定申告においては、本件各譲渡有価証券の譲渡に際し、移行前取得価額を譲渡原価とし、移行前取得価額と本件各譲渡有価証券譲渡対価額との差額である別紙４の１から３までの「本件各譲渡有価証券譲渡損益計算一覧」の各「原告主張譲渡利益額又は譲渡 の譲渡に際し、移行前取得価額を譲渡原価とし、移行前取得価額と本件各譲渡有価証券譲渡対価額との差額である別紙４の１から３までの「本件各譲渡有価証券譲渡損益計算一覧」の各「原告主張譲渡利益額又は譲渡損失額③ （①－②）」欄記載の金額をもって譲渡損益とした。 更正処分処分行政庁は、平成３０年５月３０日付けで、原告に対し、平成２５年３月期から平成２７年３月期まで及び平成２９年３月期の法人税、平成２５年３月期及び平成２６年３月期の復興特別法人税並びに平成２９年３月期の地方法人税（以下、併せて「本件各更正処分対象法人税等」 という。）について、それぞれ更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分（ただし、平成２９年３月期の地方法人税については、更正処分のみ。それらの内容は、別表の各「更正・賦課決定処分」欄又は「更正処分」欄記載のとおりである。以下、併せて「本件各更正処分等」という。）を行った。本件各更正処分等の理由は、本件各譲渡有価証券処 理後価額と本件各譲渡有価証券譲渡対価額との差額をもって本件各譲渡有価証券の譲渡損益とすべきであったにもかかわらず、本件各確定申告においては、前記のとおり、移行前取得価額と本件各譲渡有価証券譲渡対価額との差額をもって譲渡損益とされているから、本件各譲渡有価証券処理後価額と移行前取得価額との差額に相当する金額の譲渡損益の 計上漏れがある、というものであった（甲５の１から７まで）。 本件各更正処分等に対する不服申立て原告は、平成３０年８月２９日、処分行政庁に対し、本件各更正処分等の全部の取消しを求めて再調査を請求した（乙２４）。処分行政庁は、平成３１年４月２３日付けで、同請求を棄却する旨の決定を行った（甲 ８）。 原告は、令和元年５月２４日、国税不服審判 正処分等の全部の取消しを求めて再調査を請求した（乙２４）。処分行政庁は、平成３１年４月２３日付けで、同請求を棄却する旨の決定を行った（甲 ８）。 原告は、令和元年５月２４日、国税不服審判所長に対し、本件各更正処分等の全部の取消しを求めて審査請求を行ったが（甲９）、本件訴えの提起後である同年１１月１８日、同請求を取り下げた（乙２）。 ウ減価償却額に関する確定申告の内容及びその後の手続 本件各確定申告の内容 原告は、本件各確定申告においては、前記イのとおり、本件各減価償却資産につき、本件各減価償却資産処理後価額を基に計算される償却限度額と同額の減価償却費の額を正味財産増減計算書に計上した。 更正の請求原告は、平成３０年１２月１０日、処分行政庁に対し、本件各事業年 度の法人税、平成２５年３月期及び平成２６年３月期の復興特別法人税並びに平成２９年３月期及び平成３０年３月期の地方法人税について、本件各減価償却資産に係る減価償却費の損金算入不足額があるとして、その損金算入を求める内容の各更正の請求（その内容は、別表の各「更正の請求」欄記載のとおりである。）を行った。同請求の理由は、本件 各事業年度における減価償却は、前記イの「過年度減価償却費」及び減価償却費の計上前の帳簿価額である本件各減価償却資産処理前価額に基づいて行うべきであるにもかかわらず、同計上後の帳簿価額である本件各減価償却資産処理後価額に基づいて行った本件各確定申告における減価償却は誤りであったというものであった（甲６の１から９まで）。 処分行政庁は、平成３１年４月２４日付けで、原告に対し、上記各更正の請求に対して、いずれについても更正をすべき理由がない旨の通知処分（以下「本件各通知処分」といい、本件各通知処 ９まで）。 処分行政庁は、平成３１年４月２４日付けで、原告に対し、上記各更正の請求に対して、いずれについても更正をすべき理由がない旨の通知処分（以下「本件各通知処分」といい、本件各通知処分のうち、本件各更正処分対象法人税等の各更正の請求に対する処分を「本件各更正処分対象法人税等通知処分」という。）を行った。その理由は、本件各事業 年度の間における減価償却に係る償却限度額は、本件減価償却資産処理後価額を基に計算するのが正しく、本件各確定申告における減価償却費の損金算入額に誤りがあるとは認められないというものであった（甲７の１から１１まで）。 本件各通知処分に対する不服申立て 原告は、令和元年５月２４日、国税不服審判所長に対し、本件各通知 処分の全部の取消しを求めて審査請求を行ったが（甲１０）、本件訴えの提起後である同年１１月１８日、同請求を取り下げた（乙２）。 エ本件訴えの提起原告は、令和元年１０月１５日、本件訴えを提起した。 ３ 争点 本件各更正処分対象法人税等通知処分の取消しの訴えの利益本件各更正処分等の適法性ア施行令１１９条の２第１項１号の意義及び本件における適用関係イ施行令１３１条の６の適法性政令委任の限界 法人税法による委任の範囲の逸脱の有無ウ施行令１３１条の６の「その帳簿に記載されていた金額」の意義エ施行令１３１条の６が適用されない場合の譲渡原価の額本件各通知処分の適法性ア本件各移行減価償却資産について 損金経理額（法人税法３１条４項の意義及び本件における適用関係）償却限度額ａ 施行令４８条１項１号イの意義及び本件における適用関係ｂ 施行令１３１条の６の適法性⒜ 政令委任の限界 ⒝ （法人税法３１条４項の意義及び本件における適用関係）償却限度額ａ 施行令４８条１項１号イの意義及び本件における適用関係ｂ 施行令１３１条の６の適法性⒜ 政令委任の限界 ⒝ 法人税法による委任の範囲の逸脱の有無ｃ 施行令１３１条の６の「その帳簿に記載されていた金額」の意義ｄ 施行令１３１条の６が適用されない場合の償却限度額イ本件各収益事業帰属減価償却資産について ４ 争点に対する当事者の主張 本件各更正処分対象法人税等通知処分の取消しの訴えの利益 ア原告の主張同一事業年度の法人税又は同一課税事業年度の復興特別法人税若しくは地方法人税について、増額更正処分がされるとともに、更正の請求に対して更正をすべき理由がない旨の通知処分がされた場合、増額更正処分は、同処分により納税者の納付すべき税額を改めて確定するものであって、納 税者が更正の請求の手続を行うことなくその取消しを求めることができるのは、同処分に係る税額のうち納税者の申告に係る税額を超える部分のみであるのに対し、更正をすべき理由がない旨の通知処分は、納税者からの更正の請求において理由とされたところをもって減額更正処分をすることを拒否し、納付すべき税額が申告により既に確定したとおりであることを 確認する意味を持つものであるから、これらの処分は、内容を異にし別個の効果を有する処分である。したがって、このような場合であっても、通知処分の取消しを求める訴えの利益はある。 本件においては、本件各更正処分対象法人税等については、本件各更正処分等がされるとともに、本件各事業年度の法人税等の各更正の請求に対 して本件各通知処分がされており、原告はその双方の処分の取消しを求めているところ、この点を理由として、本件各更 、本件各更正処分等がされるとともに、本件各事業年度の法人税等の各更正の請求に対 して本件各通知処分がされており、原告はその双方の処分の取消しを求めているところ、この点を理由として、本件各更正処分対象法人税等通知処分の取消しを求めるにつき訴えの利益が否定されることにはならない。 イ被告の主張同一事業年度の法人税又は同一課税事業年度の復興特別法人税若しくは 地方法人税について、増額更正処分がされるとともに、更正の請求に対して更正をすべき理由がない旨の通知処分がされた場合、通知処分は、申告税額の減少のみに関わるのに対し、増額更正処分は、納付すべき税額の全体に関わり、実質的には申告税額等を正当でないものとして否定し、これに増額変更を加えて税額の総額を確定するものであるから、増額更正処分 の内容は、通知処分の内容を包摂する関係にある。したがって、そのよう な場合、その税額等を争う納税者は、増額更正処分に対する取消訴訟の中で、通知処分における減額更正をしない旨の判断に存する違法を主張し、申告税額等を下回る額にまで増額更正処分の取消しを求めれば足りるから、通知処分の取消しを求める訴えの利益は認められない。 本件においては、本件各更正処分対象法人税等につき、本件各更正処分 等がされるとともに、本件各事業年度の法人税等の各更正の請求に対して本件各通知処分がされており、原告はその双方の処分の取消しを求めているところ、上記の理由から、本件各更正処分対象法人税等通知処分の取消しを求める訴えは、訴えの利益を欠くものであり不適法である。 本件各更正処分等の適法性 ア施行令１１９条の２第１項１号の意義及び本件における適用関係被告の主張公益法人等の非収益事業から生じた所得については法人税が課されな 適法である。 本件各更正処分等の適法性 ア施行令１１９条の２第１項１号の意義及び本件における適用関係被告の主張公益法人等の非収益事業から生じた所得については法人税が課されない（法人税法７条）ため、同法第２編及び第３編の規定は適用されないことからすると、公益法人等が非収益事業に属する資産として有価証券 を取得することは、施行令１１９条１項及び１１９条の２第１項１号にいう「取得」に含まれない。また、公益法人等が、普通法人への移行前に、非収益事業に属する資産として同一銘柄の有価証券を１回又は複数回にわたり取得し、普通法人への移行後、さらに同一銘柄の有価証券を取得した場合においては、当該移行後の取得に係る同号にいう「その取 得の直前の帳簿価額」とは、当該移行後の取得の直前の税務上の帳簿価額を意味し、同取得後の「一単位当たりの帳簿価額」は、同取得の直前の税務上の帳簿価額と、同取得に係る取得価額との合計額を、当該有価証券の総数で除した平均単価をもって計算されることになる。そうすると、公益法人等が、普通法人への移行前に、非収益事業に属する資産と して同一銘柄の有価証券を１回又は複数回にわたり取得し、普通法人へ の移行後、同一銘柄の有価証券を追加取得することなく、当該有価証券を譲渡した場合、「その取得の直前の帳簿価額」とは、当該有価証券の譲渡直前の税務上の帳簿価額を意味すると解すべきである。 本件各譲渡有価証券については、公益法人等であった移行前の原告が非収益事業に属する資産として取得し、本件移行日後には同一銘柄の有 価証券を追加取得することなく、譲渡したものであり、本件各譲渡有価証券に係る「その取得の直前の帳簿価額」とは、譲渡直前の税務上の帳簿価額を意味するから、譲渡直前の税務上の帳簿 には同一銘柄の有 価証券を追加取得することなく、譲渡したものであり、本件各譲渡有価証券に係る「その取得の直前の帳簿価額」とは、譲渡直前の税務上の帳簿価額を意味するから、譲渡直前の税務上の帳簿価額をその有価証券の総数で除した平均単価が「一単位当たりの帳簿価額」となる。そして、原告は、本件移行日以降、本件各譲渡有価証券を譲渡するまでの間に、 帳簿価額の増減を伴う評価替えをしていないから、本件各譲渡有価証券の譲渡直前の税務上の帳簿価額は、本件移行日における税務上の帳簿価額と同額である。したがって、本件各譲渡有価証券の「その取得の直前の帳簿価額」は、本件移行日における税務上の帳簿価額であることになる。 施行令１１９条の２第１項１号につき上記のとおり解すべき理由は、以下のとおりである。 ａ 二重の所得金額の減少の防止法人税法６１条の２第１項２号は、有価証券の譲渡損益額の算定の基礎となる譲渡原価の額につき、取得価額ではなく、一単位当たりの 帳簿価額の算出の方法により算出した金額とする旨定めている。これは、有価証券の保有期間中における評価替えにより生ずる課税関係と整合した形で譲渡原価を定めることにより、有価証券の譲渡に伴う譲渡損益額に対する課税の際に、評価益の額に相当する金額を二重に益金の額に算入させ又は損金の額に算入させず、もって、所得の金額を 二重に増額させ、あるいは、評価損の額に相当する金額を二重に損金 の額に算入させ又は益金の額に算入させず、もって、所得の金額を二重に減少させること（以下「二重の所得減少」という。）を防止し、課税の公平を図るためである。 そして、公益法人等が非収益事業に属する資産として取得した有価証券について、普通法人への移行までの間に評価損の額を計上し、移 行 の所得減少」という。）を防止し、課税の公平を図るためである。 そして、公益法人等が非収益事業に属する資産として取得した有価証券について、普通法人への移行までの間に評価損の額を計上し、移 行時の会計上の帳簿価額が会計上の取得価額より減額されている場合には、当該評価損の額相当額につき、調整公益目的財産残額が少額となり、それゆえ支出超過額の損金への算入額が多額となることによって、移行後の各事業年度において所得の金額が減少することがあり得る。一方で、原告の主張するように、施行令１１９条の２第１項１号 にいう「その取得の直前の帳簿価額」を、評価損の額を計上する前の会計上の取得価額を意味するものと解すると、当該評価損の額相当額が譲渡原価の額に含まれたままとなる結果、譲渡利益額が少額となり、又は譲渡損失額が多額となることによって、上記評価損の額相当額につき、有価証券の譲渡の際においても所得の金額が減少するため、こ の点において、二重の所得減少が生じ得る。このような事態は、課税上の公平性を欠き、法人税法６１条の２第１項２号の趣旨に反するものである。したがって、公益法人等が非収益事業に属する資産として取得した有価証券について、普通法人への移行までの間に評価損の額を計上し、移行時の会計上の帳簿価額が会計上の取得価額より減額さ れている場合には、施行令１１９条の２第１項１号にいう「その取得の直前の帳簿価額」とは譲渡直前の税務上の帳簿価額を意味するものと解すべきである。 なお、評価損の額の計上による減額部分につき、調整公益目的財産残額が少額となることによっては、所得の金額が減少しない場合があ り得るとしても、そのような不明確かつ不確定な予測にすぎない事情 をもって、上記解釈の正当性が左右されるものではない。 が少額となることによっては、所得の金額が減少しない場合があ り得るとしても、そのような不明確かつ不確定な予測にすぎない事情 をもって、上記解釈の正当性が左右されるものではない。 ｂ 取得価額が判明しない可能性公益法人等が有価証券を取得した後、長期間経過した後に普通法人に移行する場合、取得時及びその後の会計上の帳簿が全て保存されていない可能性があり、かつ、移行時点で保存されている会計上の帳簿 の記載のみから、各取得時における取得価額を特定した上、各取得時の取得価額及び各取得の直前又は各取得の日の属する事業年度開始時の帳簿価額を基礎として、移行後の譲渡時の譲渡原価の額を納税者及び課税庁において算定することは、事実上不可能であることが十分あり得る。一方、法人税法６４条の４第６項及び６５条の委任を受けた 施行令１３１条の６は、累積所得金額等を計算する場合の移行時資産等（同条に定める移行時資産等をいう。以下同じ。）の帳簿価額を定めるのみならず、その定められた移行時資産等の移行時の帳簿価額を前提としてその後記帳がされ、その帳簿価額が、同法２２条から６４条までの各規定のうち帳簿価額をその課税要件の計算の基礎等とするも のにおける帳簿価額として用いられると解すれば、上記のような問題は生じない。それゆえ、移動平均法を定める施行令１１９条の２第１項１号も、このような仕組みを前提として定められているものとみるのが相当であり、同号にいう「その取得の直前の帳簿価額」とは譲渡直前の税務上の帳簿価額を意味するものと解釈すべきである。 ｃ 原告の指摘するその余の問題点について原告は、被告の主張する解釈の問題点を指摘するが、かかる指摘は、以下のとおり、いずれも失当である。 ⒜ 原告は、後記ｃ⒜のとおり主張する る。 ｃ 原告の指摘するその余の問題点について原告は、被告の主張する解釈の問題点を指摘するが、かかる指摘は、以下のとおり、いずれも失当である。 ⒜ 原告は、後記ｃ⒜のとおり主張するが、施行令１１９条の２第１項１号の定める移動平均法は、当該有価証券の譲渡の直前の帳簿 価額をその総数で除して平均単価を算出するのと同義である以上、 同号にいう「取得」がない場合に上記のとおり解することが文理解釈として無理があるとはいえない。また、「取得」が存在しないことと、移行法人が移行時資産等に該当する有価証券（以下「移行時資産等有価証券」という。）を保有しないこととは同義ではないから、被告の主張が「背理」であるとはいえない。 ⒝ 原告が後記ｃ⒝のとおり指摘する法人税法６４条の４第１項に定める累積所得金額等の計算は、公益法人等から普通法人に移行することで非収益事業に係る所得の累積額が課税対象となる局面であって、移行前の公益法人等の非収益事業につき同法第２編の規定を適用しているものではない。 原告の主張公益法人等が非収益事業に属する資産として有価証券を取得する場合も、施行令１１９条の２第１項１号にいう「取得」に当たり、施行令１１９条によって計算されるその取得価額が、同号にいう「その取得をした有価証券の取得価額」である。したがって、本件各譲渡有価証券に係 る「その取得をした有価証券の取得価額」とは、施行令１１９条に基づき計算されるその取得価額、すなわち移行前取得価額であり、これを当該銘柄の有価証券の総数で除して算出される平均単価が、法人税法６１条の２第１項２号にいう「一単位当たりの帳簿価額の算出の方法により算出した金額」となる。 被告は、公益法人等であった移行前の原告が、非収益事業 総数で除して算出される平均単価が、法人税法６１条の２第１項２号にいう「一単位当たりの帳簿価額の算出の方法により算出した金額」となる。 被告は、公益法人等であった移行前の原告が、非収益事業に属する資産として有価証券を取得し、本件移行日後に同一銘柄の有価証券を追加取得することなく譲渡した場合においては、当該有価証券の「その取得の直前の帳簿価額」とは、譲渡直前の税務上の帳簿価額を意味する旨主張するが、かかる解釈は以下のとおり誤りである。 ａ 二重の所得減少の防止 有価証券の譲渡損失については損金の額に算入できるのが原則であることなどからすれば、調整公益目的財産残額が少額になることによって、評価損の額相当額につき所得の金額が減少すると評価することはできない。 また、少なくとも、移行日における調整公益目的財産残額が公益目 的財産残額を上回る場合は、調整公益目的財産残額より先に公益目的財産残額が零になり、公益目的支出計画の実施完了の確認を受けることによって、調整公益目的財産残額を限度とする損金算入制限が終了することからすれば、調整公益目的財産残額が少額となることによって、所得の金額が評価損の額相当額分減少することにはならず、二重 の所得減少も生じ得ないから、このような場合にあっては、被告の主張する解釈は、むしろ法人税法６１条の２第１項２号の趣旨である二重の損益算入の防止に適合しないことになる。 ｂ 取得価額が判明しない可能性被告は、公益法人等が普通法人へと移行する前に取得した有価証券 について、会計上の帳簿が全て保存されていない可能性がある点を指摘するが、抽象的な可能性に過ぎず、移行前に取得した有価証券一般について被告の主張する解釈を採用すべき理由とはならない。 ｃ その余の問題点 、会計上の帳簿が全て保存されていない可能性がある点を指摘するが、抽象的な可能性に過ぎず、移行前に取得した有価証券一般について被告の主張する解釈を採用すべき理由とはならない。 ｃ その余の問題点⒜ 被告の主張する前記の解釈は、施行令１１９条の２第１項１号 の文言から読み取ることができないし、仮にかかる解釈をしたとしても、同号及び法人税法６１条の２第１項２号の文言上、「その有価証券のその取得の直前の帳簿価額」が「一単位当たりの帳簿価額の算出の方法により算出した金額」となるものではない。また、被告の解釈によると、移行法人の移行前の非収益事業に属する有価証券 の「取得」が存在しないにもかかわらず当該有価証券を保有してい ることになり、背理である。 ⒝ 被告は前記のとおり主張するが、法人税法７条は、公益法人等における収益事業から生じた所得以外の所得について法人税を課さないことを定めるに過ぎず、公益法人等の非収益事業に同法第２編及び第３編の規定が適用されないことを定めるものとは解されない。 また、被告の主張によっても、同法６４条の４第１項に定める累積所得金額等の計算に当たっては、移行法人の非収益事業に属する資産の帳簿価額が累積所得金額等に含まれるとされ、公益法人等の非収益事業に同法第２編の規定を適用している。したがって、同法７条の規定を根拠として、移行前の非収益事業に属する有価証券の取 得が施行令１１９条の２第１項１号にいう「取得」に該当しないと解することはできない。 イ施行令１３１条の６の適法性政令委任の限界ａ 被告の主張 前記アのとおり、本件各譲渡有価証券の「その取得の直前の帳簿価額」とは本件移行日における税務上の帳簿価額であるところ、ここでいう本件移行日における税務 政令委任の限界ａ 被告の主張 前記アのとおり、本件各譲渡有価証券の「その取得の直前の帳簿価額」とは本件移行日における税務上の帳簿価額であるところ、ここでいう本件移行日における税務上の帳簿価額の算定に当たっては、施行令１３１条の６が適用されるから、本件移行日における「その帳簿に記載されていた金額」が、本件移行日における税務上の帳簿価額と なる。 憲法の採用する租税法律主義の趣旨からすれば、課税要件等の定めを一般的又は包括的に政令に委任することは許されず、課税要件等に係る基本的事項については法律において定めることを要するが、その技術的細目的事項については、政令に委任することが許される。そし て、施行令１３１条の６は、法人税法６５条の委任を受けて、同法６ １条の２第１項２号にいう「一単位当たりの帳簿価額の算出の方法により算出した金額」を算出するための技術的細目的事項を定めたものであって、かかる委任は、租税法律主義に違反するものではない。なお、施行令１３１条の６は、累積所得金額等の計算に用いる移行時資産等の帳簿価額に関して定める部分については、同法６４条の４第６ 項の委任を受けている。 また、後記ｂの原告の主張は、以下のとおりいずれも失当である。 ⒜ 法人税法６５条の文言施行令には、法人税法６５条を含む複数の条項からの委任を受けて、当該各条項の適用場面で機能する規定が複数存在するから、施 行令１３１条の６が同法６４条の４第６項の委任を受けているからといって、同法６５条の委任を受けることがあり得ないとはいえない。 ⒝ 法令の体系上の位置付け法人税法６５条の委任を受けた施行令の規定は、施行令第２編第 １章第１節第４款以外にも存在するから、施行令１３１条の６が同款に存在し あり得ないとはいえない。 ⒝ 法令の体系上の位置付け法人税法６５条の委任を受けた施行令の規定は、施行令第２編第 １章第１節第４款以外にも存在するから、施行令１３１条の６が同款に存在しないことをもって、同法６５条の委任を受けていないことにはならない。 ⒞ 施行令１３１条の６の内容移行法人が、移行後の事業年度において所得の金額を計算するに 当たり、移行前の法人が有していた非収益事業に属する資産の帳簿価額を基礎とする場合は、法人税法６１条の２第１項２号が適用される場合に限られない。施行令１３１条の６は、移行時の帳簿価額を定め、移行法人の所得計算において、移行時資産等の移行時の会計上の帳簿価額を税務上の帳簿価額とすることを前提として、施行 令の各種計算規定を具体的にどのように適用するかは、解釈に委ね たものと解するのが相当である。したがって、同条が、委任を受けた規定であることを明示する文言を用いるなどの定め方をしていないことをもって、同条が同法６５条の委任を受けた規定ではないということはできない。 ⒟ 法人税法６１条の２第１項２号及び同条２３項との関係 移行法人が移行時資産等有価証券を移行後に譲渡し、移動平均法により譲渡原価の額の算定の基礎となる「一単位当たりの帳簿価額」を算出する場合、施行令１１９条の２第１項１号にいう「取得」とは、移行後の同一銘柄の有価証券の追加取得を指し、移行時資産等有価証券について移行後の追加取得がない場合には、「その有価証 券のその取得の直前の帳簿価額」は、譲渡直前の税務上の帳簿価額を意味すると解すべきであって、施行令１３１条の６は、当該「譲渡直前の税務上の帳簿価額」について、移行時の帳簿価額を基礎に算定するというものであるから、同条は、法人税法６１条の 前の税務上の帳簿価額を意味すると解すべきであって、施行令１３１条の６は、当該「譲渡直前の税務上の帳簿価額」について、移行時の帳簿価額を基礎に算定するというものであるから、同条は、法人税法６１条の２第１項２号及び同条２３項の委任を受けた施行令１１９条の２第１項１ 号の内容を変更するものではない。 ｂ 原告の主張施行令１３１条の６は、以下のとおり、法人税法６５条の委任を受けて、同法６１条の２第１項２号にいう「一単位当たりの帳簿価額の算出の方法により算出した金額」を算出するための技術的細目的事項 を定めたものということはできず、法律の委任を受けずに課税要件を定めるものであるから、憲法８４条に違反し、無効である。したがって、本件各更正処分等は、無効な施行令１３１条の６を適用するものであり、違法である。 ⒜ 法人税法６５条の文言 法人税法６５条は、同法２２条から６４条の４まで「に定めるも ののほか、各事業年度の所得の金額の計算に関し必要な事項は、政令で定める。」とするものであるから、同法２２条から６４条の４までの各規定が定める事項について、重複して政令に委任することはその文言上想定されていない。したがって、同法６４条の４第６項の委任を受けて定められた施行令１３１条の６が、同法６５条の 委任を重複して受けていることはあり得ない。 ⒝ 法令の体系上の位置付け施行令１３１条の６は、施行令第２編第１章第１節第３款の４「公益法人等が普通法人等に移行する場合の所得の金額の計算」に置かれた規定であるところ、これが対応するのは、同じ款名を持つ法人 税法第２編第１章第１節第１０款である。一方で、同法６５条が置かれているのは同節第１１款であって、同款に対応するのは、施行令第２編第１章第１節第４款である が対応するのは、同じ款名を持つ法人 税法第２編第１章第１節第１０款である。一方で、同法６５条が置かれているのは同節第１１款であって、同款に対応するのは、施行令第２編第１章第１節第４款である。したがって、施行令１３１条の６が同法６５条の委任を受けた規定であるとは解し得ない。 ⒞ 施行令１３１条の６の内容 施行令１３１条の６は、移行時資産等の移行時の帳簿価額について規定するのみであり、委任を受けた規定であることを明示する文言を欠くことに加え、その文言及び内容は法人税法６１条の２第２３項の委任を受けて同条１項２号の「一単位当たりの帳簿価額の算出の方法」の一つである移動平均法の具体的内容を定める施行令１ １９条の２第１項１号と関係しないし、同方法による算出の基礎となる「取得価額」（施行令１１９条）について定めるものでもないのであるから、同法６１条の２第１項２号を適用するために必要な技術的細目的事項を規定したものと解する余地はない。 ⒟ 法人税法６１条の２第１項２号及び同条２３項との関係 法人税法６１条の２第１項２号の定める「一単位当たりの帳簿価 額の算出の方法」は、同条２３項の委任を受けた施行令１１９条以下の規定においてその具体的内容が文言上一義的に定められているのであって、同法６５条は、これらの規定の内容を変更することを政令に委任したものとは解されない。被告の主張によれば、移行前の単一の取得しかない非収益事業に属する有価証券については、施 行令１３１条の６の適用により決まる移行時の帳簿価額が「一単位当たりの帳簿価額の算出の方法により算出した金額」になるというのであり、これは、上記の規定の内容を変更するものにほかならないから、同条は同法６５条の委任を受けた規定ではあり得ない。 法人税 単位当たりの帳簿価額の算出の方法により算出した金額」になるというのであり、これは、上記の規定の内容を変更するものにほかならないから、同条は同法６５条の委任を受けた規定ではあり得ない。 法人税法による委任の範囲の逸脱の有無 ａ 被告の主張前記アａのとおり、公益法人等が非収益事業に属する資産として取得した有価証券について、普通法人への移行までの間に評価損の額を計上した場合、調整公益目的財産残額が少額となることにより、所得の金額が評価損の額相当額分減少し得るのであるから、この場合に 施行令１３１条の６を適用することは、法人税法６１条の２第１項２号の趣旨に反せず、同法６５条の委任の範囲を超えるものではないし、二重の所得減少が生じない場合があり得るとしても、かかる結論を左右するものではない。 ｂ 原告の主張 仮に、施行令１３１条の６が法人税法６５条の委任を受けた規定であるとしても、前記アａのとおり、一般的に、あるいは少なくとも移行日における調整公益目的財産残額が公益目的財産残額を上回る場合は、調整公益目的財産残額が少額になることによって、所得の金額が評価損の額相当額分減少するとはいえないことからすれば、施行令 １３１条の６は、修正公益目的財産残額の計算の基礎に含まれる資産 に対して適用される限度で、あるいは、少なくとも同資産に対して適用され、かつ、移行日における調整公益目的財産残額が公益目的財産残額を上回る場合に適用される限度では、同法６５条の委任の範囲を超えており、無効である。 そして、本件各譲渡有価証券は、全て修正公益目的財産残額の計算 の基礎に含まれる資産であり、かつ、本件移行日における調整公益目的財産残額が公益目的財産残額を上回っていたから、本件各更正処分等は、無効な 本件各譲渡有価証券は、全て修正公益目的財産残額の計算 の基礎に含まれる資産であり、かつ、本件移行日における調整公益目的財産残額が公益目的財産残額を上回っていたから、本件各更正処分等は、無効な施行令１３１条の６を適用するものであり、違法である。 ウ施行令１３１条の６の「その帳簿に記載されていた金額」の意義被告の主張 前記アのとおり、本件各譲渡有価証券の「その取得の直前の帳簿価額」（施行令１１９条の２第１項１号）とは、税務上の帳簿価額であり、施行令１３１条の６により定まる。そして、同条にいう「その帳簿に記載されていた金額」とは、以下のとおり、移行時の会計上の帳簿価額、すなわち評価損益の計上を含む決算整理仕訳の結果を反映した帳簿価額 を意味するものと解釈すべきである。したがって、本件各譲渡有価証券に係る「その帳簿に記載されていた金額」とは、本件各譲渡有価証券処理後価額である。 ａ 施行令１３１条の６の趣旨は、公益法人等が普通法人に移行する場合、非収益事業に属していた資産及び負債には会計上の帳簿価額しか 付されていないため、この場合における税務上の帳簿価額に関する規定を明確化することにある。その趣旨及び同条の文言からすれば、同条にいう「帳簿」とは、決算整理を反映した会計上の帳簿をいうことは明らかである。 前記イａのとおり、移行法人が移行時資産等有価証券を移行後に 譲渡した場合における譲渡原価の額は、移行時の税務上の帳簿価額を 基礎として算定すべきであるところ、上記の解釈はこれと整合するものである。さらに、移行日における調整公益目的財産残額は、移行前の法人の最終事業年度の末日を基準とした決算整理後の貸借対照表を基礎として計算することを前提としているところ、上記の解釈はこれとも整合 のである。さらに、移行日における調整公益目的財産残額は、移行前の法人の最終事業年度の末日を基準とした決算整理後の貸借対照表を基礎として計算することを前提としているところ、上記の解釈はこれとも整合する。 ｂ 原告の主張するように、「その帳簿に記載されていた金額」とは実際の帳簿に実際に記載されていた金額をいうものと解釈するとすれば、決算整理前の金額をもって帳簿価額とすることになるから、決算整理における有価証券の評価替えや減価償却資産の償却費の計上が反映されないだけでなく、例えば決算整理において当初誤って入力されてい た仕訳の修正入力を行った場合、当該誤った仕訳に基づく金額が帳簿価額となることになるものであって、最終的に財務諸表に記載された帳簿価額による資産等の移行ができないことになり、不合理である。 原告の主張仮に、被告の主張するとおり、施行令１３１条の６が有効であり、本 件各譲渡有価証券の「その取得の直前の帳簿価額」、すなわち税務上の帳簿価額の算定において適用されるものであるとしても、以下のとおり、同条にいう「その帳簿に記載されていた金額」とは、移行日において実際の帳簿に実際に記載されていた金額を意味するものと解釈すべきであって、被告の主張する解釈は、同条の文言に反するものである。したが って、本件各譲渡有価証券に係る「その帳簿に記載されていた金額」とは、移行前取得価額である。 ａ 施行令１３１条の６の趣旨が、累積所得金額等の計算方法が納税者ごとに区々となることを防止し、課税の公平を図ることにあるとすれば、原告の主張するように「その帳簿に記載されていた金額」は移行 日において実際の帳簿に実際に記載されていた金額を意味するものと 解釈すれば、同金額を直接かつ一義的に導くことのできる 原告の主張するように「その帳簿に記載されていた金額」は移行 日において実際の帳簿に実際に記載されていた金額を意味するものと 解釈すれば、同金額を直接かつ一義的に導くことのできる明確な基準となり、上記趣旨に沿うのに対し、被告の主張するように決算整理を反映した会計上の帳簿価額を意味するものと解釈すれば、決算整理により移行日の資産の会計上の帳簿価額が明らかになるわけではないから、同価額を一義的に明確に決めることができず、かえって上記趣旨 に反することになる。 ｂ 決算整理は、そもそも財務諸表の作成という帳簿外の手続のために行われるものであり、帳簿上の手続の中で、移行日における資産及び負債の帳簿価額を算定するために行われるものではない。また、決算整理を経て作成される財務諸表には、期首の帳簿価額とは全く異なる こともある期末の帳簿価額のみが表示されるものであって、決算整理により、移行日の属する事業年度の期首、すなわち移行日における資産の会計上の帳簿価額が明らかになるものではない。 エ施行令１３１条の６が適用されない場合の譲渡原価の額被告の主張 仮に、施行令１３１条の６が無効又は本件に適用されないとした場合であっても、本件各譲渡有価証券の譲渡原価の額は、決算整理後の貸借対照表を用いて税務上の帳簿価額を算定するものと解すべきである。なぜなら、移行法人は、整備法６０条に基づき作成が義務付けられる貸借対照表の資産の額を基礎として公益目的財産額を算定し、移行登記の日 から３か月以内に、公益目的財産額及び算定日における貸借対照表等を提出することが義務付けられ、行政庁がその金額に誤りがないことを確認することで、公益目的財産額が確定する仕組みとなっているのであるから、公益目的財産額は、移行後に決算整理 定日における貸借対照表等を提出することが義務付けられ、行政庁がその金額に誤りがないことを確認することで、公益目的財産額が確定する仕組みとなっているのであるから、公益目的財産額は、移行後に決算整理を行って確定した貸借対照表に基づき確定することが当然の前提とされているのであって、移行時 資産等に係る税務上の帳簿価額についても、決算整理後の貸借対照表を 用いて算定するのが合理的であるからである。このような方法は、法人税法の定める確定決算主義（同法７４条）や一般に公正妥当と認められる会計処理の基準（同法２２条４項）に反するものでもない。 そして、前記アのとおり、施行令１１９条の２第１項１号にいう「取得」とは、移行後の同一銘柄の有価証券の追加取得を指すと解すべきで あり、移行後に同一銘柄の追加取得がない移行時資産等有価証券については、「その取得の直前の帳簿価額」とは、移行時に付された税務上の帳簿価額を基礎とする、譲渡直前の帳簿価額を指すと解すべきである。 したがって、施行令１３１条の６が無効又は本件に適用されないとしても、決算整理後の貸借対照表に基づく移行時資産等有価証券の帳簿価 額をもって譲渡原価とすべきであるから、これと同旨の計算に基づく本件各更正処分等はその結論において誤りがない。 原告の主張前記の被告の解釈は、法令の根拠なく有価証券の譲渡損益額の算定の基礎となる「一単位当たりの帳簿価額の算出の方法により算出した金 額」（法人税法６１条の２第１項２号）という課税要件を定めているものにほかならないから、租税法律主義（憲法８４条）の内容である課税要件法定主義に照らして、正当化される余地がない。 本件各通知処分の適法性ア本件各移行減価償却資産について 損金経理額（法人税法３ から、租税法律主義（憲法８４条）の内容である課税要件法定主義に照らして、正当化される余地がない。 本件各通知処分の適法性ア本件各移行減価償却資産について 損金経理額（法人税法３１条４項の意義及び本件における適用関係）ａ 被告の主張移行前の原告は、公益法人等に該当し又は該当するとみなされていたため、収益事業から生じた所得以外の所得については法人税を課さないものとされていた（法人税法７条）。そのため、本件移行日前であ る移行前最終事業年度の原告においては、非収益事業に属する減価償 却資産であった本件各移行減価償却資産につき、同法３１条４項にいう「所得の金額の計算」が存在しないから、「所得の金額の計算上損金の額に算入されなかつた金額」も存在しない。したがって、原告が本件移行日前に計上した減価償却費は、同項にいう「所得の金額の計算上損金の額に算入されなかつた金額」には含まれない。 仮に、公益法人等が、移行前に、非収益事業に属する減価償却資産につき計上した減価償却費が、「所得の金額の計算上損金の額に算入されなかつた金額」に該当するとすれば、当該金額は、税務上の帳簿価額からの減額がされなかったものとみなされる（法人税法３１条６項、施行令６２条）ため、会計上の帳簿価額と税務上の帳簿価額との間に 差異が生ずることとなる。一方、累積所得金額等を計算する場面においては、同法６４条の４第６項の委任に基づく施行令１３１条の６により、移行時資産等については移行時の会計上の帳簿価額を税務上の帳簿価額とすることとなるのであるから、会計上の帳簿価額と税務上の帳簿価額との間に差異が生ずることは予定されていない。その点に 鑑みても、原告の主張する解釈は採用の余地がない。 したがって、本件各移行減価償 ととなるのであるから、会計上の帳簿価額と税務上の帳簿価額との間に差異が生ずることは予定されていない。その点に 鑑みても、原告の主張する解釈は採用の余地がない。 したがって、本件各移行減価償却資産について、移行前最終事業年度の決算整理において計上された減価償却費を、移行後の事業年度において損金の額に算入することはできない。 ｂ 原告の主張 法人税法７条は、公益法人等の収益事業から生じた所得以外の所得については法人税を課さないことを定めるにとどまり、公益法人等であっても、内国法人に該当する限りは同法第２編の規定が適用され、「所得の金額の計算」が発生する。 また、被告の主張を前提としても、被告の主張する税務上の帳簿価 額は、償却限度額の計算に影響を及ぼすものであって、損金経理額の 計算に影響を及ぼすものではないから、累積所得金額等を計算する場面に関する点を理由として、損金経理額に関する規定の解釈を基礎付けることはできない。 したがって、被告の主張は理由がなく、原告が本件移行日前に計上した償却費は、法人税法３１条４項にいう「所得の金額の計算上損金 の額に算入されなかつた金額」に当たり、移行後の事業年度において損金の額に算入することができる。 償却限度額ａ 施行令４８条１項１号イの意義及び本件における適用関係⒜ 被告の主張 移行法人の移行後最初の事業年度においては、移行法人が各事業年度の終了の時において有する減価償却資産のうち、移行前において非収益事業に係るものとして保有していた移行時資産等である減価償却資産（以下「移行時資産等減価償却資産」という。）につき、施行令４８条１項１号イにいう「既にした償却の額で各事業年度 の所得の金額…の計算上損金の額に算入された金額」は 資産等である減価償却資産（以下「移行時資産等減価償却資産」という。）につき、施行令４８条１項１号イにいう「既にした償却の額で各事業年度 の所得の金額…の計算上損金の額に算入された金額」は存在しない。 しかしながら、前記アａと同様、移行時資産等減価償却資産について、普通法人への移行までの間に評価損の額を計上し、移行時の会計上の帳簿価額が会計上の取得価額より減額されている場合には、当該評価損の額相当額につき、調整公益目的財産残額が少額 となり、それゆえ支出超過額の損金への算入額が多額となることによって、移行後の各事業年度において所得の金額が減少することがあり得る。そのため、移行時資産等減価償却資産について、施行令５４条により計算される取得価額の全額を旧定率法における償却限度額の計算の基礎とし得るとすれば、当該評価損の額相当額につき、 所得の金額が減少することにより、当該年度において償却限度額が 過大に計算されることになり、普通法人との間で税負担の公平性が大きく阻害される。 そのことに加え、減価償却の趣旨や、旧定率法の性質に照らせば、移行後の事業年度において、移行時資産等減価償却資産に係る償却限度額を、旧定率法を用いて計算する場合、施行令４８条１項１号 イにいう「取得価額（既にした償却の額で各事業年度の所得の金額…の計算上損金の額に算入された金額…を控除した金額）」と規定するのは、当該事業年度の期首における税務上の帳簿価額に旧定率法の償却率を乗じて償却限度額を計算することを定めた趣旨であると解すべきである。 ⒝ 原告の主張施行令４８条１項１号イにいう「取得価額（既にした償却の額で各事業年度の所得の金額…の計算上損金の額に算入された金額…を控除した金額）」とは、施行令５４条 べきである。 ⒝ 原告の主張施行令４８条１項１号イにいう「取得価額（既にした償却の額で各事業年度の所得の金額…の計算上損金の額に算入された金額…を控除した金額）」とは、施行令５４条に基づき計算される取得価額から、既にした償却の額で各事業年度の所得の金額の計算上損金の 額に算入された金額を控除した金額を意味する。移行時資産等減価償却資産に係る償却限度額を、旧定率法を用いて計算する場合、移行法人の移行後最初の事業年度においては、既にした償却の額で各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入された金額は存在しないから、施行令４８条１項１号イにいう「取得価額（既にした 償却の額で各事業年度の所得の金額…の計算上損金の額に算入された金額…を控除した金額）」は、施行令５４条に基づき計算される取得価額と同額となる。 前記アａと同様、被告の主張するような二重の所得減少が生ずるとは評価できず、仮に生ずるとしても限られた場合において発 生するものにすぎないから、施行令４８条１項１号イについて被 告の主張する解釈を採用すべき理由とはならない。 被告の主張する解釈は、施行令４８条１項１号イに明確に定められた「取得価額（既にした償却の額で各事業年度の所得の金額…の計算上損金の額に算入された金額…を控除した金額）」の内容や、法人税法３１条６項の委任を受けた施行令５４条の内容を、合理的 理由なく変更するものであり、許されるものではない。 ｂ 施行令１３１条の６の適法性⒜ 政令委任の限界ⅰ 被告の主張前記ａ⒜のとおり、移行法人の移行後最初の事業年度において は、移行時資産等減価償却資産に係る施行令４８条１項１号イにいう「取得価額（既にした償却の額で各事業年度の所得の金額…の計算上 張前記ａ⒜のとおり、移行法人の移行後最初の事業年度において は、移行時資産等減価償却資産に係る施行令４８条１項１号イにいう「取得価額（既にした償却の額で各事業年度の所得の金額…の計算上損金の額に算入された金額…を控除した金額）」とは、移行日における税務上の帳簿価額を意味するところ、ここでいう税務上の帳簿価額の算定に当たっては、施行令１３１条の６が適 用されるから、本件各移行減価償却資産の「取得価額（既にした償却の額で各事業年度の所得の金額…の計算上損金の額に算入された金額…を控除した金額）」とは、移行日における「その帳簿に記載されていた金額」となる。 施行令１３１条の６は、法人税法６５条の委任を受けて、同法 ３１条１項の「償却限度額」を旧定率法により計算するための技術的細目的事項を定めたものであって、かかる委任は、租税法律主義に違反するものではない。 また、後記ⅱの原告の主張は、以下のとおりいずれも失当である。 ⅰ 法人税法６５条の文言 前記イａ⒜のとおり、施行令１３１条の６が、法人税法６４条の４第６項に加えて同法６５条の委任も重ねて受けることはあり得ないものではない。 ⅱ 法令の体系上の位置付け前記イａ⒝のとおり、施行令１３１条の６が施行令第２ 編第１章第１節第４款に存在しないことをもって、法人税法６５条の委任を受けていないことにはならない。 ⅲ 施行令１３１条の６の内容前記イａ⒞と同様、施行令１３１条の６が、委任を受けた規定であることを明示する文言を用いるなどの定め方をして いないことをもって、同条が法人税法６５条の委任を受けた規定ではないということはできない。 ⅳ 法人税法３１条１項等との関係被告の主張は、普通法人が減価償却資産を取得し どの定め方をして いないことをもって、同条が法人税法６５条の委任を受けた規定ではないということはできない。 ⅳ 法人税法３１条１項等との関係被告の主張は、普通法人が減価償却資産を取得した場合であれば、取得価額が減価償却を開始した最初の事業年度の帳簿価 額となることに加え、減価償却の意義並びに定率法及び旧定率法の計算方法を根拠とするものであって、独自に「税務上の帳簿価額」に関して概念を創設するものではないし、かかる解釈が、施行令５４条の内容を変更する結果となるものでもない。 ⅱ 原告の主張 施行令１３１条の６は、以下のとおり、法人税法６５条の委任を受けて、同法３１条１項の「償却限度額」を旧定率法により計算するための技術的細目的事項を定めたものということはできず、法律の委任を受けずに課税要件を定めるものであるから、憲法８４条に違反し、無効である。したがって、本件各通知処分は、無 効な施行令１３１条の６を適用するものであり、違法である。 ⅰ 法人税法６５条の文言前記イｂ⒜のとおり、施行令１３１条の６は、法人税法６４条の４第６項の委任を受けているものであるから、同法６５条の文言に照らして、重複して同条の委任を受けることはあり得ない。 ⅱ 法令の体系上の位置付け前記イｂ⒝のとおり、施行令１３１条の６は、法人税法６５条が置かれている款に対応する施行令第２編第１章第４款とは異なる款に置かれているから、施行令１３１条の６が同法６５条の委任を受けた規定であるとは解し得ない。 ⅲ 施行令１３１条の６の内容施行令１３１条の６は、移行時資産等の移行時の帳簿価額について規定するのみであり、その文言及び内容は施行令４８条１項１号イが減価償却資産の償却限度額の計算の基礎と ⅲ 施行令１３１条の６の内容施行令１３１条の６は、移行時資産等の移行時の帳簿価額について規定するのみであり、その文言及び内容は施行令４８条１項１号イが減価償却資産の償却限度額の計算の基礎とする「取得価額」や「既にした償却の額で各事業年度の所得の金額 …の計算上損金の額に算入された金額…を控除した金額」について定めるものでもないのであるから、法人税法３１条１項を適用するために必要な技術的細目的事項を規定したものと解する余地はない。 ⅳ 法人税法３１条１項等との関係 法人税法３１条１項にいう「償却限度額」の内容は、同条６項の委任を受けた施行令４８条１項１号イにおいて文言上一義的かつ具体的に定められており、かつ、同規定にいう「取得価額」は施行令５４条に基づき決まることも明確に定められているのであって、同法６５条は、これらの規定の内容を変更す ることを政令に委任したものとは解されない。 ⒝ 法人税法による委任の範囲の逸脱の有無ⅰ 被告の主張前記アａと同様の理由から、減価償却資産について取得価額を基に償却限度額を計算すると、二重の所得減少を生じさせる結果となり得るのであって、このことは、移行後に修正公益目的 財産残額（施行令１３１条の５第１項３号イ）の計算に含まれる減価償却資産について取得価額を基に償却限度額を計算する場合であっても同様である。 したがって、施行令１３１条の６は、法人税法６５条の委任の範囲を逸脱するものではない。 ⅱ 原告の主張前記アａと同様の理由から、移行後に修正公益目的財産残額（施行令１３１条の５第１項３号イ）の計算に含まれる減価償却資産について取得価額を基に償却限度額を計算しても、二重の所得減少は生じない。 したがって、仮に ら、移行後に修正公益目的財産残額（施行令１３１条の５第１項３号イ）の計算に含まれる減価償却資産について取得価額を基に償却限度額を計算しても、二重の所得減少は生じない。 したがって、仮に、施行令１３１条の６が法人税法６５条の委任を受けて、償却限度額を計算するための技術的細目的事項を定めた規定であるとしても、施行令１３１条の６は、修正公益目的財産残額の計算に含まれる資産について「償却限度額」を算定する限度においては、あるいは、少なくとも、調整公益目的財産残 額の計算に含まれる資産に対して適用され、かつ、当初調整公益目的財産残額が、公益目的財産残額を上回る場合に、修正公益目的財産残額の計算に含まれる資産について「償却限度額」を計算する限度においては、同法３１条１項の趣旨に適合しないから、その限度においては同法の委任の範囲を逸脱したものであり、無 効である。 ｃ 施行令１３１条の６の「その帳簿に記載されていた金額」の意義⒜ 被告の主張前記ウのとおり、施行令１３１条の６にいう「その帳簿に記載されていた金額」とは、決算整理を経た後の移行日時点の会計上の帳簿価額を意味する。 ⒝ 原告の主張前記ウのとおり、施行令１３１条の６にいう「その帳簿に記載されていた金額」とは、移行日に実際の帳簿に実際に記載されていた金額を意味する。 ｄ 施行令１３１条の６が適用されない場合の償却限度額 ⒜ 被告の主張前記ａ⒜のとおり、施行令４８条１項１号イにいう「取得価額（既にした償却の額で各事業年度の所得の金額…の計算上損金の額に算入された金額…を控除した金額）」とは、税務上の帳簿価額を意味するところ、仮に、施行令１３１条の６が無効又は適用されない とした場合であっても、ここにいう 度の所得の金額…の計算上損金の額に算入された金額…を控除した金額）」とは、税務上の帳簿価額を意味するところ、仮に、施行令１３１条の６が無効又は適用されない とした場合であっても、ここにいう税務上の帳簿価額とは、移行時の会計上の帳簿価額、すなわち決算整理を経た後の移行日時点の会計上の帳簿価額を意味すると解されるから、これに所定の償却率を乗じた金額が、旧定率法により計算される償却限度額となる。 ⒝ 原告の主張 施行令１３１条の６が無効又は適用されない場合、移行時資産等減価償却資産に係る法人税法３１条１項にいう「償却限度額」は、移行前の取得時の取得価額を基礎として計算される。 イ本件各収益事業帰属減価償却資産について原告の主張 ａ 損金の額に算入されるべき償却費の増加額 本件各収益事業帰属減価償却資産の減額処理に係る金額は「当該償却事業年度前の各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入されなかつた金額」（法人税法３１条４項）に当たる。 そして、本件各収益事業帰属減価償却資産は、別紙５の１から８までの各表記載の各減価償却資産のうち「移行日に属していた事業区分」 欄に「収益事業」とある資産である。原告は、本件各収益事業帰属減価償却資産を、「①取得価額」欄記載の取得価額により取得した後、「⑥過去の償却不足額の一括償却費（①－③）」欄記載の金額の減価償却費を一括で計上したことにより、その会計上の帳簿価額は「③決算整理仕訳の後の会計上の帳簿価額」欄記載の金額となった。 ⒜ 旧定率法が適用される本件各収益事業帰属減価償却資産本件各収益事業帰属減価償却資産のうち、旧定率法が適用されるもの（別紙５の１から７までの各表に記載したもの）につき、原告は、本件各確定申告においては、誤って 用される本件各収益事業帰属減価償却資産本件各収益事業帰属減価償却資産のうち、旧定率法が適用されるもの（別紙５の１から７までの各表に記載したもの）につき、原告は、本件各確定申告においては、誤って、減価償却費の一括計上後の会計上の帳簿価額、すなわち別紙５の１から７までの各表の「③ 決算整理仕訳の後の会計上の帳簿価額」欄記載の金額を基に償却限度額に計算し、その金額は「④決算整理仕訳の後の金額を基に計算した償却限度額」欄記載の金額であるものとして申告をした。ところが、本来は、これらの資産に係る償却限度額は、移行前の原告による取得価額、すなわち「①取得価額」欄記載の取得価額を基に計 算すべきであり、その償却限度額は「②取得価額を基に計算した償却限度額」欄記載の金額である。そのため、損金の額に算入されるべき償却費は、本件各確定申告において損金に算入した償却費と比べて、別紙５の１から７までの各表の「⑤更正の請求により損金の額に算入される償却費の増加額」欄記載の金額分増加する。 ⒝ 旧定額法が適用される本件各収益事業帰属減価償却資産 本件各収益事業帰属減価償却資産のうち、旧定額法が適用されるもの（別紙５の８の表に記載したもの）につき、原告は、本件各確定申告においては、誤って、平成３０年３月期に会計上減価償却費として計上した金額、すなわち別紙５の８の表の「④当期における会計上の償却費（損金の額に算入した償却費）」のみを損金経理額に 計上した。ところが、原告が一括計上した減価償却費の金額のうち、損金に計上しなかった金額は、「当該償却事業年度前の各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入されなかつた金額」（法人税法３１条４項）として、損金経理額に算入すべきである。そのため、平成３０年３月期においては た金額は、「当該償却事業年度前の各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入されなかつた金額」（法人税法３１条４項）として、損金経理額に算入すべきである。そのため、平成３０年３月期においては、同表の「減価償却資産」欄記載の減価 償却資産につき、損金の額に算入されるべき償却費は、本件各確定申告において計上した償却費と比べて、同表の「⑤更正の請求により損金の額に算入される償却費の増加額」欄記載の金額分増加する。 ｂ 被告の主張について前記ａの原告の主張が更正の請求の排他性に反するから許されない 旨の被告の主張は、時機に後れた主張であるから、却下を求める。 更正をすべき理由がない旨の通知処分の取消しの訴えにおける実体上の審判の対象は当該処分によって確定された税額等の適否であるから、更正の請求をした納税者が更正の請求書に記載した「更正の請求をする理由」以外の事項を、当該処分の取消訴訟において主張するこ とが制限されるものではない。また、仮に更正の請求をする理由として記載した事項と異なる主張が制限されると解するとしても、原告が更正の請求書において理由として記載したのは、要するに、減価償却資産の償却費に関して、損金の額への算入漏れがあり、法人税額が過大になっているというものであって、原告の上記主張は、これと異な る理由をもって本件各通知処分の違法を主張するものではないから、 その主張が制限されることはない。 被告の主張ａ 原告の更正の請求における主張は、本件各移行減価償却資産が収益事業に属しないことを前提としつつ、移行時に実際に帳簿に記載されていた価額を移行時の帳簿価額として減価償却を行うべきとするもの であったのに対し、前記ａの原告の主張は、本件各移行減価償却資産の一部が収益事業 とを前提としつつ、移行時に実際に帳簿に記載されていた価額を移行時の帳簿価額として減価償却を行うべきとするもの であったのに対し、前記ａの原告の主張は、本件各移行減価償却資産の一部が収益事業に属するものであったというのであるから、重要な前提事実及び法令の適用関係において異なるものである。それゆえ、本件訴訟においてこれを理由として本件各通知処分の違法を主張することは、更正の請求の排他性に反し、許されない。 ｂ 原告の主張する、本件各収益事業帰属減価償却資産の減額処理に係る金額は、否認する。原告が移行前最終事業年度に会計上減価償却費として経理された金額は６８０１万９４０３円であり、その全額が法人税の所得の金額の計算上損金に算入済みである一方、同金額を超えて計上された減価償却費の存在は立証されていない。また、本件各事 業年度終了の時において有する減価償却資産としては、原告が主張するもの以外にも存在することが証拠上うかがわれ、原告の主張する収益事業に帰属する減価償却資産の範囲は不分明である。さらに、各事業年度における原告の所得の金額の計算上損金の額に算入されるべき各償却費の額を計算するには、原告が本件各事業年度終了の時におい て有する全ての各減価償却資産につき、その税務上の取得価額及び耐用年数等が明らかにされなければならないところ、原告はそれらにつき何らの主張も立証もしていない。 第３ 裁判所の判断 １ 本件各更正処分対象法人税等通知処分の取消しの訴えの利益 更正の処分と更正の請求との関係等 更正の処分は、納税者の提出した納税申告書について、税務署長において、課税標準、税額等が、その調査した結果と異なる場合に、徴税権者の立場から、その課税標準、税額等を更正する処分であり、調査により得 更正の処分は、納税者の提出した納税申告書について、税務署長において、課税標準、税額等が、その調査した結果と異なる場合に、徴税権者の立場から、その課税標準、税額等を更正する処分であり、調査により得た資料等に基づき、課税の要件に係る事実を全体的に見直し、申告された税額をも含め、納税義務の総額を確定することを目的とするものであり、増額更正処分は、 単に、申告された税額に対し、更正された税額との差額分の税額を追加するだけのものではなく、申告により一応確定した税額を変更し、申告された税額を含めて納税者の納税額の総額を確定するものと解される。他方、更正の請求に理由がない旨の通知処分は、納税者の申告による税額の減額等を求める更正の請求に対し、その税額等の減額を拒否する旨の処分であり、これに より、申告された税額等について減額を認めないことを確定させる効果を有するものである。 そうすると、増額更正処分と更正の請求に理由がない旨の通知処分は、手続的には別個独立の処分であるが、いずれも法人税の納税義務の確定に関わる処分であるところ、更正の請求に理由がない旨の通知処分は、申告された 税額の減少のみに関わるのに対し、増額更正処分は、課税要件事実を全体的に見直し、申告に係る税額を含めて、全体としての納付すべき税額の総額を確定するものであって、実質的には申告に係る税額を減額しないという趣旨も含むものであるから、両者が同一の法人税の納税義務について行われた場合、増額更正処分の内容が更正の請求に理由がない旨の通知処分の内容を実 質的に包摂するものということができる。 したがって、増額更正処分と更正の請求に理由がない旨の通知処分がされた場合、税額等を争う納税者は、これらの処分の前後を問わず、増額更正処分の取消しを求める訴えを提起して更正の ということができる。 したがって、増額更正処分と更正の請求に理由がない旨の通知処分がされた場合、税額等を争う納税者は、これらの処分の前後を問わず、増額更正処分の取消しを求める訴えを提起して更正の請求に理由がない旨の通知処分の違法も併せて主張して争うことにより、更正の請求に係る税額を超える部分 の取消しを求めることができるものと解され、税額の全体を争うことができ るのであって、これと別個に更正の請求に理由がない旨の通知処分を争う利益を有しないものと解すべきである。そして、このように解することが、同一の法人税の納税義務に関わる２つの処分の取消訴訟が別個に係属することにより生ずる審理及び判断の重複又は抵触を避けるためにも相当である。 本件各更正処分対象法人税等通知処分について 本件各更正処分対象法人税等については、前記前提事実イのとおり、処分行政庁による本件各更正処分等がされるとともに、同ウのとおり、原告が更正の請求を行い、処分行政庁による本件各更正処分対象法人税等通知処分がされたものであり、原告の請求の趣旨第１項及び第２項の請求は、本件各更正処分対象法人税等について本件各更正処分等の取消しを求める（請 求の趣旨第１項）とともに、本件各通知処分の取消しをも求めている（同第２項）ものであるから、請求の趣旨第２項の請求のうち本件各更正処分対象法人税等通知処分の取消しを求める部分は、訴えの利益を欠き、不適法である。 なお、原告は、請求の趣旨第１項及び第２項の請求と選択的併合の関係に ある請求として、同第３項及び第４項の請求をしているところ、後者の請求においては、前記の解釈を前提に、本件各更正処分等に加え、本件各通知処分のうち本件各更正処分対象法人税等通知処分以外のものに限ってその取消しを求め ３項及び第４項の請求をしているところ、後者の請求においては、前記の解釈を前提に、本件各更正処分等に加え、本件各通知処分のうち本件各更正処分対象法人税等通知処分以外のものに限ってその取消しを求めているものであるから、審理の重複及び判断の抵触が生ずるおそれはなく、不適法な点は存在しない。 ２ 本件各更正処分等の適法性施行令１１９条の２第１項１号の意義及び本件における適用関係ア規定の内容施行令１１９条の２第１項１号は、有価証券の譲渡に係る原価の額を計算する場合におけるその一単位当たりの帳簿価額の算出の方法の一つとし て移動平均法を定めるとともに、その内容を定義する規定である。同号に よると、移動平均法とは、「有価証券をその銘柄の異なるごとに区別し、その銘柄を同じくする有価証券の取得（中略）をする都度その有価証券のその取得の直前の帳簿価額とその取得をした有価証券の取得価額（中略）との合計額をこれらの有価証券の総数で除して平均単価を算出し、その算出した平均単価をもつてその一単位当たりの帳簿価額とする方法をいう。」 とされている。 イ文理解釈憲法は、国民は法律の定めるところにより納税の義務を負うことを定め（３０条）、新たに租税を課し又は現行の租税を変更するには、法律又は法律の定める条件によることを必要としており（８４条）、それゆえ、課 税要件及び租税の賦課徴収の手続は、法律で明確に定めることが必要である（最高裁昭和５５年（行ツ）第１５号同６０年３月２７日大法廷判決・民集３９巻２号２４７頁参照）。そして、このような租税法律主義の原則に照らすと、租税法規はみだりに規定の文言を離れて解釈すべきものではないというべきである（最高裁昭和４３年（行ツ）第９０号同４８年１１ 月１６日第二小 ）。そして、このような租税法律主義の原則に照らすと、租税法規はみだりに規定の文言を離れて解釈すべきものではないというべきである（最高裁昭和４３年（行ツ）第９０号同４８年１１ 月１６日第二小法廷判決・民集２７巻１０号１３３３頁、最高裁平成１９年（行ヒ）第１０５号同２２年３月２日第三小法廷判決・民集６４巻２号４２０頁、最高裁平成２６年（行ヒ）第１９０号同２７年７月１７日第二小法廷判決・裁判集民事２５０号２９頁参照）。 このことを前提として施行令１１９条の２第１項１号の文言を見ると、 同号にいう「取得」について、公益法人等が非収益事業に属する資産として有価証券を取得する場合がこれに含まれないと限定的に解すべき文言上の根拠は見当たらない。加えて、被告の主張によると、原告は、同号にいう「取得」によらずに、本件各譲渡有価証券を保有するに至ったことになるところ、同号の定める移動平均法は、「その銘柄を同じくする有価証券 の取得」をする都度、「その取得の直前の帳簿価額」と「その取得をした 有価証券の取得価額」とに基づいて、新たな一単位当たりの帳簿価額を算出するというものであり、同号の文言上、「取得」以外の方法によって有価証券を保有するに至った場合の一単位当たりの帳簿価額の計算方法に関する定めを読み取ることができないことからすれば、かかる場合自体が想定されていないものと解するほかなく、「取得」との文言につき、上記の とおり限定的に解釈することは困難である。 また、「内国法人が有価証券の取得をした場合」における「その取得価額」の計算方法については、施行令１１９条１項各号において定められているところ、同項にいう「取得」についても、上記のように限定的に解すべき文言上の根拠は見当たらないから、これに該当しない有価証券を想 額」の計算方法については、施行令１１９条１項各号において定められているところ、同項にいう「取得」についても、上記のように限定的に解すべき文言上の根拠は見当たらないから、これに該当しない有価証券を想定 し、当該有価証券について、「その取得をした有価証券の取得価額」が算出されないとする根拠はない。 そうすると、公益法人等が非収益事業に属する資産として同一銘柄の有価証券を１回又は複数回にわたり取得した場合であって、当該公益法人等が普通法人に移行した後、同一銘柄の有価証券を追加取得せずに、当該有 価証券を譲渡したときであっても、当該公益法人等による有価証券の取得は施行令１１９条の２第１項１号にいう「取得」に当たるものと解するのが同号の規定の文言に沿う解釈であって、これに反する被告の主張する解釈を採用すべき文言上の根拠はないというほかない。 ウ二重の所得減少 被告の主張の内容被告は、施行令１１９条の２第１項１号につき、被告の主張する解釈を採用しないと、移行前の公益法人等が計上した評価損の額相当額につき、二重の所得減少が生ずることがあり得る結果、法人税法６１条の２第１項２号が有価証券の譲渡損益額の算定に当たり、有価証券取得後の 評価替えにより生ずる課税関係と整合する形で譲渡原価を定めるため、 取得価額ではなく、帳簿価額を基礎として算定した金額をもって譲渡原価とした趣旨に反することとなる旨主張する。 公益法人等が移行前に取得した有価証券を移行後に譲渡した場合における譲渡損益の計算に当たり、原告の主張するように、公益法人等が非収益事業に属する資産として有価証券を取得することも、施行令１１９ 条の２第１項１号にいう「取得」に該当するものと解すると、当該有価証券につき、取得から移行日までの間に評 ように、公益法人等が非収益事業に属する資産として有価証券を取得することも、施行令１１９ 条の２第１項１号にいう「取得」に該当するものと解すると、当該有価証券につき、取得から移行日までの間に評価損を計上した場合であっても、当該評価損の計上前の取得価額を基礎として譲渡原価の額が算定されることとなる。そうすると、当該評価損の額相当額分、譲渡利益の額が減少し、又は譲渡損失の額が増加することにより、所得の金額が減少 することになる。これに対し、被告の主張するように、公益法人等が非収益事業に属する資産として有価証券を取得することは、同号にいう「取得」に該当せず、「取得の直前の帳簿価額」とは譲渡直前の帳簿価額を意味するものと解すると、当該有価証券につき、取得から移行日までの間に評価損を計上したときには、当該評価損の計上後の帳簿価額が譲渡 原価となるため、この点においては、所得の金額が、当該評価損の額相当額分減少することはないことになる。 被告の主張は、上記の譲渡利益又は譲渡損失の額の計算以外の場面において、所得の金額が上記評価損の額相当額分減少することがあるから、上記原告の主張する解釈を採用すると、二重の所得減少が生じてしまう ことがあり、不当であるというものである。 二重の所得減少が生ずる場合ａ 前記第２の１アのとおり、累積所得金額等に相当する金額は、移行日の属する事業年度の所得の金額の計算上、益金又は損金の額に算入される（法人税法６４条の４第１項）ところ、累積所得金額等は、 以下のように計算される。 ① 累積所得金額等については、原則として、移行日における資産の帳簿価額と負債の帳簿価額及び利益積立金額の合計額（負債帳簿価額等）とを比較し、前者が後者を超える場合はその差額が累積所得金額 ① 累積所得金額等については、原則として、移行日における資産の帳簿価額と負債の帳簿価額及び利益積立金額の合計額（負債帳簿価額等）とを比較し、前者が後者を超える場合はその差額が累積所得金額とされ、後者が前者を超える場合はその差額が累積欠損金額とされている（施行令１３１条の４第１項）が、当該法人が整備法１ ２３条１項に規定する移行法人である場合には、移行日以後に公益の目的のために支出される金額として政令で定める金額、すなわち、○ⅰ当該内国法人の移行日における修正公益目的財産残額と、○ⅱ当該内国法人の移行日における資産の帳簿価額から負債帳簿価額等を控除した金額（簿価純資産価額）とのいずれか少ない方に相当する金 額は、政令で定めるところにより、累積所得金額から控除し、又は累積欠損金額に加算することとされている（法人税法６４条の４第３項、施行令１３１条の５第１項３号）。 ② 修正公益目的財産残額とは、公益目的財産残額及び公益目的収支差額の収入超過額の合計額に、移行前の法人の最終事業年度の末日 における時価評価資産の帳簿価額が時価を超える部分の額（評価損の額）を加算し、時価評価資産の時価が帳簿価額を超える部分の額（評価益の額）を控除した金額とされている（法人税法施行規則２７条の１６の４第１項）。 ③ 公益目的財産残額とは、公益目的財産額から当該事業年度の末日 における公益目的収支差額を減算して得た額とされている（整備法施行規則２３条１項）。公益目的収支差額とは、各事業年度の前事業年度の末日における公益目的収支差額（移行日の属する事業年度にあっては、零）に当該事業年度の公益目的支出の額を加算して得た額から、当該事業年度の実施事業収入の額を減算して得た額とされ ている（同条２項）ため、移行日の時点では （移行日の属する事業年度にあっては、零）に当該事業年度の公益目的支出の額を加算して得た額から、当該事業年度の実施事業収入の額を減算して得た額とされ ている（同条２項）ため、移行日の時点では零であり、移行日にお ける公益目的財産残額は、公益目的財産額と同額である。 ④ 公益目的財産額は、移行前の法人の最終事業年度の末日における貸借対照表上の純資産の部の額を基礎に、時価評価資産につき帳簿価額に評価益の額を加算し、帳簿価額から評価損の額等を控除して、時価評価額に引き直した額とされている（整備法施行規則１４条１ 項）。 以上によると、時価評価資産については、公益目的財産額の計算（④）に際し、評価益の額を加算し、評価損の額を控除する、すなわち時価に引き直すが、修正公益目的財産残額の計算（②）に際し、評価益の額を控除し、評価損の額を加算することにより、再び帳簿価額へと戻 すこととなる。そして、累積所得金額等の計算（①）に際し、移行日における時価評価資産を含む資産の帳簿価額から、上記のとおり時価評価資産の帳簿価額を含む修正公益目的財産残額を控除することになるため、時価評価資産の移行時の帳簿価額が、評価損の額相当額を減額した後のものであるか否かによって、移行後最初の事業年度におけ る累積所得金額等の金額は影響を受けないこととなる。したがって、移行時の清算的な課税においては、益金に算入する額が評価損の額相当額分減少し、又は損金に算入する額が同金額分増加することはなく、所得の金額は減少しない。 ｂ その一方、整備法に基づく移行法人は、公益目的財産額から、事業 年度末日の公益目的収支差額を減算した額である公益目的財産残額が零になるまで、公益目的支出計画に従い、公益の目的のための支出をすることになる（整備 基づく移行法人は、公益目的財産額から、事業 年度末日の公益目的収支差額を減算した額である公益目的財産残額が零になるまで、公益目的支出計画に従い、公益の目的のための支出をすることになる（整備法１１９条１項）ところ、法人税法６４条の４第３項の適用を受ける移行法人は、移行後の各事業年度において、整備法１１９条２項１号に定められる公益の目的のための支出の額（公 益目的支出の額）が、同項２号に定められる当該支出をした事業に係 る収入の額（実施事業収入の額）を超えるときは、当該超過額（支出超過額）は、調整公益目的財産残額を超えない限度で、損金の額に算入されず（施行令１３１条の５第５項）、実施事業収入の額が公益目的支出の額を超えるときは、当該内国法人が調整公益目的財産残額を有する場合に限り、当該超過額（収入超過額）は益金の額に算入されな い（同条６項）。ここでいう調整公益目的財産残額とは、①当該内国法人の移行日における修正公益目的財産残額と、②当該内国法人の移行日における簿価純資産価額とのいずれか少ない方に相当する金額（以下「当初調整公益目的財産残額」という。）から、当該事業年度前の各事業年度の支出超過額の合計額を減算し、収入超過額の合計額を加算 した金額をいう（同条７項）。 移行法人の有する時価評価資産につき、時価評価資産の移行時の帳簿価額が、取得時から移行時までの期間に係る評価損の額相当額を減額した後のものである場合、取得価額がそのまま帳簿価額となっている場合と比べると、評価損の額相当額分、公益目的財産額が少なくな るから、これに所定の金額の加減等をすることで計算される当初調整公益目的財産残額も評価損の額相当額分少なくなり、移行後の各事業年度における調整公益目的財産残額も同様に少なくなる。そして くな るから、これに所定の金額の加減等をすることで計算される当初調整公益目的財産残額も評価損の額相当額分少なくなり、移行後の各事業年度における調整公益目的財産残額も同様に少なくなる。そして、上記のとおり、公益目的支出の額が実施事業収入の額を超える場合における当該超過額（支出超過額）は、調整公益目的財産残額の限度での み損金に算入されないものであるから、調整公益目的財産残額が零になるまで支出超過額を損金不算入とした場合、評価損の額相当額分、損金に算入される金額が多くなり、移行後の各事業年度において、所得の金額が減少することになる。 もっとも、移行後のいずれかの事業年度において、公益の目的のた めの支出により公益目的財産残額が零となると、当該事業年度の末に、 認可行政庁から、公益目的支出計画の実施が完了したことの確認を求めることができ（整備法１２４条）、この確認後の事業年度においては、公益目的支出の額が実施事業収入の額を超える場合における当該超過額（支出超過額）の損金算入制限は解除され、支出超過額も損金に算入されることになる。そして、上記及び前記ａの③のとおり、支出超 過額は、調整公益目的財産残額及び公益目的財産残額の双方から減額されるものであるから、当初調整公益目的財産残額が、移行時における当初の公益目的財産残額を上回る場合には、公益目的財産残額が先に零となることになる。そうすると、この場合には、調整公益目的財産残額及び公益目的財産残額が同一事業年度に零となったときや、当 該法人が調整公益目的財産残額が公益目的財産残額を下回る法人と合併したとき等を除き、調整公益目的財産残額が零になる前に、支出超過額の損金算入が開始されるから、時価評価資産の評価損の額相当額分、調整公益目的財産残額が減少 産残額が公益目的財産残額を下回る法人と合併したとき等を除き、調整公益目的財産残額が零になる前に、支出超過額の損金算入が開始されるから、時価評価資産の評価損の額相当額分、調整公益目的財産残額が減少したとしても、所得の金額が減少することはないことになる。 したがって、評価損の額相当額が、調整公益目的財産残額から減額されることによって、所得の金額が減少するのは、原則として、調整公益目的財産残額が公益目的財産残額を上回らない場合に限られるということができる。 施行令１１９条の２第１項１号の解釈に与える影響 前記で検討したところによると、施行令１１９条の２第１項１号について原告の主張する解釈を採用すると、調整公益目的財産残額が公益目的財産残額を上回らない場合には、原則として、二重の所得減少が生ずることとなる一方、調整公益目的財産残額が公益目的財産残額を上回る場合には、原則として、二重の所得減少は生じない。これに対し、同 号について被告の主張する解釈を採用すると、二重の所得減少は生じ得 ない一方、調整公益目的財産残額が公益目的財産残額を上回る場合には、所得の金額が一度も評価損の額相当額分減少しない事態が生じ得るということができる。 評価損の額相当額は、公平な課税の観点からは、一度に限り所得の金額から控除されるのが相当であり、二重の所得減少が生ずるのも、又は 一度も控除されないのも、いずれも望ましくない。調整公益目的財産残額と公益目的財産残額との大小は、移行前の法人の最終事業年度の末日における時価評価資産の評価損又は評価益の額等によって決まるものであって、調整公益目的財産残額が公益目的財産残額を上回るのが原則であり、そうではないのが例外であるということはできない以上、二重の 所得減少を防 産の評価損又は評価益の額等によって決まるものであって、調整公益目的財産残額が公益目的財産残額を上回るのが原則であり、そうではないのが例外であるということはできない以上、二重の 所得減少を防ぐために、評価損の額相当額につき、一度も所得の金額を減少させないという事態を招来することは、法律上の根拠なく当然に正当化されるものではないというほかない。 そうすると、被告の主張する点は、施行令１１９条の２第１項１号につき、前記イのとおり文言上の根拠を欠く被告の主張する解釈を採用す べき積極的な根拠とはならない。 エ取得価額が判明しない可能性被告は、公益法人等が、有価証券を取得してから長期間経過した後に普通法人に移行する場合、移行前における各取得時の取得価額を把握できないことがあり得る旨主張する。 確かに、原告の主張する施行令１１９条の２第１項１号の解釈によると、「その取得の直前の帳簿価額」を算定するためには、移行前に当該移行時資産等有価証券を取得した際の帳簿価額を明らかにする必要がある。ところが、公益法人会計基準においては、満期保有目的の債券並びに子会社株式及び関連会社株式以外の有価証券のうち市場価格のあるものについては、 時価をもって貸借対照表価額とすることが規定されており（乙２８・４頁）、 各事業年度の末日においてその有価証券の時価評価を行った額を帳簿価額とすることとされているため、公益法人等が、普通法人に移行する前の各事業年度においてこの会計基準にのっとって会計処理を行い、かつ、切放法（事業年度末日で時価評価して算出された帳簿価額が翌事業年度にそのまま引き継がれる方式（甲１９））によっていた場合は、移行前に移行時資 産等有価証券を取得した際の帳簿価額は、取得した事業年度の帳簿上にしか表 で時価評価して算出された帳簿価額が翌事業年度にそのまま引き継がれる方式（甲１９））によっていた場合は、移行前に移行時資 産等有価証券を取得した際の帳簿価額は、取得した事業年度の帳簿上にしか表示されない。そのため、そのような場合において、移行時資産等有価証券の取得から移行までの間に長期間が経過したときには、会計帳簿の保存期間が満了することにより、移行時点において、「その購入の代価」（施行令１１９条１項１号）を特定できない事態が生じ得る。 もっとも、公益法人等は、上記公益法人会計基準にのっとった会計処理を行うべき法令上の義務を負うものではなく（乙３２・４頁）、現に原告においては、前記前提事実アのとおり、移行前最終事業年度に至るまで、移行時資産等有価証券について、各事業年度の末日においてその有価証券の時価評価を行った額を帳簿価額とする処理は行われていなかった。しか も、公益法人会計基準にのっとった会計処理を行う場合であっても、上記切放法ではなく、洗替法（事業年度末日で時価評価するものの、翌事業年度の当初に取得時の価額で再度計上する方式（甲１９））を選択することもでき（甲２０）、洗替法による場合には、移行前に移行時資産等有価証券を取得した際の帳簿価額が取得した事業年度の帳簿上にしか表示されないも のではない。 そうすると、被告の指摘する、移行時点において「その購入の代価」を特定できない事態は、仮に原告の主張する施行令１１９条の２第１項１号の解釈を採用したとしても、上記のような特定の場合に生じ得るものにすぎないということができるから、そのような事情をもって、施行令１１９ 条の２第１項１号の適用される場面一般につき、前記イのとおり文言上の根拠を欠く被告の主張する解釈を採用すべき根拠とはならな とができるから、そのような事情をもって、施行令１１９ 条の２第１項１号の適用される場面一般につき、前記イのとおり文言上の根拠を欠く被告の主張する解釈を採用すべき根拠とはならない。 オ小括以上によれば、施行令１１９条の２第１項１号につき、被告の主張する解釈の根拠はいずれも採用できず、公益法人等が非収益事業に属する資産 として有価証券を取得する場合であっても、かかる取得は同号にいう「有価証券の取得」に該当し、当該公益法人等が普通法人に移行した後、同一銘柄の有価証券を追加取得せずに、当該有価証券を譲渡したときには、施行令１１９条１項に基づき計算されるその取得価額をもって、施行令１１９条の２第１項１号にいう「その取得をした有価証券の取得価額」として、 移動平均法を適用すべきものと解するのが相当である。 施行令１３１条の６は本件各更正処分等に適用されるか被告は、施行令１１９条の２第１項１号にいう「その取得の直前の帳簿価額」の意義につき、移行法人が移行時資産等有価証券について、同一銘柄の有価証券を移行後に追加取得することのないまま譲渡する場合には、当該有 価証券の譲渡直前の税務上の帳簿価額であると解することを前提に、施行令１３１条の６は、法人税法６５条の委任を受けて、上記の譲渡直前の税務上の帳簿価額を移行時の会計上の帳簿価額と定めた規定である旨主張するが、前記で説示したとおり、施行令１１９条の２第１項１号の解釈につき被告の主張を採用することはできないから、施行令１３１条の６の解釈に関する 被告の主張はその前提を欠き、採用できない。 なお、施行令１３１条の６は、公益法人等が普通法人に移行した時において有する移行時資産等の帳簿価額は、移行時においてその帳簿に記載されていた金額とすることを定 主張はその前提を欠き、採用できない。 なお、施行令１３１条の６は、公益法人等が普通法人に移行した時において有する移行時資産等の帳簿価額は、移行時においてその帳簿に記載されていた金額とすることを定める規定であって、その文言からすると、法人税法６１条の２第２３項の委任を受けて定められた施行令１１９条及び１１９条 の２第１項１号の規定の適用を排除し、あるいはその文言を読み替えて、移 行法人について同法６１条の２第１項２号にいう「一単位当たりの帳簿価額の算出の方法」の特則を定めた規定であると解することは困難である。したがって、施行令１１９条の２第１項１号に係る前記の解釈を前提として、移行時資産等有価証券に係る「一単位当たりの帳簿価額の算出の方法により算出した金額」の算出に当たり、施行令１３１条の６が適用される余地もな い。 施行令１３１条の６が適用されない場合の譲渡原価の額被告は、仮に施行令１３１条の６が本件に適用されないとしても、決算整理後の貸借対照表に基づく移行時資産等有価証券の帳簿価額をもって譲渡原価とすべき旨主張する。 しかしながら、かかる主張は、施行令１１９条の２第１項１号の「その取得の直前の帳簿価額」とは譲渡直前の税務上の帳簿価額を指すとする解釈を前提とするものであり、そのような解釈が採用できないことは前記のとおりであるから、上記主張もまた採用できない。 本件各譲渡有価証券に係る譲渡利益又は譲渡損失の額 以上によれば、本件各譲渡有価証券に係る譲渡原価の額は、移行前取得価額、すなわち別紙４の１から３までの「本件各譲渡有価証券譲渡損益計算一覧」の各表の「移行前取得価額②」欄記載の金額であり、譲渡対価の額は同各表の「譲渡対価の額①」欄記載の金額であるから、譲渡利益又は譲渡損失の 別紙４の１から３までの「本件各譲渡有価証券譲渡損益計算一覧」の各表の「移行前取得価額②」欄記載の金額であり、譲渡対価の額は同各表の「譲渡対価の額①」欄記載の金額であるから、譲渡利益又は譲渡損失の額は、本件各譲渡有価証券譲渡対価額から移行前取得価額を控除した額、 すなわち、同各表の各「原告主張譲渡利益額又は譲渡損失額③（①－②）」欄記載の金額であるということができる。したがって、これらの金額をもって譲渡利益又は譲渡損失の額とした本件各確定申告は、この点においては誤りがなく、これに反し、本件各更正処分等は、本件各譲渡有価証券譲渡対価額から本件各譲渡有価証券処理後価額を控除した額をもって譲渡利益又は譲渡 損失の額としたものであるから、その点において違法である。 ３ 本件各通知処分の適法性本件各移行減価償却資産についてア損金経理額（法人税法３１条４項の意義及び本件における適用関係）法人税法３１条４項は、内国法人が償却費として損金経理をした事業年度における損金経理額は、当該事業年度前の各事業年度の「所得の金額の 計算上損金の額に算入されなかつた金額」を含むことを定める規定である。 法人税法上、公益法人等は、収益事業から生じた所得以外の所得については法人税を課されていないから、公益法人等が普通法人への移行前に収益事業に属しない減価償却資産について減価償却費を計上した場合であっても、当該減価償却費は、損金に算入されることもないのであって（同法７ 条）、そうである以上、当該減価償却費の金額は、同法３１条４項にいう「所得の金額の計算上損金の額に算入されなかつた金額」に該当するというべきである。 これに対し、被告は、移行前最終事業年度の原告においては、非収益事業に属する減価償却資産であった本件各移行減 いう「所得の金額の計算上損金の額に算入されなかつた金額」に該当するというべきである。 これに対し、被告は、移行前最終事業年度の原告においては、非収益事業に属する減価償却資産であった本件各移行減価償却資産につき、法人税 法３１条４項にいう「所得の金額の計算」が存在しないから、「所得の金額の計算上損金の額に算入されなかつた金額」も存在しない旨主張する。しかしながら、法人税法は、各事業年度の所得に対する法人税の課税標準は、各事業年度の所得の金額とすることを原則とし（同法２１条）、ここでいう「各事業年度の所得の金額」は、当該事業年度の益金の額から当該事業年 度の損金の額を控除した金額とすることとする（同法２２条１項）一方、公益法人等の所得のうち収益事業から生じた所得以外の所得については法人税を課さないことを定めている（同法７条）。これらの規定からすれば、法人税法にいう「所得」とは、収益事業から生じた所得以外のものも含むことは明らかであって、収益事業から生じた所得以外の所得に法人税が課 されないことを理由として、当該所得については「所得の金額の計算」が存在しないと解することはできない。 また、法人税法３１条６項の委任を受けた施行令６２条は、内国法人がその有する減価償却資産についてした償却の額のうち各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入されなかった金額がある場合には、当該資産 については、その償却をした日の属する事業年度以後の各事業年度の所得の金額の計算上、当該資産の帳簿価額は、当該損金の額に算入されなかった金額に相当する金額の減額がされなかったものとみなす旨定めており、所得の金額の計算上損金の額に算入されなかった金額の限度で、減価償却資産につき、会計上の帳簿価額と税務上の帳簿価額との間に差異が った金額に相当する金額の減額がされなかったものとみなす旨定めており、所得の金額の計算上損金の額に算入されなかった金額の限度で、減価償却資産につき、会計上の帳簿価額と税務上の帳簿価額との間に差異が生ずる ことになる。一方、同法６４条の４第１項は、普通法人に移行する公益法人等に係る累積所得金額等に相当する金額を、移行日の属する事業年度の所得の金額の計算上、益金の額又は損金の額に算入する旨を定め、また、同条６項の委任を受けた施行令１３１条の６は、同法６４条の４第１項から３項までの規定の適用に関し必要な事項の一つとして、公益法人等が普 通法人に該当することとなった場合の移行時資産等の帳簿価額は、当該移行時資産等の価額としてその該当することとなった時においてその帳簿に記載されていた金額とする旨を定めており、これらの規定によれば、移行時資産等の移行時における会計上の帳簿価額が税務上の帳簿価額となることとなり、上記の帰結と整合しないとも思われる。しかしながら、後記イ ｃのとおり、移行前に移行時資産等減価償却資産について計上された減価償却費の金額は、累積所得金額等に直接影響しないことに鑑みれば、移行時資産等減価償却資産につき、会計上の帳簿価額と税務上の帳簿価額との間に差異が生ずることと、累積所得金額等の計算において、移行時資産等の移行時における会計上の帳簿価額を税務上の帳簿価額とすることとが 矛盾するということはできない。そうすると、この点は、同法３１条４項につき被告の主張する解釈を採用すべき根拠とはならない。 したがって、法人税法３１条４項にいう「所得の金額の計算上損金の額に算入されなかつた金額」には、公益法人等が普通法人への移行前に収益事業に属しない減価償却資産について計上し、損金に算入されなかった減 したがって、法人税法３１条４項にいう「所得の金額の計算上損金の額に算入されなかつた金額」には、公益法人等が普通法人への移行前に収益事業に属しない減価償却資産について計上し、損金に算入されなかった減 価償却費が含まれると解すべきである。それゆえ、原告が移行前最終事業年度に一括計上した別紙５の１から８までの各「⑥過去の償却不足額の一括償却費（①－③）」欄記載の減価償却費は、原告の損金経理額に含まれる。 イ償却限度額施行令４８条１項１号イの意義及び本件における適用関係 ａ 規定の内容施行令４８条は、減価償却資産の償却の方法を定める規定であり、このうち同条１項は、法人税法３１条１項の委任を受けて、平成１９年３月３１日以前に取得をされた減価償却資産の償却限度額の計算上選定することができる償却の方法を定めるものである。そして、施行 令４８条１項１号イは、平成１０年３月３１日以前に取得をされた建物に係る上記方法は、旧定額法又は旧定率法であるとして、これらの各方法の内容を定めている。同号イは、このうち旧定率法につき、「当該減価償却資産の取得価額（既にした償却の額で各事業年度の所得の金額又は各連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算 入された金額がある場合には、当該金額を控除した金額）にその償却費が毎年一定の割合で逓減するように当該資産の耐用年数に応じた償却率を乗じて計算した金額を各事業年度の償却限度額として償却する方法をいう。」と定めている。 ｂ 文理解釈 前記２イのとおり、租税法律主義の原則に照らすと、租税法規はみだりに規定の文言を離れて解釈すべきものではないというべきであるところ、このことを前提として施行令４８条１項１号イの文言を見ると、同規定にいう「取得価額（既 法律主義の原則に照らすと、租税法規はみだりに規定の文言を離れて解釈すべきものではないというべきであるところ、このことを前提として施行令４８条１項１号イの文言を見ると、同規定にいう「取得価額（既にした償却の額で各事業年度の所得の金額又は各連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に 算入された金額がある場合には、当該金額を控除した金額）」とは、施行令５４条に基づき計算される取得価額から、既にした償却の額で各事業年度の所得の金額等の計算上損金の額に算入された金額がある場合には、当該金額を控除した金額を意味するものと解するほかなく、移行時資産等減価償却資産についてかかる金額を計算する場合であっ ても、これと異なる解釈を採用する文言上の根拠は存在しない。 したがって、上記の解釈に反し、移行法人の移行後最初の事業年度において、移行時資産等減価償却資産に係る「取得価額（既にした償却の額で各事業年度の所得の金額又は各連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入された金額がある場合には、当該金額を控 除した金額）」とは、施行令１３１条の６に基づいて計算される移行日における税務上の帳簿価額を意味するものと解釈する文言上の根拠はないというほかない。 ｃ 二重の所得減少被告は、移行時資産等減価償却資産について、施行令５４条により 計算される取得価額の全額を旧定率法における償却限度額の計算の基礎とし得るとすれば、当該評価損の額相当額につき、二重の所得減少が生ずるとして、これを避けるためには、施行令４８条１項１号イにつき、被告の主張する解釈を採用する必要がある旨主張する。 施行令４８条１項１号イにつき原告の主張する解釈を採用すると、 移行前に減価償却費を計上した移行時資産等減価償却資産について旧 告の主張する解釈を採用する必要がある旨主張する。 施行令４８条１項１号イにつき原告の主張する解釈を採用すると、 移行前に減価償却費を計上した移行時資産等減価償却資産について旧 定率法による償却限度額を計算する際、当該計上済みの減価償却費相当額を控除せずに「取得価額」が計算されることとなるため、当該計上済みの減価償却費相当額については、「所得の金額の計算上損金の額に算入されなかつた金額」（法人税法３１条４項）として、移行後の事業年度において損金算入が認められる結果、所得の金額が減少す ることになる。 一方、前記２ウａと同様、移行前に移行時資産等減価償却資産について減価償却費を計上して会計上の帳簿価額を減額すると、同計上をせずに取得価額を帳簿価額としている場合に比して、累積所得金額等に影響はないものの、当初調整公益目的財産残額がその減額分だ け少額となる。そのため、移行前の減価償却費の計上による調整公益目的財産残額の減少によって、所得の金額が当該減価償却費相当額分減少する場合には、二重の所得減少が生ずることになる。 しかしながら、前記２ウｂのとおり、調整公益目的財産残額の減少によって、所得の金額が当該減価償却費相当額分減少するのは、 原則として、調整公益目的財産残額が公益目的財産残額を上回らない場合に限られるから、二重の所得減少が生ずるのも、かかる場合に限られることになる。そうすると、前記２ウと同様の理由から、この点は、施行令４８条１項１号イにつき、前記ｂのとおり文言上の根拠を欠く被告の主張する解釈を採用すべき積極的な根拠とはならな い。 ｄ 減価償却の趣旨等被告は、減価償却の趣旨や、旧定率法及び定率法の性質に照らせば、施行令４８条１項１号イにつき、被告の主張する解 主張する解釈を採用すべき積極的な根拠とはならな い。 ｄ 減価償却の趣旨等被告は、減価償却の趣旨や、旧定率法及び定率法の性質に照らせば、施行令４８条１項１号イにつき、被告の主張する解釈を採用すべき旨主張する。 しかしながら、移行前に計上された減価償却費相当額につき、移行後にこれを損金算入することを認めることは、減価償却の趣旨又は旧定率法等の性質に反することにはならないから、被告の主張は採用できない。 ｅ 小括 以上によれば、施行令４８条１項１号イにつき、被告の主張する解釈の根拠はいずれも採用できず、施行令４８条１項１号イにいう「取得価額（既にした償却の額で各事業年度の所得の金額…の計算上損金の額に算入された金額…を控除した金額）」とは、施行令５４条に基づき計算される取得価額から、既にした償却の額で各事業年度の所 得の金額の計算上損金の額に算入された金額を控除した金額を意味するものと解される。 施行令１３１条の６は本件各通知処分に適用されるか被告は、施行令４８条１項１号イにいう「取得価額（既にした償却の額で各事業年度の所得の金額…の計算上損金の額に算入された金額… を控除した金額）」の意義につき、移行後の事業年度において、移行時資産等減価償却資産に係る償却限度額を、旧定率法を用いて計算する場合には、当該事業年度の期首における税務上の帳簿価額に旧定率法の償却率を乗じて償却限度額を計算することを定めた趣旨であると解することを前提に、施行令１３１条の６は、法人税法６５条の委任を受けて、上 記の事業年度の期首における帳簿価額を移行時の会計上の帳簿価額と定めた規定である旨主張するが、前記で説示したとおり、施行令４８条１項１号イの解釈につき被告の主張を採用するこ を受けて、上 記の事業年度の期首における帳簿価額を移行時の会計上の帳簿価額と定めた規定である旨主張するが、前記で説示したとおり、施行令４８条１項１号イの解釈につき被告の主張を採用することはできないから、施行令１３１条の６の解釈に関する被告の主張はその前提を欠き、採用できない。 なお、前記２と同様、施行令１３１条の６の文言からすると、法人税法３１条６項の委任を受けて定められた施行令４８条１項１号イ及び５４条の規定の適用を排除し、あるいはその文言を読み替えて、移行法人について同法３１条１項にいう償却限度額の計算方法の特則を定めた規定であると解することは困難である。したがって、施行令４８条１ 項１号イに係る前記の解釈を前提として、旧定率法を用いた移行時資産等減価償却資産に係る償却限度額の計算に当たり、施行令１３１条の６が適用される余地もない。 施行令１３１条の６が適用されない場合の償却限度額被告は、仮に施行令１３１条の６が本件に適用されないとしても、決 算整理後の貸借対照表に基づく本件各移行減価償却資産の帳簿価額をもって「取得価額（既にした償却の額で各事業年度の所得の金額…の計算上損金の額に算入された金額…を控除した金額）」とすべき旨主張する。 しかしながら、かかる主張は、施行令４８条１項１号イの「取得価額（既にした償却の額で各事業年度の所得の金額…の計算上損金の額に 算入された金額…を控除した金額）」とは本件移行日における税務上の帳簿価額を指すとする解釈を前提とするものであり、そのような解釈が採用できないことは前記のとおりであるから、上記主張もまた採用できない。 本件各収益事業帰属減価償却資産について ア更正の請求の理由との関係被告は、本件各収益 、そのような解釈が採用できないことは前記のとおりであるから、上記主張もまた採用できない。 本件各収益事業帰属減価償却資産について ア更正の請求の理由との関係被告は、本件各収益事業帰属減価償却資産に係る減価償却費についての原告の主張は、更正の請求の理由とされていなかったから、これを理由に本件各通知処分の違法を主張することは許されない旨主張するので、まずこの点につき検討する。なお、原告は、この被告の主張につき、時機に後 れた攻撃防御方法として却下することを申し立てたが、当該主張に関する 審理経過に鑑みると、これが訴訟の完結を遅延させることとなるとは認められないから、上記原告の申立ては却下し、上記被告の主張は却下しないこととする。 原告は、更正の請求において、施行令１３１条の６の趣旨等に照らすと、原告の本件各事業年度における減価償却は、本件移行日における帳簿価額 （本件各減価償却資産処理前価額）に基づいて行うべきであり、平成２３年３月１２日、同月１５日及び同月２１日の減価償却費の一括計上に伴い減額された後の帳簿価額（本件各減価償却資産処理後価額）に基づいて減価償却を行ったのは誤りであったとして、前者の帳簿価額に基づく減価償却費と後者の帳簿価額に基づく減価償却費との差額分、所得の金額を減少 させ、欠損金額を増加させることを求めていた（甲６の１から９まで）。各更正の請求書においては、これらの減価償却の対象となった減価償却資産が、移行前に収益事業に属するものであったか、非収益事業に属するものであったかについては記載されておらず、「減価償却資産の帳簿価額の減額処理に関する資料」として、本件各移行減価償却資産と本件各収益事業帰 属減価償却資産との双方に係る振替整理伝票及び伝票訂正履歴一覧 かについては記載されておらず、「減価償却資産の帳簿価額の減額処理に関する資料」として、本件各移行減価償却資産と本件各収益事業帰 属減価償却資産との双方に係る振替整理伝票及び伝票訂正履歴一覧表が添付されていた。 そして、原告は、本件訴訟において、本件各移行減価償却資産及び本件各収益事業帰属減価償却資産のいずれに係る減価償却についても施行令１３１条の６が適用されるべきでないことなどから、本件各減価償却資産処 理前価額に基づいて減価償却を行うべき旨主張している。 そうすると、本件各収益事業帰属減価償却資産に関し、原告が更正の請求において主張した更正をすべき理由と、原告が本件において主張する更正をすべき理由がない旨の通知処分の違法事由とは、同一の資産を対象として、本件各減価償却資産処理前価額に基づいて減価償却すべきであると する点において共通するということができる。したがって、仮に、更正の 請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分の取消しの訴えにおいて、更正の請求において理由としていなかった点をもって、当該通知処分の違法を主張することは許されないと解するとしても、本件各収益事業帰属減価償却資産の減価償却に係る原告の主張は、更正の請求において理由としていなかった点には当たらないから、本件各通知処分の違法事由とし てこれを主張することが許されないということはできず、この点に関する被告の主張は採用できない。 イ本件各収益事業帰属減価償却資産に係る損金経理額及び償却限度額損金経理額ａ 原告が、本件各収益事業帰属減価償却資産及び本件各移行減価償却 資産につき、別紙５の１から８までの各表の「⑥過去の償却不足額の一括償却費（①－③）」欄記載の金額の減価償却費を一括で計上したことについては、 収益事業帰属減価償却資産及び本件各移行減価償却 資産につき、別紙５の１から８までの各表の「⑥過去の償却不足額の一括償却費（①－③）」欄記載の金額の減価償却費を一括で計上したことについては、「減価償却資産の帳簿価額の減額処理に関する資料」として取りまとめられた振替整理伝票及び伝票訂正履歴一覧表（甲３）に記載があるところ、これらの資料の内容が不正確であることを疑わ せる事情は特段見当たらないから、これらの資料については信用性を認めることができ、原告が上記金額の減価償却費を計上した事実を認めることができる。 ｂ これに対し被告は、原告が移行前最終事業年度に会計上減価償却費として計上した金額は６８０１万９４０３円であり、その全額が法人 税の所得の金額の計算上損金に算入済みである一方、同金額を超えて経理上計上された減価償却費の存在は立証されていない旨主張する。 しかしながら、上記金額が記載された収支決算書は、移行前最終事業年度分の原告の確定申告書（甲３０）に添付されたものである。原告は、当該確定申告の時点では、本件各収益事業帰属減価償却資産及 び本件各移行減価償却資産の償却限度額は本件各減価償却資産処理後 価額を基に計算されるべきであると認識していたのであるから、この時点における収支決算書に減価償却費が６８０１万９４０３円と記載されていることは、同金額を超えて経理上計上された減価償却費が存在しないことを意味しない。原告が、その主張する金額の減価償却費を計上した事実が認められることは前記ａのとおりであって、被告の 主張は採用できない。 ｃ また、被告は、本件各事業年度終了の時において有する減価償却資産としては、原告が主張するもの以外にも存在することが証拠上うかがわれ、原告の主張する収益事業に帰属 の 主張は採用できない。 ｃ また、被告は、本件各事業年度終了の時において有する減価償却資産としては、原告が主張するもの以外にも存在することが証拠上うかがわれ、原告の主張する収益事業に帰属する減価償却資産の範囲は不分明である旨主張する。 しかしながら、仮に、原告が本件各事業年度終了の時において有する収益事業に帰属する減価償却資産が、原告が主張するもの（本件各収益事業帰属減価償却資産）以外にも存在していたとしても、かかる資産の存在は、損金経理額がより大きい金額である可能性があることを意味するにすぎず、原告の主張する本件各減価償却資産の損金経理 額が過大であることをうかがわせるものではない。そして、他に、原告の主張する本件各減価償却資産の損金経理額（別紙５の１から８までの各表の「損金経理額」欄記載の金額）の正確性を疑わせる事情はないから、上記被告の主張は採用できない。 償却限度額 原告は、本件各収益事業帰属減価償却資産及び本件各移行減価償却資産のうち旧定率法が適用されるものを、別紙５の１から７までの各表の「①取得価額」欄記載の取得価額により取得した後、「⑥過去の償却不足額の一括償却費（①－③）」欄記載の金額の減価償却費を一括で計上したことにより、その会計上の帳簿価額は「③決算整理仕訳の後の会計上の 帳簿価額」欄記載の金額となったことから、これを基に、償却限度額を 「④決算整理仕訳の後の金額を基に計算した償却限度額」欄記載の金額として本件各確定申告をしたが、これは誤りであり、正しくは「②取得価額を基に計算した償却限度額」欄記載の金額が償却限度額となり、同金額が償却費として損金に算入される旨主張し、また、本件各収益事業帰属減価償却資産のうち旧定額法が適用されるものについて、別紙５の 価額を基に計算した償却限度額」欄記載の金額が償却限度額となり、同金額が償却費として損金に算入される旨主張し、また、本件各収益事業帰属減価償却資産のうち旧定額法が適用されるものについて、別紙５の ８の「④当期における会計上の償却費（損金の額に算入した償却費）」欄記載の金額を損金経理額に計上して平成３０年３月期の確定申告をしたが、これは誤りであり、一括で計上した減価償却費の金額である「⑥過去の償却不足額の一括償却費（①－③）」欄記載の金額が損金経理額に算入されるから、正しくは「②取得価額を基に計算した償却限度額」欄記 載の金額が償却費として損金に算入される旨主張する。これに対し被告は、損金経理額のほか、償却限度額の根拠となる各減価償却資産の取得価額及び耐用年数等が明らかにされていない旨主張する。 被告の指摘するとおり、各減価償却資産の取得価額や、その耐用年数及び償却率の算定根拠となる取得時期、建物の構造種別など、償却限度 額の計算の基礎となるべき情報につき、原告は具体的な主張をしておらず、証拠上もこれらの情報が全て明らかになっているとはいえない。しかしながら、これらの情報の少なくとも相当部分は、被告が原告から提出を受けるなどして入手したと認められる原告の財務諸表等から明らかとなっているし（乙１）、仮に明らかになっていない情報があるとしても、 調査により明らかにすることができるものと認められる。それにもかかわらず、被告は、原告による立証が不十分である旨の抽象的な反論に終始し、具体的な主張を何らしていないのであって、かかる事情を弁論の全趣旨として斟酌すれば、本件各収益事業帰属減価償却資産の償却限度額は、別紙５の１から８までの各表の「②取得価額を基に計算した償却 限度額」欄記載の金額となるものと認めることがで 事情を弁論の全趣旨として斟酌すれば、本件各収益事業帰属減価償却資産の償却限度額は、別紙５の１から８までの各表の「②取得価額を基に計算した償却 限度額」欄記載の金額となるものと認めることができる。 本件各減価償却資産に係る減価償却費のうち損金に算入できる額以上によれば、本件各事業年度における本件各減価償却資産のうち旧定率法が適用されるものに係る損金経理額及び償却限度額は、それぞれ、別紙５の１から７までの各表の各「損金経理額」欄記載の金額及び「②取得価額を基に計算した償却限度額」欄記載の金額であると認められ、いずれの事業年 度のいずれの減価償却資産についても、後者の金額が前者の金額を下回っているため、本件各事業年度において損金に算入できる額は、その後者の金額となる。したがって、同金額から、原告が本件各確定申告において損金の額に算入した減価償却費の額と同額である「④決算整理仕訳の後の金額を基に計算した償却限度額」欄記載の金額を控除した金額である、「⑤更正の請求に より損金の額に算入される償却費の増加額」欄記載の金額が、本件各事業年度において、原告の所得の金額から減額され、又は欠損金額に加算されるべきであるということができる。 また、平成３０年３月期における本件各減価償却資産のうち旧定額法が適用されるものに係る損金経理額及び償却限度額は、それぞれ、別紙５の８の 表の「損金経理額」欄記載の金額及び「②取得価額を基に計算した償却限度額」欄記載の金額であると認められ、後者の金額が前者の金額を下回っているため、平成３０年３月期において損金に算入できる額は、その後者の金額となる。したがって、同金額から、原告が本件各確定申告において損金の額に算入した減価償却費の額と同額である「④当期における会計上の償却費（ 平成３０年３月期において損金に算入できる額は、その後者の金額となる。したがって、同金額から、原告が本件各確定申告において損金の額に算入した減価償却費の額と同額である「④当期における会計上の償却費（損 金の額に算入した償却費）」欄記載の金額を控除した金額である、「⑤更正の請求により損金の額に算入される償却費の増加額」欄記載の金額が、平成３０年３月期において、原告の所得の金額から減額され、又は欠損金額に加算されるべきであるということができる。 これらに反し、本件各通知処分は、原告が移行前最終事業年度に一括計上 した減価償却費を損金経理額に含めず、かつ、償却限度額の計算に際し、「取 得価額（既にした償却の額で各事業年度の所得の金額…の計算上損金の額に算入された金額…を控除した金額）」とは、決算整理を経た後の移行日時点の会計上の帳簿価額を意味すると解することを前提として、本件各減価償却資産の償却限度額を計算するなどしたものであるから、その点において違法である。 ４ 税額等の計算法人税の額等原告が本件各確定申告において申告した、本件各事業年度における所得金額又は欠損金額（ただし、平成２４年３月期については、平成２４年１０月３１日付け更正処分による所得金額）は、別紙６「税額計算表」の「申告所 得金額等」欄の金額であった（正の金額は所得金額を、負の金額は欠損金額を意味する。）。そして、前記２のとおり、本件各譲渡有価証券の譲渡利益額が過少である又は譲渡損失が過大である旨の被告の主張は理由がない一方、前記３のとおり、損金の額に算入すべき償却費の額が過少である旨の原告の主張は理由があるから、同表の「申告所得金額等」欄記載の金額から、同表 の「損金算入償却費増加額」欄記載の金額（別紙５の１から８まで とおり、損金の額に算入すべき償却費の額が過少である旨の原告の主張は理由があるから、同表の「申告所得金額等」欄記載の金額から、同表 の「損金算入償却費増加額」欄記載の金額（別紙５の１から８までの表の各「⑤更正の請求により損金の額に算入される償却費の増加額」の「合計」欄記載の金額と同一である。）が、所得金額については減算され、欠損金額については加算されるべきであって、これらの加減算の結果、原告の本件各事業年度における所得金額又は欠損金額は、別紙６「税額計算表」の「認定でき る所得金額又は欠損金額」欄記載の金額となる（正の金額は所得金額を、負の金額は欠損金額を意味する。）。ただし、平成２９年３月期については、同表の「申告所得金額等」欄記載の金額から「損金算入償却費増加額」欄記載の金額を減算すると、２億０９８０万８３６３円の欠損金額が生じていることとなるところ、原告の請求の趣旨において欠損金額とされる金額はこれよ り少額であり、当該金額の正確性を疑わせる事情もないことを踏まえて、当 該金額をもって、同事業年度の欠損金額として認定することとする。また、平成３０年３月期については、同表の「申告所得金額等」欄記載の金額から同表の「損金算入償却費増加額」欄記載の金額を減算すると、同事業年度の所得金額は１億６３４６万７１０５円となるところ、平成３０年３月期の所得金額の計算上控除可能なものとして繰り越された前事業年度以前の欠損金 額が同事業年度の損金に算入される結果、同事業年度の所得の金額は０円となり、同事業年度における翌期へ繰り越す欠損金額は、平成２９年３月期における翌期へ繰り越す欠損金額から１億６３４６万７１０５円減少して、同表の「平成３０年３月期」の「翌期へ繰り越す欠損金額」欄記載の金額となる（法人税法５７条 へ繰り越す欠損金額は、平成２９年３月期における翌期へ繰り越す欠損金額から１億６３４６万７１０５円減少して、同表の「平成３０年３月期」の「翌期へ繰り越す欠損金額」欄記載の金額となる（法人税法５７条１項本文）。 その結果、本件各事業年度のいずれにおいても、欠損金額が発生しているか、又は所得金額が０円であるから、法人税の額は０円である（法人税法６６条１項）。 また、平成２４年３月期の「翌期へ繰り越す欠損金額」は、平成２４年３月期に係る欠損金額と同額であり、平成２５年３月期以降の「翌期へ繰り越 す欠損金額」は、その前事業年度の「翌期へ繰り越す欠損金額」に、その事業年度の欠損金額を加算した金額（ただし、平成３０年３月期については、平成２９年３月期の「翌期へ繰り越す欠損金額」から１億６３４６万７１０５円を減じた金額）となるから、本件各事業年度の「翌期へ繰り越す欠損金額」は、同表の「翌期へ繰り越す欠損金額」欄記載の金額となる（法人税法 ５７条１項本文）。 そして、本件各事業年度において、法人税額から控除される所得税等の額は、同表の「税額控除の額」欄記載の金額であるから、原告が納付すべき法人税額は、０円から同欄記載の金額を控除した金額である、同表の「納付すべき法人税額」欄記載の金額となる。 復興特別法人税の額等 前記のとおり、原告の平成２５年３月期及び平成２６年３月期における法人税の額はいずれも０円であるから、復興特別法人税に係る基準法人税額は０円であり（東日本大震災からの復興のための施策を実施するために必要な財源の確保に関する特別措置法４４条１号）、復興特別法人税の額も０円である（同法４７条２項本文、４８条）。 そして、平成２５年３月期及び平成２６年３月期において、復興特別法人税額か に必要な財源の確保に関する特別措置法４４条１号）、復興特別法人税の額も０円である（同法４７条２項本文、４８条）。 そして、平成２５年３月期及び平成２６年３月期において、復興特別法人税額から控除される復興特別所得税（東日本大震災からの復興のための施策を実施するために必要な財源の確保に関する特別措置法４９条１項）の額は、別紙６「税額計算表」の「控除復興特別所得税額」欄記載の金額であるから、原告が納付すべき復興特別法人税額は、０円から同欄記載の金額を控除した 金額である、同表の「納付すべき復興特別法人税額」欄記載の金額となる。 地方法人税の額等前記のとおり、原告の平成２９年３月期及び平成３０年３月期における法人税の額はいずれも０円であるから、地方法人税に係る基準法人税額は０円であり（地方法人税法９条１項、２項、６条１号）、地方法人税の額も０円 であるから（平成２８年法律第１５号による改正前の地方法人税法１０条１項）、納付すべき地方法人税の額は０円となる。 ５ 結論以上によると、本件各更正処分等のうち、平成２５年３月期、平成２６年３月期、平成２７年３月期及び平成２９年３月期の法人税の更正処分については、 所得金額が別紙６「税額計算表」の「認定できる所得金額又は欠損金額」欄記載の金額を超える部分、翌期へ繰り越す欠損金額が同表の「翌期へ繰り越す欠損金額」欄記載の金額を下回る部分、及び納付すべき法人税額が同表の「納付すべき法人税額」欄記載の金額を超える部分において違法であり、本件各更正処分等のうち、平成２５年３月期及び平成２６年３月期の復興特別法人税の更 正処分については、納付すべき復興特別法人税額が同表の「納付すべき復興特 別法人税額」欄記載の金額を超える部分において違法であり、平成２９ び平成２６年３月期の復興特別法人税の更 正処分については、納付すべき復興特別法人税額が同表の「納付すべき復興特 別法人税額」欄記載の金額を超える部分において違法であり、平成２９年３月期の地方法人税については、納付すべき地方法人税額が同表の「納付すべき地方法人税額」欄記載の金額を超える部分において違法である。また、本件各更正処分等のうち、各過少申告加算税の賦課決定処分については、いずれについても、上記の納付すべき法人税及び復興特別法人税の額は、原告が本件各確定 申告において納付すべき税額として申告した金額を上回らず、各更正処分に基づき国税通則法３５条２項の規定により納付すべき税額はないから、その全部が違法である。さらに、本件各通知処分のうち本件各更正処分対象法人税等通知処分以外のものについては、平成２８年３月期の法人税の更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分のうち欠損金額３億７７８０万６１０ ６円（別紙６「税額計算表」の「平成２８年３月期」の「認定できる所得金額又は欠損金額」欄記載の金額）及び翌期へ繰り越す欠損金２８億５５６５万３２２２円（同「翌期へ繰り越す欠損金額」欄記載の金額）を下回る部分につき更正をすべき理由がないとする部分、平成３０年３月期の法人税の更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分のうち翌期へ繰り越す欠損金２ ７億４５３４万６８１９円を下回る部分につき更正をすべき理由がないとする部分並びに平成２４年３月期の法人税及び平成３０年３月期の地方法人税の各更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分の全部が、それぞれ違法である。 そのため、請求の趣旨第３項及び同第４項の請求は全部理由があり、その一 方で、同第１項及び同第２項の請求のうち、訴えの利益を 更正をすべき理由がない旨の通知処分の全部が、それぞれ違法である。 そのため、請求の趣旨第３項及び同第４項の請求は全部理由があり、その一 方で、同第１項及び同第２項の請求のうち、訴えの利益を欠き不適法である部分を除く部分（前記１参照）は、同第３項及び同第４項の請求と同じであるから、同第１項及び第２項の請求には、同第３項及び同第４項の請求を超えて認容すべき部分はない。 したがって、請求の趣旨第３項及び同第４項の請求を全部認容することとし て、主文のとおり判決する。 東京地方裁判所民事第３８部 裁判長裁判官鎌野真敬 裁判官栗原志保 裁判官佐藤貴大 （別紙２の１）処分一覧表１ １ 原告の平成２４年４月１日から平成２５年３月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、所得金額マイナス９億１１４８万１１８７円を超える部分、 翌期へ繰り越す欠損金９億１１４８万１１８７円を下回る部分及び納付すべき法人税額マイナス５３００万１３０３円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分 ２ 原告の平成２５年４月１日から平成２６年３月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、所得金額マイナス２０２０万５７１２円を超える部分、翌期 へ繰り越す欠損金９億３１６８万６８９９円を下回る部分及び納付すべき法人税額マイナス３４５２万８９２８円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分 ３ 原告の平成２６年４月１日から平成２７年３月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、所得金額マイナス２億９８６８万４６７９円を超える部分、 翌期へ繰り越す欠損金１２億３０３７万１５７８円を下回る部分及び納付すべき法人税額マ ３月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、所得金額マイナス２億９８６８万４６７９円を超える部分、 翌期へ繰り越す欠損金１２億３０３７万１５７８円を下回る部分及び納付すべき法人税額マイナス３５８８万６８１０円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分 ４ 原告の平成２８年４月１日から平成２９年３月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、所得金額０円を超える部分、翌期へ繰り越す欠損金１２億２ ４７８万３１０９円を下回る部分及び納付すべき法人税額マイナス２６７５万１３２４円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分 ５ 原告の平成２４年４月１日から平成２５年３月３１日までの課税事業年度の復興特別法人税の更正処分のうち、納付すべき復興特別法人税額マイナス４７万８２６２円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分 ６ 原告の平成２５年４月１日から平成２６年３月３１日までの課税事業年度の復興特別法人税の更正処分のうち、納付すべき復興特別法人税額マイナス７２万９３９３円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分 ７ 原告の平成２８年４月１日から平成２９年３月３１日までの課税事業年度の地方法人税の更正処分のうち、納付すべき地方法人税額０円を超える部分 以上 （別紙２の２）処分一覧表２ １ 原告の平成２３年４月１日から平成２４年３月３１日までの事業年度の法人税の更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分 ２ 原告の平成２４年４月１日から平成２５年３月３１日までの事業年度の法人税の更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分 ３ 原告の平成２５年４月１日から平成２６年３月３１日までの事業年度の法人税の更正の請求に対する更正を ２５年３月３１日までの事業年度の法人税の更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分 ３ 原告の平成２５年４月１日から平成２６年３月３１日までの事業年度の法人税の更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分 ４ 原告の平成２６年４月１日から平成２７年３月３１日までの事業年度の法人税 の更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分 ５ 原告の平成２７年４月１日から平成２８年３月３１日までの事業年度の法人税の更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分のうち、所得金額マイナス３億７７８０万６１０６円を超える部分、翌期へ繰り越す欠損金２８億５５６５万３２２２円を下回る部分及び納付すべき法人税額マイナス３１２２万５ ５４４円を超える部分 ６ 原告の平成２８年４月１日から平成２９年３月３１日までの事業年度の法人税の更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分のうち、所得金額マイナス５３１６万０７０２円を超える部分、翌期へ繰り越す欠損金２９億０８８１万３９２４円を下回る部分及び納付すべき法人税額マイナス２５９１万３１２ ４円を超える部分 ７ 原告の平成２９年４月１日から平成３０年３月３１日までの事業年度の法人税の更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分のうち、所得金額０円を超える部分、翌期へ繰り越す欠損金２７億４５３４万６８１９円を下回る部分及び納付すべき法人税額０円を超える部分 ８ 原告の平成２４年４月１日から平成２５年３月３１日までの課税事業年度の復興特別法人税の更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分 ９ 原告の平成２５年４月１日から平成２６年３月３１日までの課税事業年度の復興特別法人税の更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨 特別法人税の更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分 ９ 原告の平成２５年４月１日から平成２６年３月３１日までの課税事業年度の復興特別法人税の更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分原告の平成２８年４月１日から平成２９年３月３１日までの課税事業年度の地 方法人税の更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分 11 原告の平成２９年４月１日から平成３０年３月３１日までの課税事業年度の地方法人税の更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分以上 （別紙２の３）処分一覧表３ １ 原告の平成２４年４月１日から平成２５年３月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、所得金額マイナス１２億６９７０万７６０６円を超える部分、 翌期へ繰り越す欠損金１５億９５１９万９３８４円を下回る部分及び納付すべき法人税額マイナス５３００万１３０３円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分 ２ 原告の平成２５年４月１日から平成２６年３月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、所得金額マイナス３億２３５１万２９０３円を超える部分、 翌期へ繰り越す欠損金１９億１８７１万２２８７円を下回る部分及び納付すべき法人税額マイナス３４５２万８９２８円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分 ３ 原告の平成２６年４月１日から平成２７年３月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、所得金額マイナス５億５９１３万４８２９円を超える部分、 翌期へ繰り越す欠損金２４億７７８４万７１１６円を下回る部分及び納付すべき法人税額マイナス３５８８万６８１０円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分 ４ 原告の平成２８年４月１日から平成２９年３月３１日ま 損金２４億７７８４万７１１６円を下回る部分及び納付すべき法人税額マイナス３５８８万６８１０円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分 ４ 原告の平成２８年４月１日から平成２９年３月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、所得金額マイナス５３１６万０７０２円を超える部分、翌期 へ繰り越す欠損金２９億０８８１万３９２４円を下回る部分及び納付すべき法人税額マイナス２６７５万１３２４円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分 ５ 原告の平成２４年４月１日から平成２５年３月３１日までの課税事業年度の復興特別法人税の更正処分のうち、納付すべき復興特別法人税額マイナス４７万８ ２６２円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分 ６ 原告の平成２５年４月１日から平成２６年３月３１日までの課税事業年度の復興特別法人税の更正処分のうち、納付すべき復興特別法人税額マイナス７２万９３９３円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分 ７ 原告の平成２８年４月１日から平成２９年３月３１日までの課税事業年度の地方法人税の更正処分のうち、納付すべき地方法人税額０円を超える部分 以上 （別紙２の４）処分一覧表４ １ 原告の平成２３年４月１日から平成２４年３月３１日までの事業年度の法人税の更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分 ２ 原告の平成２７年４月１日から平成２８年３月３１日までの事業年度の法人税の更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分のうち、所得金額マイナス３億７７８０万６１０６円、翌期へ繰り越す欠損金２８億５５６５万３２２２円を下回る部分及び納付すべき法人税額マイナス３１２２万５５４４円を超える部分につき更正をすべき理由がないとする部 金額マイナス３億７７８０万６１０６円、翌期へ繰り越す欠損金２８億５５６５万３２２２円を下回る部分及び納付すべき法人税額マイナス３１２２万５５４４円を超える部分につき更正をすべき理由がないとする部分 ３ 原告の平成２９年４月１日から平成３０年３月３１日までの事業年度の法人税の更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分のうち、所得金額０円を超える部分、翌期へ繰り越す欠損金２７億４５３４万６８１９円を下回る部分及び納付すべき法人税額０円を超える部分につき更正をすべき理由がないとする部分 ４ 原告の平成２９年４月１日から平成３０年３月３１日までの課税事業年度の地方法人税の更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分以上 （別紙３）関係法令の定め 第１ 法人税法（定義） ２条６号公益法人等別表第二に掲げる法人をいう。 ９号普通法人第５号から第７号までに掲げる法人以外の法人をいい、人格のない社団等を含まない。 （内国公益法人等の非収益事業所得等の非課税）７条【令和２年法律第８号による改正前のもの。以下同じ。】内国法人である公益法人等又は人格のない社団等の各事業年度の所得のうち収益事業から生じた所得以外の所得については、第５条（内国法人の課税所得の範囲）の規定にかかわらず、各事業年度の所得に対する法人税を課さ ない。 （各事業年度の所得に対する法人税の課税標準）２１条内国法人に対して課する各事業年度の所得に対する法人税の課税標準は、 各事業年度の所得の金額とする。 （各事業年度の所得の金額の計算）２２条１項内国法人の各事業年度の所得の金額は、当該事業年度の益金の額から当 該事業年度の損金の 標準は、 各事業年度の所得の金額とする。 （各事業年度の所得の金額の計算）２２条１項内国法人の各事業年度の所得の金額は、当該事業年度の益金の額から当 該事業年度の損金の額を控除した金額とする。 ２項内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の益金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、資産の販売、有償又は無償による資産の譲渡又は役務の提供、無償による資産の譲受けその他の取引で資本等取引以外のものに係る当該事業年度の収益の額とする。 ３項内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の損金の額に 算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、次に掲げる額とする。 １号当該事業年度の収益に係る売上原価、完成工事原価その他これらに準ずる原価の額２号前号に掲げるもののほか、当該事業年度の販売費、一般管理費その他の費用（償却費以外の費用で当該事業年度終了の日までに債務の確定し ないものを除く。）の額３号当該事業年度の損失の額で資本等取引以外の取引に係るもの４項【平成３０年法律第７号による改正前のもの。以下同じ。】第２項に規定する当該事業年度の収益の額及び前項各号に掲げる額は、一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従つて計算されるものとす る。 （減価償却資産の償却費の計算及びその償却の方法）３１条１項【平成２４年３月期については平成２３年法律第１１４号による改正前の もの、平成２５年３月期から平成３０年３月期までについては令和２年法律第８号による改正前のもの。以下同じ。なお、以下の条文は平成２３年法律第１１４号による改正前のものであるが、同改正は、本件の判断に影響を及ぼすものではない。】内国法人の各事業年度終 令和２年法律第８号による改正前のもの。以下同じ。なお、以下の条文は平成２３年法律第１１４号による改正前のものであるが、同改正は、本件の判断に影響を及ぼすものではない。】内国法人の各事業年度終了の時において有する減価償却資産につきその 償却費として第２２条第３項（各事業年度の損金の額に算入する金額）の 規定により当該事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入する金額は、その内国法人が当該事業年度においてその償却費として損金経理をした金額（以下この条において「損金経理額」という。）のうち、その取得をした日及びその種類の区分に応じ政令で定める償却の方法の中からその内国法人が当該資産について選定した償却の方法（償却の方法を選定しなかつた 場合には、償却の方法のうち政令で定める方法）に基づき政令で定めるところにより計算した金額（次項において「償却限度額」という。）に達するまでの金額とする。 ４項損金経理額には、第１項の減価償却資産につき同項の内国法人が償却費として損金経理をした事業年度（以下この項において「償却事業年度」と いう。）前の各事業年度における当該減価償却資産に係る損金経理額（中略）のうち当該償却事業年度前の各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入されなかつた金額を含むものと（中略）する。 ６項【平成２４年３月期については平成２３年法律第１１４号による改正前のもの、平成２５年３月期から平成３０年３月期までについては現行のもの。 以下同じ。なお、以下の条文は平成２３年法律第１１４号による改正前のものであるが、同改正は、本件の判断に影響を及ぼすものではない。】第１項の選定をすることができる償却の方法の特例、償却の方法の選定の手続、償却費の計算の基礎となる減価償却資産の取得価額その他減価 ものであるが、同改正は、本件の判断に影響を及ぼすものではない。】第１項の選定をすることができる償却の方法の特例、償却の方法の選定の手続、償却費の計算の基礎となる減価償却資産の取得価額その他減価償却資産の償却に関し必要な事項は、政令で定める。 （青色申告書を提出した事業年度の欠損金の繰越し）５７条１項本文【平成２４年３月期については平成２３年法律第１１４号による改正前のもの、平成２５年３月期から平成３０年３月期までについては平成２ ７年法律第９号による改正前のもの。以下同じ。なお、以下の条文は平成 ２３年法律第１１４号による改正前のものであるが、同改正は、本件の判断に影響を及ぼすものではない。】確定申告書を提出する内国法人の各事業年度開始の日前７年以内に開始した事業年度において生じた欠損金額（この項の規定により当該各事業年度前の事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入されたもの及び第８ ０条（欠損金の繰戻しによる還付）の規定により還付を受けるべき金額の計算の基礎となつたものを除く。）がある場合には、当該欠損金額に相当する金額は、当該各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する。 （有価証券の譲渡益又は譲渡損の益金又は損金算入） ６１条の２１項【平成２４年３月期から平成２７年３月期までについては平成２７年法律第９号による改正前のもの、平成２８年３月期から平成３０年３月期については平成３０年法律第７号による改正前のもの。以下同じ。なお、以下の条文は平成２７年法律第９号による改正前のものであるが、同改正は、 本件の判断に影響を及ぼすものではない。】内国法人が有価証券の譲渡をした場合には、その譲渡に係る譲渡利益額（第１号に掲げる金額が第２号に掲げる金額を超える 改正前のものであるが、同改正は、 本件の判断に影響を及ぼすものではない。】内国法人が有価証券の譲渡をした場合には、その譲渡に係る譲渡利益額（第１号に掲げる金額が第２号に掲げる金額を超える場合におけるその超える部分の金額をいう。）又は譲渡損失額（同号に掲げる金額が第１号に掲げる金額を超える場合におけるその超える部分の金額をいう。）は、第６２ 条から第６２条の５まで（合併等による資産の譲渡）の規定の適用がある場合を除き、その譲渡に係る契約をした日（中略）の属する事業年度の所得の金額の計算上、益金の額又は損金の額に算入する。 １号その有価証券の譲渡に係る対価の額（第２４条第１項（配当等の額とみなす金額）の規定により第２３条第１項第１号（受取配当等の益金不 算入）に掲げる金額とみなされる金額がある場合には、そのみなされる 金額に相当する金額を控除した金額）２号その有価証券の譲渡に係る原価の額（その有価証券についてその内国法人が選定した一単位当たりの帳簿価額の算出の方法により算出した金額（算出の方法を選定しなかつた場合又は選定した方法により算出しなかつた場合には、算出の方法のうち政令で定める方法により算出した金 額）にその譲渡をした有価証券の数を乗じて計算した金額をいう。）２３項【平成２４年３月期から平成２９年３月期までについては平成２９年法律第４号による改正前のもの、平成３０年３月期については現行の２４項。 以下同じ。なお、同改正により項数が繰り下げられたが、規定の内容に変更はない。】 有価証券の一単位当たりの帳簿価額の算出の基礎となる取得価額の算出の方法、有価証券の一単位当たりの帳簿価額の算出の方法の種類、その算出の方法の選定の手続その他前各項の規定の適用に関し必要な事項は、政令 証券の一単位当たりの帳簿価額の算出の基礎となる取得価額の算出の方法、有価証券の一単位当たりの帳簿価額の算出の方法の種類、その算出の方法の選定の手続その他前各項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。 ６４条の４１項【平成３１年法律第６号による改正前のもの。以下同じ。】一般社団法人若しくは一般財団法人又は医療法人（公益法人等に限る。 次項において「特定公益法人等」という。）である内国法人が普通法人に該当することとなつた場合には、その内国法人のその該当することとなつた 日（以下この項及び第３項において「移行日」という。）前の収益事業以外の事業から生じた所得の金額の累積額として政令で定めるところにより計算した金額（第３項において「累積所得金額」という。）又は当該移行日前の収益事業以外の事業から生じた欠損金額の累積額として政令で定めるところにより計算した金額（第３項において「累積欠損金額」という。）に相 当する金額は、当該内国法人の当該移行日の属する事業年度の所得の金額 の計算上、益金の額又は損金の額に算入する。 ３項【平成２４年３月期から平成２８年３月期までについては平成２８年法律第１５号による改正前のもの、平成２９年３月期及び平成３０年３月期については現行のもの。以下同じ。なお、以下の条文は平成２８年法律第１５号による改正前のものであるが、同改正は、本件の判断に影響を及ぼす ものではない。】第１項の内国法人が公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律（中略）第２９条第１項又は第２項（公益認定の取消し）の規定によりこれらの規定に規定する公益認定を取り消されたことにより普通法人に該当することとなつた法人である場合、前項の内国法人が公益社団法人又は 公益財団法人を被合併法 （公益認定の取消し）の規定によりこれらの規定に規定する公益認定を取り消されたことにより普通法人に該当することとなつた法人である場合、前項の内国法人が公益社団法人又は 公益財団法人を被合併法人とする同項に規定する適格合併に係る合併法人である場合その他の政令で定める場合に該当する場合における前二項の規定の適用については、移行日又は当該適格合併の日以後に公益の目的のために支出される金額として政令で定める金額に相当する金額は、政令で定めるところにより、累積所得金額若しくは合併前累積所得金額から控除し、 又は累積欠損金額若しくは合併前累積欠損金額に加算する。 ６項前二項に定めるもののほか、第３項に規定する政令で定める金額を支出した事業年度における処理その他第１項から第３項までの規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。 （各事業年度の所得の金額の計算の細目）６５条第２款から前款まで（所得の金額の計算）に定めるもののほか、各事業年度の所得の金額の計算に関し必要な事項は、政令で定める。 （各事業年度の所得に対する法人税の税率） ６６条１項【平成２４年３月期については平成２３年法律第１１４号による改正前のもの、平成２５年３月期から平成２７年３月期までについては平成２７年法律第９号による改正前のもの、平成２８年３月期については平成２８年法律第１５号による改正前のもの、平成２９年３月期及び平成３０年３月 期については令和４年法律第７１号による改正前のもの。以下同じ。なお、以下の条文は平成２３年法律第１１４号による改正前のものであるが、上記の各改正は、本件の判断に影響を及ぼすものではない。】内国法人である普通法人、一般社団法人等（別表第二に掲げる一般社団法人及び一般財団法人並び ２３年法律第１１４号による改正前のものであるが、上記の各改正は、本件の判断に影響を及ぼすものではない。】内国法人である普通法人、一般社団法人等（別表第二に掲げる一般社団法人及び一般財団法人並びに公益社団法人及び公益財団法人をいう。次項 及び第３項において同じ。）又は人格のない社団等に対して課する各事業年度の所得に対する法人税の額は、各事業年度の所得の金額に１００分の３０の税率を乗じて計算した金額とする。 第２ 法人税法施行令【以下「施行令」という。】 （減価償却資産の償却の方法）４８条１項【平成２４年３月期については平成２３年政令第３７９号による改正前のもの、平成２５年３月期から平成３０年３月期までについては令和２年政令第２０７号による改正前のもの。以下同じ。なお、以下の条文は平成２ ３年政令第３７９号による改正前のものであるが、同改正は、本件の判断に影響を及ぼすものではない。】平成１９年３月３１日以前に取得をされた減価償却資産（中略）の償却限度額（法第３１条第１項（減価償却資産の償却費の計算及びその償却の方法）の規定による減価償却資産の償却費として損金の額に算入する金額 の限度額をいう。以下第７目までにおいて同じ。）の計算上選定をすること ができる同項に規定する資産の種類に応じた政令で定める償却の方法は、次の各号に掲げる資産の区分に応じ当該各号に定める方法とする。 １号建物（第３号に掲げるものを除く。） 次に掲げる区分に応じそれぞれ次に定める方法イ平成１０年３月３１日以前に取得をされた建物次に掲げる方法 旧定額法（当該減価償却資産の取得価額からその残存価額を控除した金額にその償却費が毎年同一となるように当該資産の耐用年数に応じた償却率を乗じて計算した金額 取得をされた建物次に掲げる方法 旧定額法（当該減価償却資産の取得価額からその残存価額を控除した金額にその償却費が毎年同一となるように当該資産の耐用年数に応じた償却率を乗じて計算した金額を各事業年度の償却限度額として償却する方法をいう。以下この目及び第７目（減価償却資産の償却限度額等）において同じ。） 旧定率法（当該減価償却資産の取得価額（既にした償却の額で各事業年度の所得の金額又は各連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入された金額がある場合には、当該金額を控除した金額）にその償却費が毎年一定の割合で逓減するように当該資産の耐用年数に応じた償却率を乗じて計算した金額を各事業年度の償却限度額とし て償却する方法をいう。以下この目及び第７目において同じ。）ロイに掲げる建物以外の建物旧定額法【なお、本項にいう「法」とは、前記第１の法人税法を意味する。以下施行令において同じ。】 （減価償却資産の取得価額）５４条１項【令和２年政令第２０７号による改正前のもの。以下同じ。】減価償却資産の第４８条から第５０条まで（減価償却資産の償却の方法）に規定する取得価額は、次の各号に掲げる資産の区分に応じ当該各号に定 める金額とする。 １号購入した減価償却資産次に掲げる金額の合計額イ当該資産の購入の代価（引取運賃、荷役費、運送保険料、購入手数料、関税（中略）その他当該資産の購入のために要した費用がある場合には、その費用の額を加算した金額）ロ当該資産を事業の用に供するために直接要した費用の額 （償却超過額の処理）６２条【令和２年政令第２０７号による改正前のもの。以下同じ。】内国法人がその有する減価償却資産についてした償却の額のうち各事業年 供するために直接要した費用の額 （償却超過額の処理）６２条【令和２年政令第２０７号による改正前のもの。以下同じ。】内国法人がその有する減価償却資産についてした償却の額のうち各事業年度の所得の金額又は各連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算 入されなかつた金額がある場合には、当該資産については、その償却をした日の属する事業年度以後の各事業年度の所得の金額の計算上、当該資産の帳簿価額は、当該損金の額に算入されなかつた金額に相当する金額の減額がされなかつたものとみなす。 （有価証券の取得価額）１１９条１項【平成２４年３月期から平成２７年３月期までについては平成２７年政令第１４２号による改正前のもの、平成２８年３月期については平成２８年政令第１４６号による改正前のもの、平成２９年３月期については平成２ ９年政令第１０６号による改正前のもの、平成３０年３月期については平成３０年政令第１３２号による改正前のもの。以下同じ。なお、以下に引用した部分の限度では、これらの改正の前後で差異はない。】内国法人が有価証券の取得をした場合には、その取得価額は、次の各号に掲げる有価証券の区分に応じ当該各号に定める金額とする。 １号購入した有価証券（中略） その購入の代価（購入手数料その他その 有価証券の購入のために要した費用がある場合には、その費用の額を加算した金額）２号金銭の払込み又は金銭以外の資産の給付により取得をした有価証券（中略） その払込みをした金銭の額及び給付をした金銭以外の資産の価額の合計額（以下略） （有価証券の一単位当たりの帳簿価額の算出の方法）１１９条の２１項有価証券の譲渡に係る原価の額を計算する場合におけるその一単位当たりの帳簿 銭以外の資産の価額の合計額（以下略） （有価証券の一単位当たりの帳簿価額の算出の方法）１１９条の２１項有価証券の譲渡に係る原価の額を計算する場合におけるその一単位当たりの帳簿価額の算出の方法は、次に掲げる方法とする。 １号移動平均法（有価証券をその銘柄の異なるごとに区別し、その銘柄を同じくする有価証券の取得（中略）をする都度その有価証券のその取得の直前の帳簿価額とその取得をした有価証券の取得価額（中略）との合計額をこれらの有価証券の総数で除して平均単価を算出し、その算出した平均単価をもつてその一単位当たりの帳簿価額とする方法をいう。） （累積所得金額又は累積欠損金額の計算）１３１条の４１項【平成２４年３月期から平成２８年３月期までについては平成２８年政令第１４６号による改正前のもの、平成２９年３月期及び平成３０年３月期 については平成３１年政令第９６号による改正前のもの。以下同じ。なお、以下の条文は平成２８年政令第１４６号による改正前のものであるが、同改正は、本件の判断に影響を及ぼすものではない。】法第６４条の４第１項（公益法人等が普通法人に移行する場合の所得の金額の計算）に規定する収益事業以外の事業から生じた所得の金額の累積 額として政令で定めるところにより計算した金額は、同項の内国法人の同 項に規定する移行日（以下この項及び次条第１項において「移行日」という。）における資産の帳簿価額が負債帳簿価額等（負債の帳簿価額及び利益積立金額の合計額をいう。以下この項において同じ。）を超える場合におけるその超える部分の金額（次条第２項において「累積所得金額」という。）とし、法第６４条の４第１項に規定する収益事業以外の事業から生じた欠 損金額の累積額として政令 いて同じ。）を超える場合におけるその超える部分の金額（次条第２項において「累積所得金額」という。）とし、法第６４条の４第１項に規定する収益事業以外の事業から生じた欠 損金額の累積額として政令で定めるところにより計算した金額は、同項の内国法人の移行日における負債帳簿価額等が資産の帳簿価額を超える場合におけるその超える部分の金額（次条第２項及び第３項において「累積欠損金額」という。）とする。 （累積所得金額から控除する金額等の計算）１３１条の５１項【平成２４年３月期から平成２９年３月期までについては平成２８年政令第１４６号による改正前のもの、平成３０年３月期については平成３１年政令第９６号による改正前のもの。以下同じ。なお、以下の条文は平成２ ８年政令第１４６号による改正前のものであるが、同改正は、本件の判断に影響を及ぼすものではない。】法第６４条の４第３項（公益法人等が普通法人に移行する場合の所得の金額の計算）に規定する政令で定める場合は、次の各号に掲げる場合とし、同項に規定する政令で定める金額は、当該各号に掲げる場合の区分に応じ 当該各号に定める金額とする。 ３号法第６４条の４第１項の内国法人が一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（平成１８年法律第５０号。 以下この号及び第５項において「整備法」という。）第１２３条第１項（移 行法人の義務等）に規定する移行法人（中略）である場合次に掲げる 金額のうちいずれか少ない金額イ当該内国法人の移行日における修正公益目的財産残額（整備法第１１９条第２項第２号（公益目的支出計画の作成）に規定する公益目的財産残額を基礎として財務省令で定 金額のうちいずれか少ない金額イ当該内国法人の移行日における修正公益目的財産残額（整備法第１１９条第２項第２号（公益目的支出計画の作成）に規定する公益目的財産残額を基礎として財務省令で定めるところにより計算した金額をいう。 次号イにおいて同じ。） ロ当該内国法人の移行日における資産の帳簿価額から前条第１項に規定する負債帳簿価額等を控除した金額５項内国法人が法第６４条の４第３項の規定の適用を受ける場合（第１項第３号又は第４号に掲げる場合に該当する場合に限る。次項において同じ。）において、当該内国法人のその適用を受ける事業年度以後の各事業年度（整 備法第１２４条（公益目的支出計画の実施が完了したことの確認）の確認に係る事業年度（次項及び第７項において「確認事業年度」という。）後の事業年度を除く。）の整備法第１１９条第２項第１号の支出の額（以下この条において「公益目的支出の額」という。）が同項第２号の規定により同号に規定する公益目的財産残額の計算上当該公益目的支出の額から控除され る同号の収入の額（次項において「実施事業収入の額」という。）を超えるときは、その超える部分の金額（当該内国法人の有する調整公益目的財産残額が当該超える部分の金額に満たない場合には、当該調整公益目的財産残額に相当する金額。第７項において「支出超過額」という。）は、当該内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入しない。 ６項内国法人が法第６４条の４第３項の規定の適用を受ける場合において、当該内国法人のその適用を受ける事業年度以後の各事業年度（確認事業年度後の事業年度を除く。）の実施事業収入の額が公益目的支出の額を超えるとき（当該内国法人が調整公益目的財産残額を有する場合に限る。）は、その超える部分の金額（次 事業年度以後の各事業年度（確認事業年度後の事業年度を除く。）の実施事業収入の額が公益目的支出の額を超えるとき（当該内国法人が調整公益目的財産残額を有する場合に限る。）は、その超える部分の金額（次項において「収入超過額」という。）は、当該内国 法人の各事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入しない。 ７項前二項に規定する調整公益目的財産残額とは、第１項第３号又は第４号に定める金額から前二項の規定の適用を受ける事業年度（以下この項において「適用事業年度」という。）前の各事業年度の支出超過額の合計額を減算し、これに当該適用事業年度前の各事業年度の収入超過額の合計額を加算した金額（確認事業年度後の事業年度にあつては、零）をいう。 （収益事業以外の事業に属していた資産及び負債の帳簿価額）１３１条の６内国法人である公益法人等若しくは人格のない社団等のその収益事業以外の事業に属していた資産及び負債がその収益事業に属する資産及び負債とな つた場合のその資産及び負債（以下この条において「転用資産等」という。）又は公益法人等が普通法人若しくは協同組合等に該当することとなつた場合のその該当することとなつた時において有するその収益事業以外の事業に属していた資産及び負債（以下この条において「移行時資産等」という。）の帳簿価額は、それぞれ当該転用資産等の価額としてその収益事業に関する帳簿 に記載された金額又は当該移行時資産等の価額としてその該当することとなつた時においてその帳簿に記載されていた金額とする。 第３ 法人税法施行規則２７条の１６の４ １項令第１３１条の５第１項第３号イ（累積所得金額から控除する金額等の計算）に規定する財務省令で定めるところにより計算した金額は、公益目的財産 第３ 法人税法施行規則２７条の１６の４ １項令第１３１条の５第１項第３号イ（累積所得金額から控除する金額等の計算）に規定する財務省令で定めるところにより計算した金額は、公益目的財産残額（中略）及び公益目的収支差額の収入超過額（中略）の合計額に整備府令第１４条第１項第２号（公益目的財産額）に掲げる金額（既に有していない同項第１号に規定する時価評価資産（以下この条において「時価評価 資産」という。）に係る部分の金額を除く。次項第３号において「評価損の額」 という。）を加算し、これから整備府令第１４条第１項第１号に掲げる金額（既に有していない時価評価資産に係る部分の金額を除く。次項第３号において「評価益の額」という。）を控除した金額とする。 【なお、本項にいう「令」とは前記第２の法人税法施行令を、「整備府令」とは後記第５の一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及 び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律施行規則を意味する。】 第４ 整備法（一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法 律）（社団法人及び財団法人の存続）４０条１項第３８条の規定による改正前の民法（以下「旧民法」という。）第３４条の規定により設立された社団法人又は財団法人であってこの法律の施行の 際現に存するものは、施行日以後は、この節の定めるところにより、それぞれ一般社団・財団法人法の規定による一般社団法人又は一般財団法人として存続するものとする。 【なお、本項及び４２条１項にいう「一般社団・財団法人法」とは、一般社団法人及び一般財団法人に関する法律を意味する。】 人法の規定による一般社団法人又は一般財団法人として存続するものとする。 【なお、本項及び４２条１項にいう「一般社団・財団法人法」とは、一般社団法人及び一般財団法人に関する法律を意味する。】 （名称に関する特則）４２条１項第４０条第１項又は前条第１項の規定により存続する一般社団法人又は一般財団法人であって第１０６条第１項（中略）の登記をしていないもの （以下それぞれ「特例社団法人」又は「特例財団法人」という。）について は、一般社団・財団法人法第５条第１項の規定は、適用しない。 ２項特例社団法人又は特例財団法人（以下「特例民法法人」と総称する。）については、公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律（平成１８年法律第４９号。以下この節及び附則第一項において「公益法人認定法」という。）第９条第４項の規定は、適用しない。 （通常の一般社団法人又は一般財団法人への移行）４５条特例社団法人又は特例財団法人は、移行期間内に、第５款の定めるところにより、行政庁の認可を受け、それぞれ通常の一般社団法人又は一般財団法 人となることができる。 （公益目的支出計画の作成）１１９条１項第４５条の認可を受けようとする特例民法法人は、当該認可を受けたと きに解散するものとした場合において旧民法第７２条の規定によれば当該特例民法法人の目的に類似する目的のために処分し、又は国庫に帰属すべきものとされる残余財産の額に相当するものとして当該特例民法法人の貸借対照表上の純資産額を基礎として内閣府令で定めるところにより算定した額が内閣府令で定める額を超える場合には、内閣府令で定めるところに より、当該算定した額（以下この款において「公益目的財産額」という。）に相当する金額 して内閣府令で定めるところにより算定した額が内閣府令で定める額を超える場合には、内閣府令で定めるところに より、当該算定した額（以下この款において「公益目的財産額」という。）に相当する金額を公益の目的のために支出することにより零とするための計画（以下この款において「公益目的支出計画」という。）を作成しなければならない。 ２項公益目的支出計画においては、次に掲げる事項を定めなければならない。 １号公益の目的のための次に掲げる支出 イ公益目的事業のための支出ロ公益法人認定法第５条第１７号に規定する者に対する寄附ハ第４５条の認可を受けた後も継続して行う不特定かつ多数の者の利益の増進に寄与する目的に関する事業のための支出（イに掲げるものを除く。）その他の内閣府令で定める支出 ２号公益目的財産額に相当する金額から前号の支出の額（当該支出をした事業に係る収入があるときは、内閣府令で定めるところにより、これを控除した額に限る。）を控除して得た額（以下この款において「公益目的財産残額」という。）が零となるまでの各事業年度ごとの同号の支出に関する計画 ３号前号に掲げるもののほか、第１号の支出を確保するために必要な事項として内閣府令で定める事項【なお、本項にいう「公益法人認定法」とは、公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律を意味する。】 （移行法人の義務等）１２３条１項第１２１条第１項において読み替えて準用する第１０６条第１項の登記をした一般社団法人又は一般財団法人であってその作成した公益目的支出計画の実施について次条の確認を受けていないもの（以下この節において 「移行法人」という。）は、同条の確認を受けるまで、公益目的支出計画（中略）に定め 財団法人であってその作成した公益目的支出計画の実施について次条の確認を受けていないもの（以下この節において 「移行法人」という。）は、同条の確認を受けるまで、公益目的支出計画（中略）に定めたところに従って第１１９条第２項第１号の支出をしなければならない。 （公益目的支出計画の実施が完了したことの確認） １２４条 移行法人は、第１１９条第２項第１号の支出により公益目的財産残額が零となったときは、内閣府令で定めるところにより、認可行政庁に公益目的支出計画の実施が完了したことの確認を求めることができる。 第５ 一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団 法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律施行規則【以下「整備法施行規則」という。】１４条１項整備法第１１９条第１項に規定する公益目的財産額は、第２条第１項ただし書の事業年度（事業年度に関する規定を定める他の法律の規定により 移行の登記をした日の属する事業年度の開始の日から移行の登記をした日までの期間が当該法人の事業年度とみなされる場合にあっては、当該期間）の末日（以下「算定日」という。）における貸借対照表の純資産の部に計上すべき額に第１号に掲げる額を加算し、第２号、第３号及び第４号に掲げる額を減算して得た額とする。 １号特例民法法人が算定日において次に掲げる資産（以下「時価評価資産」という。）を有する場合の当該時価評価資産の算定日における時価が算定日における帳簿価額を超える場合のその超える部分の額イ土地又は土地の上に存する権利ロ有価証券 ハ書画、骨とう、生物その他の資産のうち算定日における帳簿価額と時価との差額が著しく多額である資産２号特例民 のその超える部分の額イ土地又は土地の上に存する権利ロ有価証券 ハ書画、骨とう、生物その他の資産のうち算定日における帳簿価額と時価との差額が著しく多額である資産２号特例民法法人が算定日において時価評価資産を有する場合の当該時価評価資産の算定日における帳簿価額が算定日における時価を超える場合のその超える部分の額 ３号基金の額 ４号前号に掲げるもののほか、貸借対照表の純資産の部に計上すべきもののうち支出又は保全が義務付けられていると認められるものの額２項前項の規定により貸借対照表の純資産の部に加算され、又は減算された時価評価資産については、この章の規定の適用に当たっては、当該時価評価資産の帳簿価額は、当該加算された額が増額され、又は当該減算された 額が減額されたものとみなす。 ２３条１項移行法人の各事業年度の末日における公益目的財産残額は、当該移行法人の公益目的財産額から当該事業年度の末日における公益目的収支差額を 減算して得た額（公益目的収支差額が零を下回る場合にあっては、減算する額は零）とする。 ２項前項に規定する公益目的収支差額は、各事業年度の前事業年度の末日における公益目的収支差額（移行の登記をした日の属する事業年度にあっては、零）に当該事業年度の公益目的支出の額を加算して得た額から、当該 事業年度の実施事業収入の額を減算して得た額とする。 以上別紙４の１（単位：円）銘柄譲渡対価の額①移行前取得価額②原告主張譲渡利益額又は譲渡損失額③(①－②)本件各譲渡銘柄帳簿価額④被告主張譲渡原価の額⑤被告主張譲渡利益額又は譲渡損失額⑥(①－⑤)譲渡損益の差額⑦(⑥－③)■■■■■500,000,000493, 額③(①－②)本件各譲渡銘柄帳簿価額④被告主張譲渡原価の額⑤被告主張譲渡利益額又は譲渡損失額⑥(①－⑤)譲渡損益の差額⑦(⑥－③)■■■■■500,000,000493,500,0006,500,000425,750,000425,750,00074,250,00067,750,000■■■■■211,250,000203,131,5628,118,438231,950,000231,950,000△ 20,700,000△ 28,818,438■■■■■296,839,336610,000,000△ 313,160,664319,734,010319,734,010△ 22,894,674290,265,990■■■■■182,258,766429,994,808△ 247,736,042197,582,303197,582,303△ 15,323,537232,412,505■■■■■500,000,000500,000,000 321,400,000321,400,000178,600,000178,600,000■■■■■500,000,000500,000,000 392,700,000392,700,000107,300,000107,300,000■■■■■200,000,000200,000,000 163,340,000163,340,00036,660,00036,660,000■■■■■100,000,00099,200,000800,00061,250,00061,250,00038,750,00037,950,000■■■■■100,000,00099,200,000800,00061,2 00,000800,00061,250,00061,250,00038,750,00037,950,000■■■■■100,000,00099,200,000800,00061,250,00061,250,00038,750,00037,950,000■■■■■300,000,000300,000,000 192,390,000192,390,000107,610,000107,610,000■■■■■300,000,000291,300,0008,700,000193,440,000193,440,000106,560,00097,860,000■■■■■96,011,017250,000,000△ 153,988,983108,260,847108,260,847△ 12,249,830141,739,153■■■■■169,545,085400,000,000△ 230,454,915183,799,711183,799,711△ 14,254,626216,200,289■■■■■200,000,000200,000,000 186,120,000186,120,00013,880,00013,880,000■■■■■104,642,000313,297,930△ 208,655,930110,100,000110,100,000△ 5,458,000203,197,930■■■■■37,308,98397,142,720△ 59,833,73742,069,15342,069,153△ 4,760,17055,073,567合計3,797,855,1874,986,767,020△ 1,188,911,8333,1 42,069,15342,069,153△ 4,760,17055,073,567合計3,797,855,1874,986,767,020△ 1,188,911,8333,191,136,0243,191,136,024606,719,1631,795,630,996（注） ③及び⑥欄の各△表示は，譲渡損失額を表す。 本件各譲渡有価証券譲渡損益計算一覧（平成25年３月期） 別紙４の２（単位：円）銘柄譲渡対価の額①移行前取得価額②原告主張譲渡利益額又は譲渡損失額③(①－②)本件各譲渡銘柄帳簿価額④被告主張譲渡原価の額⑤被告主張譲渡利益額又は譲渡損失額⑥(①－⑤)譲渡損益の差額⑦(⑥－③)■■■■■300,000,000300,000,000 278,160,000278,160,00021,840,00021,840,000■■■■■71,225,000252,625,000△ 181,400,000343,750,000171,875,000△ 100,650,00080,750,000■■■■■200,000,000200,000,000 140,180,000140,180,00059,820,00059,820,000■■■■■300,000,000300,000,000 203,940,000203,940,00096,060,00096,060,000■■■■■400,000,000400,000,000 249,360,000249,360,000150,640,000150,640,000■■■■■300,000,000300,000,000 192,630,000192,630,000 0,000249,360,000150,640,000150,640,000■■■■■300,000,000300,000,000 192,630,000192,630,000107,370,000107,370,000■■■■■300,000,000287,100,00012,900,000163,950,000163,950,000136,050,000123,150,000■■■■■300,000,000300,000,000 178,680,000178,680,000121,320,000121,320,000■■■■■100,000,00098,600,0001,400,00055,160,00055,160,00044,840,00043,440,000■■■■■400,000,000400,000,000 219,520,000219,520,000180,480,000180,480,000■■■■■200,000,000200,000,000 104,920,000104,920,00095,080,00095,080,000■■■■■100,000,000100,000,000 53,680,00053,680,00046,320,00046,320,000■■■■■100,000,000102,500,000△ 2,500,000101,100,000101,100,000△ 1,100,0001,400,000■■■■■110,570,985117,845,475△ 7,274,490211,033,42277,833,42232,737,56340,012,053■■■■■100,000,000 ■110,570,985117,845,475△ 7,274,490211,033,42277,833,42232,737,56340,012,053■■■■■100,000,000100,000,000 53,680,00053,680,00046,320,00046,320,000■■■■■32,597,01534,418,444△ 1,821,42922,732,57822,732,5789,864,43711,685,866■■■■■100,000,000102,500,000△ 2,500,00098,500,00098,500,0001,500,0004,000,000■■■■■100,000,000102,500,000△ 2,500,00098,500,00098,500,0001,500,0004,000,000■■■■■100,000,000102,500,000△ 2,500,00098,500,00098,500,0001,500,0004,000,000合計3,614,393,0003,800,588,919△ 186,195,9192,867,976,0002,562,901,0001,051,492,0001,237,687,919本件各譲渡有価証券譲渡損益計算一覧（平成26年３月期）（注） ③及び⑥欄の各△表示は，譲渡損失額を表す。 別紙４の３（単位：円）銘柄譲渡対価の額①移行前取得価額②原告主張譲渡利益額又は譲渡損失額③(①－②)本件各譲渡銘柄帳簿価額④被告主張譲渡原価の額⑤被告主張譲渡利益額又は譲渡損失額⑥(①－⑤)譲渡損益の差額⑦(⑥－③)■■■■■500,000,000 は譲渡損失額③(①－②)本件各譲渡銘柄帳簿価額④被告主張譲渡原価の額⑤被告主張譲渡利益額又は譲渡損失額⑥(①－⑤)譲渡損益の差額⑦(⑥－③)■■■■■500,000,000500,000,000 232,550,000232,550,000267,450,000267,450,000■■■■■53,144,20033,300,00019,844,20051,400,00051,400,0001,744,200△ 18,100,000■■■■■64,247,500252,625,000△ 188,377,500343,750,000171,875,000△ 107,627,50080,750,000■■■■■300,000,000300,000,000 142,290,000142,290,000157,710,000157,710,000■■■■■500,000,000500,000,000 227,750,000227,750,000272,250,000272,250,000■■■■■300,000,000300,000,000 133,440,000133,440,000166,560,000166,560,000■■■■■44,769,50021,000,00023,769,50025,400,00025,400,00019,369,500△ 4,400,000合計1,762,161,2001,906,925,000△ 144,763,8001,156,580,000984,705,000777,456,200922,220,000本件各譲渡有価証券譲渡損益計算一覧（平成27年３月期）（注） ③及び⑥欄の各△ 4,763,8001,156,580,000984,705,000777,456,200922,220,000本件各譲渡有価証券譲渡損益計算一覧（平成27年３月期）（注） ③及び⑥欄の各△表示は，譲渡損失額を表す。 別紙５の１【平成２４年３月期】本件各減価償却資産のうち、旧定率法を用いて償却限度額を算出したもの単位：円 減価償却資産①取得価額②取得価額1を基に計算した償却限度額③決算整理仕訳の後の会計上の帳簿価額2④決算整理仕訳の後の金額を基に計算した償却限度額⑤更正の請求により損金の額に算入される償却費の増加額⑥過去の償却不足額の一括償却費3 ( ①-③)損金経理額4移行日に属していた事業区分Ｃ建物6,680,854,753 298,383,675 3,575,605,534159,695,482138,688,193 3,105,249,2193,264,944,701 非収益事業借地権付き建物買取950,021385,73347,5019,500376,233902,520912,020収益事業立退料のうち建物部分5,289,1062,147,514264,45552,8902,094,6245,024,6515,077,541収益事業Ｄ・共同住宅271,308,92317,326,79891,026,7045,941,67711,385,121180,282,219180,362,145収益事業Ｄ9,800 3,650 6,1506,154収益事業Ｄ4,843,20 180,282,219180,362,145収益事業Ｄ9,800 3,650 6,1506,154収益事業Ｄ4,843,200308,5211,811,200118,224190,2973,032,0003,033,591収益事業共同住宅・Ｅ113,197,0007,209,87142,572,6572,778,8874,430,98470,624,34370,661,724収益事業 1 正確には取得価額（既にした償却費のうち損金の額に算入された金額を控除した金額）。以下本別紙の旧定率法に関する表において同じ。 2 平成２３年２月２日時点のものをいう。以下本別紙において同じ。 3 平成２３年２月２日期の償却費分を含む。以下本別紙において同じ。 4 損金経理額は、上記④の金額に上記⑥の金額を加算した金額から、過去の事業年度の上記⑤の累計額及び平成２３年２月２日期において損金の額に算入した金額（収益事業に属するもののみ）の合計額を控除した金額に等しい。以下本別紙において同じ。 別紙５の１【平成２４年３月期】本件各減価償却資産のうち、旧定率法を用いて償却限度額を算出したもの単位：円 減価償却資産①取得価額②取得価額1を基に計算した償却限度額③決算整理仕訳の後の会計上の帳簿価額2④決算整理仕訳の後の金額を基に計算した償却限度額⑤更正の請求により損金の額に算入される償却費の増加額⑥過去の償却不足額の一括償却費3 ( ①-③)損金経理額4移行日に属してい 訳の後の金額を基に計算した償却限度額⑤更正の請求により損金の額に算入される償却費の増加額⑥過去の償却不足額の一括償却費3 ( ①-③)損金経理額4移行日に属していた事業区分共同住宅・Ｅ261,117,53716,631,39498,204,6026,410,20710,221,187162,912,935162,999,163収益事業車庫・職安１階部分6,488,800288,438711,87431,794256,6445,776,9265,778,092収益事業Ｆ・共同住宅6,744,800319,041966,72246,031273,0105,778,0785,779,616収益事業Ｇ建物689,835,51330,809,778219,022,7859,782,10521,027,673470,812,728480,594,833 非収益事業本堂188,854,0268,434,69259,961,1712,678,0155,756,677128,892,855131,570,870 非収益事業管理棟51,060,8912,832,7227,499,571416,0562,416,66643,561,32043,977,376 非収益事業大型仏壇137,400,00032,918,7506,870,0001,373,99931,544,751130,530,000131,903,999 非収益事業新大型仏壇20,769,8004,976,0981,038,490207,6 ,373,99931,544,751130,530,000131,903,999 非収益事業新大型仏壇20,769,8004,976,0981,038,490207,6974,768,40119,731,31019,939,007 非収益事業中型仏壇26,425,0006,330,9891,321,250264,2496,066,74025,103,75025,367,999 非収益事業標準仏壇755,253,600 180,946,17537,762,6807,552,535173,393,640717,490,920725,043,455 非収益事業御本尊37,900,0009,080,2081,895,000378,9998,701,20936,005,00036,383,999 非収益事業御台座及び光背6,240,0001,495,000312,00062,3991,432,6015,928,0005,990,399 非収益事業須弥壇23,129,0005,541,3231,156,450231,2895,310,03421,972,55022,203,839 非収益事業須弥壇上の仏具752,300180,23837,6157,522172,716714,685722,207 非収益事業別紙５の１【平成２４年３月期】本件各減価償却資産のうち、旧定率法を用いて償却限度額を算出したもの単位：円 減価償却資産①取得価額②取得価額1を基に計算した償却限度額③決算整理仕訳の後の会計上の帳簿 のうち、旧定率法を用いて償却限度額を算出したもの単位：円 減価償却資産①取得価額②取得価額1を基に計算した償却限度額③決算整理仕訳の後の会計上の帳簿価額2④決算整理仕訳の後の金額を基に計算した償却限度額⑤更正の請求により損金の額に算入される償却費の増加額⑥過去の償却不足額の一括償却費3 ( ①-③)損金経理額4移行日に属していた事業区分須弥壇内部仏具477,200114,32923,8604,771109,558453,340458,111 非収益事業体内収納用角パイプ2,662,000637,771133,10026,619611,1522,528,9002,555,519 非収益事業合計9,291,563,270 627,299,682 4,148,248,871198,071,185429,228,497 5,143,314,3995,326,266,360 別紙５の２【平成２５年３月期】本件各減価償却資産のうち、旧定率法を用いて償却限度額を算出したもの単位：円 減価償却資産①取得価額②取得価額を基に計算した償却限度額③決算整理仕訳の後の会計上の帳簿価額④決算整理仕訳の後の金額を基に計算した償却限度額⑤更正の請求により損金の額に算入される償却費の増加額⑥過去の償却不足額の一括償却費(①-③)損金経理額移行日に属していた事業区分Ｃ建物6,680,854,753 284,956,410 3,575,605,534152,509,185132,447,225 3,105,249 額移行日に属していた事業区分Ｃ建物6,680,854,753 284,956,410 3,575,605,534152,509,185132,447,225 3,105,249,2193,119,070,211 非収益事業借地権付き建物買取950,021216,78247,5019,500207,282902,520535,787収益事業立退料のうち建物部分5,289,1061,206,903264,45552,8901,154,0135,024,6512,982,917収益事業Ｄ・共同住宅271,308,92316,183,23091,026,7045,549,52610,633,704180,282,219168,584,873収益事業Ｄ9,800 3,650 6,1505,752収益事業Ｄ4,843,200288,1591,811,200110,421177,7383,032,0002,835,491収益事業共同住宅・Ｅ113,197,0006,734,02042,572,6572,595,4814,138,53970,624,34366,047,334収益事業共同住宅・Ｅ261,117,53715,533,72298,204,6025,987,1339,546,589162,912,935152,354,902収益事業車庫・職安１階部分6,488,800275,458711,87430,363245,0955,776,9265,520,01 152,354,902収益事業車庫・職安１階部分6,488,800275,458711,87430,363245,0955,776,9265,520,017収益事業別紙５の２【平成２５年３月期】本件各減価償却資産のうち、旧定率法を用いて償却限度額を算出したもの単位：円 減価償却資産①取得価額②取得価額を基に計算した償却限度額③決算整理仕訳の後の会計上の帳簿価額④決算整理仕訳の後の金額を基に計算した償却限度額⑤更正の請求により損金の額に算入される償却費の増加額⑥過去の償却不足額の一括償却費(①-③)損金経理額移行日に属していた事業区分Ｆ・共同住宅6,744,800303,727966,72243,821259,9065,778,0785,504,396収益事業Ｇ建物689,835,51329,423,338219,022,7859,341,91020,081,428470,812,728459,126,965 非収益事業本堂188,854,0268,055,13159,961,1712,557,5055,497,626128,892,855125,693,683 非収益事業管理棟51,060,8912,674,0897,499,571392,7572,281,33243,561,32041,537,411 非収益事業大型仏壇137,400,00024,689,0626,870,0001,373,99923,315,063130,530,000100,359,248 非収益事 収益事業大型仏壇137,400,00024,689,0626,870,0001,373,99923,315,063130,530,000100,359,248 非収益事業新大型仏壇20,769,8003,732,0731,038,490207,6973,524,37619,731,31015,170,606 非収益事業中型仏壇26,425,0004,748,2421,321,250264,2494,483,99325,103,75019,301,259 非収益事業標準仏壇755,253,600 135,709,63137,762,6807,552,535128,157,096717,490,920551,649,815 非収益事業御本尊37,900,0006,810,1561,895,000378,9996,431,15736,005,00027,682,790 非収益事業御台座及び光背6,240,0001,121,250312,00062,3991,058,8515,928,0004,557,798 非収益事業須弥壇23,129,0004,155,9921,156,450231,2893,924,70321,972,55016,893,805 非収益事業須弥壇上の仏具752,300135,17937,6157,522127,657714,685549,491 非収益事業須弥壇内部仏具477,20085,74723,8604,77180,976453,340348,553 非収益事業体内収納 14,685549,491 非収益事業須弥壇内部仏具477,20085,74723,8604,77180,976453,340348,553 非収益事業体内収納用角パイプ2,662,000478,328133,10026,619451,7092,528,9001,944,367 非収益事業合計9,291,563,270 547,517,212 4,148,248,871189,290,793358,226,419 5,143,314,3994,888,257,471 別紙５の３【平成２６年３月期】本件各減価償却資産のうち、旧定率法を用いて償却限度額を算出したもの単位：円 減価償却資産①取得価額②取得価額を基に計算した償却限度額③決算整理仕訳の後の会計上の帳簿価額④決算整理仕訳の後の金額を基に計算した償却限度額⑤更正の請求により損金の額に算入される償却費の増加額⑥過去の償却不足額の一括償却費(①-③)損金経理額移行日に属していた事業区分Ｃ建物6,680,854,753 272,133,371 3,575,605,534145,646,272126,487,099 3,105,249,2192,979,760,073 非収益事業借地権付き建物買取950,021121,83147,5019,500112,331902,520328,505収益事業立退料のうち建物部分5,289,106678,280264,45552,890625,3905,024,6511,828,904収益事業Ｄ・共同住宅 収益事業立退料のうち建物部分5,289,106678,280264,45552,890625,3905,024,6511,828,904収益事業Ｄ・共同住宅271,308,92315,115,13691,026,7045,183,2579,931,879180,282,219157,584,900収益事業Ｄ9,800 3,650 6,1505,376収益事業Ｄ4,843,200269,1411,811,200103,133166,0083,032,0002,650,465収益事業共同住宅・Ｅ113,197,0006,289,57542,572,6572,424,1793,865,39670,624,34361,737,493収益事業共同住宅・Ｅ261,117,53714,508,49798,204,6025,591,9828,916,515162,912,935142,413,162収益事業車庫・職安１階部分6,488,800263,062711,87428,997234,0655,776,9265,273,556収益事業別紙５の３【平成２６年３月期】本件各減価償却資産のうち、旧定率法を用いて償却限度額を算出したもの単位：円 減価償却資産①取得価額②取得価額を基に計算した償却限度額③決算整理仕訳の後の会計上の帳簿価額④決算整理仕訳の後の金額を基に計算した償却限度額⑤更正の請求により損金の額に算入される償却費の増加額⑥過去の償却不足 却限度額③決算整理仕訳の後の会計上の帳簿価額④決算整理仕訳の後の金額を基に計算した償却限度額⑤更正の請求により損金の額に算入される償却費の増加額⑥過去の償却不足額の一括償却費(①-③)損金経理額移行日に属していた事業区分Ｆ・共同住宅6,744,800289,148966,72241,718247,4305,778,0785,242,387収益事業Ｇ建物689,835,51328,099,288219,022,7858,921,52419,177,764470,812,728438,625,151 非収益事業本堂188,854,0267,692,65059,961,1712,442,4175,250,233128,892,855120,080,969 非収益事業管理棟51,060,8912,524,3407,499,571370,7622,153,57843,561,32039,234,084 非収益事業大型仏壇137,400,00018,516,7976,870,0001,373,99917,142,798130,530,00077,044,185 非収益事業新大型仏壇20,769,8002,799,0551,038,490207,6972,591,35819,731,31011,646,230 非収益事業中型仏壇26,425,0003,561,1821,321,250264,2493,296,93325,103,75014,817,266 非収益事業標準仏壇755,253,600 101 5,0003,561,1821,321,250264,2493,296,93325,103,75014,817,266 非収益事業標準仏壇755,253,600 101,782,22337,762,6807,552,53594,229,688717,490,920423,492,719 非収益事業御本尊37,900,0005,107,6171,895,000378,9994,728,61836,005,00021,251,633 非収益事業御台座及び光背6,240,000840,937312,00062,399778,5385,928,0003,498,947 非収益事業須弥壇23,129,0003,116,9941,156,450231,2892,885,70521,972,55012,969,102 非収益事業須弥壇上の仏具752,300101,38437,6157,52293,862714,685421,834 非収益事業須弥壇内部仏具477,20064,31023,8604,77159,539453,340267,577 非収益事業体内収納用角パイプ2,662,000358,746133,10026,619332,1272,528,9001,492,658 非収益事業合計9,291,563,270 484,234,108 4,148,248,871180,926,917303,307,191 5,143,314,3994,521,667,176 別紙５の４【平成２７年３月期】本件各減価償却 108 4,148,248,871180,926,917303,307,191 5,143,314,3994,521,667,176 別紙５の４【平成２７年３月期】本件各減価償却資産のうち、旧定率法を用いて償却限度額を算出したもの単位：円 減価償却資産①取得価額②取得価額を基に計算した償却限度額③決算整理仕訳の後の会計上の帳簿価額④決算整理仕訳の後の金額を基に計算した償却限度額⑤更正の請求により損金の額に算入される償却費の増加額⑥過去の償却不足額の一括償却費(①-③)損金経理額移行日に属していた事業区分Ｃ建物6,680,854,753 259,887,369 3,575,605,534139,092,189120,795,180 3,105,249,2192,846,718,891 非収益事業借地権付き建物買取950,02168,46947,5019,50058,969902,520216,174収益事業立退料のうち建物部分5,289,106381,193264,45552,890328,3035,024,6511,203,514収益事業Ｄ・共同住宅271,308,92314,117,53791,026,7044,841,1629,276,375180,282,219147,310,926収益事業Ｄ9,800 3,650 6,1505,026収益事業Ｄ4,843,200251,3771,811,20096,326155,0513,032,0002,477,6 6,1505,026収益事業Ｄ4,843,200251,3771,811,20096,326155,0513,032,0002,477,650収益事業共同住宅・Ｅ113,197,0005,874,46342,572,6572,264,1833,610,28070,624,34357,712,101収益事業共同住宅・Ｅ261,117,53713,550,93698,204,6025,222,9118,328,025162,912,935133,127,576収益事業車庫・職安１階部分6,488,800251,225711,87427,692223,5335,776,9265,038,186収益事業別紙５の４【平成２７年３月期】本件各減価償却資産のうち、旧定率法を用いて償却限度額を算出したもの単位：円 減価償却資産①取得価額②取得価額を基に計算した償却限度額③決算整理仕訳の後の会計上の帳簿価額④決算整理仕訳の後の金額を基に計算した償却限度額⑤更正の請求により損金の額に算入される償却費の増加額⑥過去の償却不足額の一括償却費(①-③)損金経理額移行日に属していた事業区分Ｆ・共同住宅6,744,800275,269966,72239,716235,5535,778,0784,992,955収益事業Ｇ建物689,835,51326,834,820219,022,7858,520,05518,314,765470,812,728419,045,918 非収 収益事業Ｇ建物689,835,51326,834,820219,022,7858,520,05518,314,765470,812,728419,045,918 非収益事業本堂188,854,0267,346,48159,961,1712,332,5085,013,973128,892,855114,720,827 非収益事業管理棟51,060,8912,382,9777,499,571350,0002,032,97743,561,32037,059,744 非収益事業大型仏壇137,400,00013,887,5976,870,0001,373,99912,513,598130,530,00059,901,387 非収益事業新大型仏壇20,769,8002,099,2911,038,490207,6971,891,59419,731,3109,054,872 非収益事業中型仏壇26,425,0002,670,8861,321,250264,2492,406,63725,103,75011,520,333 非収益事業標準仏壇755,253,60076,336,66737,762,6807,552,53568,784,132717,490,920329,263,031 非収益事業御本尊37,900,0003,830,7131,895,000378,9993,451,71436,005,00016,523,015 非収益事業御台座及び光背6,240,000630,703312,00062,399 378,9993,451,71436,005,00016,523,015 非収益事業御台座及び光背6,240,000630,703312,00062,399568,3045,928,0002,720,409 非収益事業須弥壇23,129,0002,337,7451,156,450231,2892,106,45621,972,55010,083,397 非収益事業須弥壇上の仏具752,30076,03837,6157,52268,516714,685327,972 非収益事業須弥壇内部仏具477,20048,23223,8604,77143,461453,340208,038 非収益事業体内収納用角パイプ2,662,000269,059133,10026,619242,4402,528,9001,160,531 非収益事業合計9,291,563,270 433,409,555 4,148,248,871172,959,405260,450,150 5,143,314,3994,210,392,473 別紙５の５【平成２８年３月期】本件各減価償却資産のうち、旧定率法を用いて償却限度額を算出したもの単位：円 減価償却資産①取得価額②取得価額を基に計算した償却限度額③決算整理仕訳の後の会計上の帳簿価額④決算整理仕訳の後の金額を基に計算した償却限度額⑤更正の請求により損金の額に算入される償却費の増加額⑥過去の償却不足額の一括償却費(①-③)損金経理額移行日に属していた事業区分Ｃ建物 に計算した償却限度額⑤更正の請求により損金の額に算入される償却費の増加額⑥過去の償却不足額の一括償却費(①-③)損金経理額移行日に属していた事業区分Ｃ建物6,680,854,753 248,192,438 3,575,605,534132,833,041115,359,397 3,105,249,2192,719,664,563 非収益事業借地権付き建物買取950,02138,48047,5017,91730,563902,520155,622収益事業立退料のうち建物部分5,289,106214,231264,45544,079170,1525,024,651866,400収益事業Ｄ・共同住宅271,308,92313,185,78091,026,7044,521,6468,664,134180,282,219137,715,035収益事業Ｄ9,800 3,650 6,1504,699収益事業Ｄ4,843,200234,7861,811,20089,969144,8173,032,0002,316,242収益事業共同住宅・Ｅ113,197,0005,486,74842,572,6572,114,7473,372,00170,624,34353,952,385収益事業共同住宅・Ｅ261,117,53712,656,57498,204,6024,878,1997,778,375162,912,935124,454,839収益事業車庫・職安１階部分 117,53712,656,57498,204,6024,878,1997,778,375162,912,935124,454,839収益事業車庫・職安１階部分6,488,800239,919711,87426,446213,4735,776,9264,813,407収益事業別紙５の５【平成２８年３月期】本件各減価償却資産のうち、旧定率法を用いて償却限度額を算出したもの単位：円 減価償却資産①取得価額②取得価額を基に計算した償却限度額③決算整理仕訳の後の会計上の帳簿価額④決算整理仕訳の後の金額を基に計算した償却限度額⑤更正の請求により損金の額に算入される償却費の増加額⑥過去の償却不足額の一括償却費(①-③)損金経理額移行日に属していた事業区分Ｆ・共同住宅6,744,800262,056966,72237,809224,2475,778,0784,755,495収益事業Ｇ建物689,835,51325,627,253219,022,7858,136,65317,490,600470,812,728400,347,751 非収益事業本堂188,854,0267,015,89059,961,1712,227,5454,788,345128,892,855109,601,891 非収益事業管理棟51,060,8912,249,5307,499,571330,4001,919,13043,561,32035,007,167 非収益事業大型仏壇137,400,00010,415,698 249,5307,499,571330,4001,919,13043,561,32035,007,167 非収益事業大型仏壇137,400,00010,415,6986,870,0001,145,0049,270,694130,530,00047,158,794 非収益事業新大型仏壇20,769,8001,574,4681,038,490173,0851,401,38319,731,3107,128,666 非収益事業中型仏壇26,425,0002,003,1651,321,250220,2121,782,95325,103,7509,069,659 非収益事業標準仏壇755,253,60057,252,50137,762,6806,293,78450,958,717717,490,920259,220,148 非収益事業御本尊37,900,0002,873,0351,895,000315,8372,557,19836,005,00013,008,139 非収益事業御台座及び光背6,240,000473,027312,00052,004421,0235,928,0002,141,710 非収益事業須弥壇23,129,0001,753,3091,156,450192,7451,560,56421,972,5507,938,397 非収益事業須弥壇上の仏具752,30057,02937,6156,27350,756714,685258,207 非収益事業須弥壇内部仏具477,20036,174 須弥壇上の仏具752,30057,02937,6156,27350,756714,685258,207 非収益事業須弥壇内部仏具477,20036,17423,8603,98032,194453,340163,786 非収益事業体内収納用角パイプ2,662,000201,795133,10022,187179,6082,528,900913,659 非収益事業合計9,291,563,270 392,044,361 4,148,248,871163,673,743228,370,618 5,143,314,3993,940,656,661 別紙５の６【平成２９年３月期】本件各減価償却資産のうち、旧定率法を用いて償却限度額を算出したもの単位：円 減価償却資産①取得価額②取得価額を基に計算した償却限度額③決算整理仕訳の後の会計上の帳簿価額④決算整理仕訳の後の金額を基に計算した償却限度額⑤更正の請求により損金の額に算入される償却費の増加額⑥過去の償却不足額の一括償却費(①-③)損金経理額移行日に属していた事業区分Ｃ建物6,680,854,753 237,023,778 3,575,605,534126,855,554110,168,224 3,105,249,2192,598,327,679 非収益事業借地権付き建物買取950,0211,87447,501 1,874902,520115,268収益事業立退料のうち建物部分5,289,10610,426264,455 10,426 ,87447,501 1,874902,520115,268収益事業立退料のうち建物部分5,289,10610,426264,455 10,4265,024,651641,743収益事業Ｄ・共同住宅271,308,92312,315,51991,026,7044,223,2178,092,302180,282,219128,752,472収益事業Ｄ9,800 3,650 6,1504,393収益事業Ｄ4,843,200219,2911,811,20084,031135,2603,032,0002,165,487収益事業共同住宅・Ｅ113,197,0005,124,62342,572,6571,975,1743,149,44970,624,34350,440,811収益事業共同住宅・Ｅ261,117,53711,821,24098,204,6024,556,2387,265,002162,912,935116,354,503収益事業車庫・職安１階部分6,488,800229,123711,87425,255203,8685,776,9264,598,743収益事業別紙５の６【平成２９年３月期】本件各減価償却資産のうち、旧定率法を用いて償却限度額を算出したもの単位：円 減価償却資産①取得価額②取得価額を基に計算した償却限度額③決算整理仕訳の後の会計上の帳簿価額④決算整理仕訳の後の金額を基に計算した償却限度額⑤更正の請求によ 減価償却資産①取得価額②取得価額を基に計算した償却限度額③決算整理仕訳の後の会計上の帳簿価額④決算整理仕訳の後の金額を基に計算した償却限度額⑤更正の請求により損金の額に算入される償却費の増加額⑥過去の償却不足額の一括償却費(①-③)損金経理額移行日に属していた事業区分Ｆ・共同住宅6,744,800249,478966,72235,994213,4845,778,0784,529,433収益事業Ｇ建物689,835,51324,474,027219,022,7857,770,50416,703,523470,812,728382,491,002 非収益事業本堂188,854,0266,700,17459,961,1712,127,3064,572,868128,892,855104,713,307 非収益事業管理棟51,060,8912,123,5577,499,571311,8971,811,66043,561,32033,069,534 非収益事業大型仏壇137,400,0007,811,7746,870,000 7,811,774130,530,00036,743,096 非収益事業新大型仏壇20,769,8001,180,8511,038,490 1,180,85119,731,3105,554,198 非収益事業中型仏壇26,425,0001,502,3731,321,250 1,502,37325,103,7507,066,494 非収益事業標準仏壇755,253 事業中型仏壇26,425,0001,502,3731,321,250 1,502,37325,103,7507,066,494 非収益事業標準仏壇755,253,60042,939,37537,762,680 42,939,375717,490,920201,967,647 非収益事業御本尊37,900,0002,154,7761,895,000 2,154,77636,005,00010,135,104 非収益事業御台座及び光背6,240,000354,770312,000 354,7705,928,0001,668,683 非収益事業須弥壇23,129,0001,314,9821,156,450 1,314,98221,972,5506,185,088 非収益事業須弥壇上の仏具752,30042,77137,615 42,771714,685201,178 非収益事業須弥壇内部仏具477,20027,13123,860 27,131453,340127,612 非収益事業体内収納用角パイプ2,662,000151,346133,100 151,3462,528,900711,864 非収益事業合計9,291,563,270 357,773,702 4,148,248,871147,965,339209,808,363 5,143,314,3993,696,565,339 別紙５の７【平成３０年３月期】本件各減価償却資産のうち、旧定率法を用いて償却限度額を算出したもの単位：円 9,808,363 5,143,314,3993,696,565,339 別紙５の７【平成３０年３月期】本件各減価償却資産のうち、旧定率法を用いて償却限度額を算出したもの単位：円 減価償却資産①取得価額②取得価額を基に計算した償却限度額③決算整理仕訳の後の会計上の帳簿価額④決算整理仕訳の後の金額を基に計算した償却限度額⑤更正の請求により損金の額に算入される償却費の増加額⑥過去の償却不足額の一括償却費(①-③)損金経理額移行日において属していた事業区分借地権付き建物買取950,0219,50047,501 9,500902,520105,768収益事業立退料のうち建物部分5,289,10652,891264,455 52,8915,024,651588,852収益事業Ｄ・共同住宅271,308,92311,502,69491,026,7043,944,4857,558,209180,282,219120,381,438収益事業Ｄ9,800 3,650 6,1504,108収益事業Ｄ4,843,200204,8171,811,20078,485126,3323,032,0002,024,681収益事業共同住宅・Ｅ113,197,0004,786,39842,572,6571,844,8122,941,58670,624,34347,161,000収益事業共同住宅・Ｅ261,117,53711,041,03898,204,602 1,844,8122,941,58670,624,34347,161,000収益事業共同住宅・Ｅ261,117,53711,041,03898,204,6024,255,5276,785,511162,912,935108,788,790収益事業車庫・職安１階部分6,488,800218,812711,87424,119194,6935,776,9264,393,739収益事業別紙５の７【平成３０年３月期】本件各減価償却資産のうち、旧定率法を用いて償却限度額を算出したもの単位：円 減価償却資産①取得価額②取得価額を基に計算した償却限度額③決算整理仕訳の後の会計上の帳簿価額④決算整理仕訳の後の金額を基に計算した償却限度額⑤更正の請求により損金の額に算入される償却費の増加額⑥過去の償却不足額の一括償却費(①-③)損金経理額移行日において属していた事業区分Ｆ・共同住宅6,744,800237,503966,72234,267203,2365,778,0784,314,222収益事業合計669,949,18728,054,067235,609,36510,181,85317,872,214434,339,822287,762,598 別紙５の８【平成３０年３月期】本件各減価償却資産のうち、旧定額法を用いて償却限度額を算出したもの単位：円 減価償却資産①取得価額②取得価額5を基に計算した償却限度額③決算整理仕訳の後の会計上の帳簿価額④当期における会計上の償却費（損金 算出したもの単位：円 減価償却資産①取得価額②取得価額5を基に計算した償却限度額③決算整理仕訳の後の会計上の帳簿価額④当期における会計上の償却費（損金の額に算入した償却費）⑤更正の請求により損金の額に算入される償却費の増加額⑥過去の償却不足額の一括償却費(①-③)損金経理額移行日において属していた事業区分建物の賃借権4,761,905385,7142,734,764118,100267,6142,027,1411,885,956収益事業合計4,761,905385,7142,734,764118,100267,6142,027,1411,885,956 正確には、取得価額から残存価額を控除した金額申告所得金額等損金算入償却費増加額認定できる所得金額又は欠損金額翌期へ繰り越す欠損金額税額控除の額納付すべき法人税額控除復興特別所得税額納付すべき復興特別法人税額納付すべき地方法人税額平成２４年３月期¥103,736,719¥429,228,497¥-325,491,778¥325,491,778¥30,160,800¥-30,160,800---平成２５年３月期¥-911,481,187¥358,226,419¥-1,269,707,606¥1,595,199,384¥53,001,303¥-53,001,303¥478,262¥-478,262-平成２６年３月期¥-20,205,712¥303,307,191¥-323,512,903 ,384¥53,001,303¥-53,001,303¥478,262¥-478,262-平成２６年３月期¥-20,205,712¥303,307,191¥-323,512,903¥1,918,712,287¥34,528,928¥-34,528,928¥729,393¥-729,393-平成２７年３月期¥-298,684,679¥260,450,150¥-559,134,829¥2,477,847,116¥35,886,810¥-35,886,810---平成２８年３月期¥-149,435,488¥228,370,618¥-377,806,106¥2,855,653,222¥31,225,544¥-31,225,544---平成２９年３月期¥0¥209,808,363¥-53,160,702¥2,908,813,924¥26,751,324¥-26,751,324--¥0平成３０年３月期¥181,606,933¥18,139,828¥0¥2,745,346,819¥0¥0--¥0（以下は検討用コメント：判決書からは除外）①②③④⑤⑥⑦⑧⑨答弁書別表1-1~7、確定申告書（乙13~21）原告第３準備書面別紙表1~8、ただしH28.3、H29.3については請求減縮を踏まえて修正①-②ただしH29.3については本文注記のとおり前年度の④-当年度の③ただしH30.3については本文注記のとおり答弁書別表1-1~7、確定申告書（乙13~21）¥0-⑤答弁書別表1-1~7、確定申告書（乙13~21）¥0-⑦（別紙６） 税額計算表別表１－１ 平成２４年３月期【単位：円】確定申告更正の請求更正処分⑴更正・ 3~21）¥0-⑤答弁書別表1-1~7、確定申告書（乙13~21）¥0-⑦（別紙６） 税額計算表別表１－１ 平成２４年３月期【単位：円】確定申告更正の請求更正処分⑴更正・賦課決定処分再調査の請求更正の請求再調査決定処分⑵通知処分審査請求平成24年5月30日平成24年8月27日平成24年10月31日平成30年12月10日平成31年4月24日令和1年5月24日①所得金額53,090,371103,736,719103,736,719△ 325,491,778②法人税額14,967,00030,160,80030,160,800 ③控除所得税額等 30,160,80030,160,800 ④差引所得に対する法人税額14,967,000 ⑤還付所得税額等 13,498,10313,498,10343,658,903⑥既に納付の確定した法人税額186,594,60014,967,00014,967,000△ 13,498,103⑦差引納付すべき法人税額△ 171,627,600△ 28,465,103△ 28,465,103△ 30,160,800⑧欠損金の当期控除額 ⑨翌期へ繰り越す欠損金額 325,491,778⑩過少申告加算税の額――――（注１）「所得金額」欄の△は，欠損金額を示す。以下，別表１－２ないし１－７において同じ。 （注２）「差引納付すべき法人税額」及び「既に納付の確定した法人税額」欄の△は，還付金の額に相当する税額を示す。以下，別表１－２ないし１－７において同じ。 別表１－２ 平成２５年３月期【単位：円】確定申告更正の請求更正処分⑴更正・賦 既に納付の確定した法人税額」欄の△は，還付金の額に相当する税額を示す。以下，別表１－２ないし１－７において同じ。 別表１－２ 平成２５年３月期【単位：円】確定申告更正の請求更正処分⑴更正・賦課決定処分再調査の請求更正の請求再調査決定処分⑵通知処分審査請求平成25年5月31日平成30年5月30日平成30年8月29日平成30年12月10日平成31年4月23日平成31年4月24日令和1年5月24日①所得金額△ 911,481,187884,149,809△ 1,269,707,606②法人税額 224,617,995 ③控除所得税額等 53,001,303 ④差引所得に対する法人税額 171,616,600 ⑤還付所得税額等53,001,303 53,001,303⑥既に納付の確定した法人税額7,483,500△ 53,001,303171,616,600⑦差引納付すべき法人税額△ 60,484,803224,617,900△ 224,617,903⑧欠損金の当期控除額 ⑨翌期へ繰り越す欠損金額911,481,187 1,595,199,384⑩過少申告加算税の額―33,666,500―⑴⑵全部取消し更正をすべき理由がない旨の通知処分全部取消し棄却課税の経緯(法人税)⑵全部取消し更正をすべき理由がない旨の通知処分年月日区分項目年月日区分項目 別表１－３ 平成２６年３月期【単位：円】確定申告更正の請求更正処分⑴更正・賦課決 年月日区分項目年月日区分項目 別表１－３ 平成２６年３月期【単位：円】確定申告更正の請求更正処分⑴更正・賦課決定処分再調査の請求更正の請求再調査決定処分⑵通知処分審査請求平成26年5月26日平成30年5月30日平成30年8月29日平成30年12月10日平成31年4月23日平成31年4月24日令和1年5月24日①所得金額△ 20,205,7121,132,948,407△ 323,512,903②法人税額 288,061,740 ③控除所得税額等 34,528,928 ④差引所得に対する法人税額 253,532,800 ⑤還付所得税額等34,528,928 34,528,928⑥既に納付の確定した法人税額 △ 34,528,928253,532,800⑦差引納付すべき法人税額△ 34,528,928288,061,700△ 288,061,728⑧欠損金の当期控除額 ⑨翌期へ繰り越す欠損金額931,686,899 1,918,712,287⑩過少申告加算税の額―43,184,000―別表１－４ 平成２７年３月期【単位：円】確定申告更正の請求更正処分⑴更正・賦課決定処分再調査の請求更正の請求再調査決定処分⑵通知処分審査請求平成27年6月1日平成30年5月30日平成30年8月29日平成30年12月10日平成31年4月23日平成31年4月24日令和1年5月24日①所得金額△ 298,684,679510,515,721△ 559,134,829②法人税額 129,341,325 年4月23日平成31年4月24日令和1年5月24日①所得金額△ 298,684,679510,515,721△ 559,134,829②法人税額 129,341,325 ③控除所得税額等 35,886,810 ④差引所得に対する法人税額 93,454,500 ⑤還付所得税額等35,886,810 35,886,810⑥既に納付の確定した法人税額 △ 35,886,81093,454,500⑦差引納付すべき法人税額△ 35,886,810129,341,300△ 129,341,310⑧欠損金の当期控除額 ⑨翌期へ繰り越す欠損金額1,230,371,578 2,477,847,116⑩過少申告加算税の額―19,376,000―棄却⑴⑵全部取消し更正をすべき理由がない旨の通知処分全部取消し全部取消し棄却更正をすべき理由がない旨の通知処分⑴⑵全部取消し年月日年月日区分項目区分項目 別表１－５ 平成２８年３月期【単位：円】確定申告更正の請求更正処分⑴更正・賦課決定処分再調査の請求更正の請求再調査決定処分⑵通知処分審査請求平成28年5月30日平成30年12月10日平成31年4月24日令和1年5月24日①所得金額△ 149,435,488△ 377,818,406②法人税額 ③控除所得税額等 ④差引所得に対する法人税額 ⑤還付所得税額等31,225,54431,225, 49,435,488△ 377,818,406②法人税額 ③控除所得税額等 ④差引所得に対する法人税額 ⑤還付所得税額等31,225,54431,225,544⑥既に納付の確定した法人税額 △ 31,225,544⑦差引納付すべき法人税額△ 31,225,544 ⑧欠損金の当期控除額 ⑨翌期へ繰り越す欠損金額1,379,807,0662,855,665,522⑩過少申告加算税の額――別表１－６ 平成２９年３月期【単位：円】確定申告更正の請求更正処分⑴更正・賦課決定処分再調査の請求更正の請求再調査決定処分⑵通知処分審査請求平成29年6月29日平成30年5月30日平成30年8月29日平成30年12月10日平成31年4月23日平成31年4月24日令和1年5月24日①所得金額 5,588,469△ 53,210,793②法人税額 838,200 ③控除所得税額等 838,200 ④差引所得に対する法人税額 ⑤還付所得税額等26,751,32425,913,12426,751,324⑥既に納付の確定した法人税額 △ 26,751,324△ 25,913,124⑦差引納付すべき法人税額△ 26,751,324838,200△ 838,200⑧欠損金の当期控除額155,023,957 ⑨翌期へ繰り越す欠損金額1,224,783,109 2,908,876,315⑩過少申告加算税の額―99,500―更正をすべき理由がない旨の通知処分⑵全部取消し更正をすべき理 2,908,876,315⑩過少申告加算税の額―99,500―更正をすべき理由がない旨の通知処分⑵全部取消し更正をすべき理由がない旨の通知処分⑴⑵全部取消し全部取消し棄却年月日区分項目年月日区分項目 別表１－７ 平成３０年３月期【単位：円】確定申告更正の請求更正処分⑴更正・賦課決定処分再調査の請求更正の請求再調査決定処分⑵通知処分審査請求平成30年7月2日平成30年12月10日平成31年4月24日令和1年5月24日①所得金額181,606,933 ②法人税額41,823,804 ③控除所得税額等 ④差引所得に対する法人税額41,823,800 ⑤還付所得税額等 ⑥既に納付の確定した法人税額 ⑦差引納付すべき法人税額41,823,800 ⑧欠損金の当期控除額 163,467,105⑨翌期へ繰り越す欠損金額 2,745,409,210⑩過少申告加算税の額――更正をすべき理由がない旨の通知処分⑵全部取消し区分項目年月日 【単位：円】確定申告⑴更正・賦課決定処分再調査の請求更正の請求再調査決定処分⑵通知処分審査請求平成25年5月31日平成30年5月30日平成30年8月29日平成30年12月10日平成31年4月23日平成31年4月24日令和1年5月24日① 224,617,000 ② 22,461,700 ③ 30年5月30日平成30年8月29日平成30年12月10日平成31年4月23日平成31年4月24日令和1年5月24日① 224,617,000 ② 22,461,700 ③ 478,262 ④ 21,983,400 ⑤478,262 478,262⑥ △ 478,26221,983,400⑦△ 478,26222,461,600△ 22,461,662⑧―3,344,000―（注）「差引納付すべき税額」及び「既に納付の確定した復興特別法人税額」欄の△は，還付金の額に相当する税額を示す。以下，別表２－２において同じ【単位：円】確定申告⑴更正・賦課決定処分再調査の請求更正の請求再調査決定処分⑵通知処分審査請求平成26年5月26日平成30年5月30日平成30年8月29日平成30年12月10日平成31年4月23日平成31年4月24日令和1年5月24日① 288,061,000 ② 28,806,100 ③ 729,393 ④ 28,076,700 ⑤729,393 729,393⑥ △ 729,39328,076,700⑦△ 729,39328,806,000△ 28,806,093⑧―4,295,000―年月日⑴⑵全部取消し年月日差引復興特別法人税額更正をすべき理由がない旨の通知処分課税標準法人税額復興特別法人税額差引納付すべき税額課税の経緯（復興特別法人税）区分項目区分項目別表２－１ 平成２５年３月課税事業年度別表２－２ 平成２６年３月課税事業年 付すべき税額課税の経緯（復興特別法人税）区分項目区分項目別表２－１ 平成２５年３月課税事業年度別表２－２ 平成２６年３月課税事業年度還付復興特別所得税額既に納付の確定した復興特別法人税額控除税額過少申告加算税の額全部取消し棄却⑴⑵全部取消し復興特別法人税額控除税額差引復興特別法人税額還付復興特別所得税額既に納付の確定した復興特別法人税額差引納付すべき税額過少申告加算税の額更正をすべき理由がない旨の通知処分課税標準法人税額全部取消し棄却 【単位：円】確定申告⑴更正処分再調査の請求更正の請求再調査決定処分⑵通知処分審査請求平成29年6月29日平成30年5月30日平成30年8月29日平成30年12月10日平成31年4月23日平成31年4月24日令和1年5月24日① 838,000 ② 36,800 ③ 36,800④ 36,800△ 36,800（注）「差引納付すべき税額」欄の△は，還付金の額に相当する税額を示す。以下，別表３－２において同じ。 【単位：円】確定申告⑴更正処分再調査の請求更正の請求再調査決定処分⑵通知処分審査請求平成30年7月2日平成30年12月10日平成31年4月24日令和1年5月24日①41,823,000 ②1,840,200 ③ 1,840,200④1,840,200△ 1,840,200差引納付すべき地方法人税額既に納付の確定した地方法人税額差引納付すべ ②1,840,200 ③ 1,840,200④1,840,200△ 1,840,200差引納付すべき地方法人税額既に納付の確定した地方法人税額差引納付すべき地方法人税額既に納付の確定した地方法人税額差引納付すべき税額別表３－１ 平成２９年３月課税事業年度別表３－２ 平成３０年３月課税事業年度区分項目区分項目棄却課税の経緯（地方法人税）課税標準法人税額更正をすべき理由がない旨の通知処分⑵全部取消し年月日課税標準法人税額更正をすべき理由がない旨の通知処分⑴⑵全部取消し差引納付すべき税額全部取消し年月日
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